日本在1941年12月8日发动菲律宾作战时，海军航空部队的主力是第十一航空舰队。该舰队成立于1941年1月15日，由当时隶属联合舰队的第一、第二、第四联合航空队，分别改称为第二十一、第二十二、第二十四航空战队（新番号为原番号加上二十）后合编而成。编成当时各航空战队的组成如下：
第二十一航空战队：高雄航空队、鹿屋航空队、东港航空队
第二十二航空战队：美幌航空队、元山航空队
第二十四航空战队：千岁航空队、横滨航空队
（注：当时日本海军的航空队中，有冠以地名的常设航空队，也有冠以番号的特设航空队。前者的正式名称为「地名」加上「海军航空队」，例如「高雄海军航空队」，但本文皆省略正式名称中的「海军」两字。）
同年4月10日，第十一航空舰队的组织略作调整如下：
第二十一航空战队：新增第一航空队，高雄航空队改隶第二十三航空战队
增设第二十三航空战队：新设第三航空队，高雄航空队移入
由于开战的可能性升高，大本营的海军部在8月中下令暂停在中国境内的作战行动，开始加速战备作业。从9月初开始，第十一航空舰队陆续撤出在中国作战的单位，返回日本国内整备。其中，鹿屋与第一航空队返回鹿屋进行整备及训练，元山航空队返回元山，美幌航空队至馆山，高雄与第一航空队则回到高雄。东港航空队从9月上旬开始，到佐世保、指宿、横滨等地实施移动训练；11月8、9日两天，旗下的飞行艇主力移往帛琉的基地进驻，准备作战。
这段时间内，第十一航空舰队的组织也略有变动，台南航空队于10月1日在台南基地成立，隶属第二十三航空战队。
11月14日，日本海军与陆军在岩国基地就菲律宾作战展开协商，经过三天的会议，双方在16日签订所谓的岩国协定。在航空作战方面，是由海军的第三舰队、第十一航空舰队，及陆军的第十四军、第五飞行集团进行协调。根据岩国协定，第十一航空舰队投入的兵力如下：
第十一航空舰队司令部
第二十一航空战队司令部：鹿屋航空队、第一航空队、东港航空队
第二十三航空战队司令部：高雄航空队、台南航空队、第三航空队
11月21日，日本海军联合舰队发布「第二开战准备」的命令。次日，所有参加南方作战的航空部队都完成进驻开战准备位置。同一天，台南航空队与第三航空队接获命令，抽调一部分战力，编入马来部队。台南航空队负责提供13架零战、3架陆侦，第三航空队抽调13架零战、3架陆侦，两个航空队并合力派出9架九六式战斗机。这些飞机在11月26、27两天分别从台南与高雄出发，12月1日于西贡部署完毕。
鹿屋航空队在11月30日获知要将27架一式陆攻抽调至法属印度支那，编入马来部队。12月2日正式发布命令后，三个中队的一式陆攻于3日从台中基地出发，但因途中天候不佳而折返，第二天再度出发，经海南岛飞抵西贡。
在菲律宾作战展开前，第十一航空舰队旗下各部队的所在位置与主要配备机种如下：
第十一航空舰队司令部（高雄）
第二十一航空战队司令部（台南）
鹿屋航空队支队（台中）：一式陆攻
第一航空队（台南）：九六式陆攻
第一航空队输送机队（嘉义）：九六式输送机
东港航空队（帛琉）：九七式飞行艇
贝里琉派遣队（贝里琉）：九六式战斗机
第二十三航空战队司令部（高雄）
高雄航空队（高雄）：一式陆攻
台南航空队（台南）：零式战斗机、九八式陆上侦察机、九六式战斗机
第三航空队（高雄）：零式战斗机、九八式陆上侦察机、九六式战斗机
从发动菲律宾作战，到主力部队登陆这段期间，为日军南方作战的第一期，参加的航空部队区分如下：
第一空袭部队：鹿屋航空队、东港航空队、第一航空队（输送机除外）、贝里琉派遣队
第二空袭部队：高雄航空队、台南航空队、第一航空队
第一〇〇一部队：第一航空队输送机队、横须贺镇守府第一特别陆戦队（横一特）、横须贺镇守府第三特别陆戦队（横三特）
本文主要参考资料为防卫庁防卫研修所戦史室编【戦史叢書24】《比島．マレー方面海軍進攻作戦》（朝雲新聞社，昭和44年）。