对于剧情我有一个绝妙的想法，这里写不下，只能在评论里分开来发，但我已经写好了。
首先我们来谈谈我们所得到的官方暗示，第一，宣传片中用摩丝电码出现的句子：“
For all men tragically great are made so through a certain morbidness....all mortal greatness is but disease.”
这句话的意思是：所有那些悲剧英雄，都是被惨淡的黑暗所陶造的…所有凡人的伟大都不过是疾病。
有另一个版本说控制他人病态疯狂什么的，我寻思着这英文也没说控制啊。
第二：在开始的剪影中，有一幕是阿米娅站在一个很大的玻璃窗前看着外面，而外面有似乎是一只巨大的龙的眼睛朝里看，眼睛的颜色很淡，但你截图下来看的话是非常清楚的。
第三：另一段pv中，博士身旁的暗语，指向一部（系列）电影：《回到未来》
我小时候看过这个电影，具体忘记了，但我记得是一个年轻人（主角）和一个博士通过时间旅行到过去去改变一些对如今主角造成悲惨现状的决定，然后，回到未来——那个更好的未来。
现在，我要直说结论了，我会在必要的时候解释这个剧情为什么可以解释这么多谜题和游戏中的暗示。实际上，明日方舟讲述的是一次XK级的现实重构灾难。熟悉SCP基金会的老哥都知道天启四博士，是吧，但在这次现实重构灾难之前是天启五博士，另一位博士是谁，可能不必多说了。
没错，那是一个突然出现的异常，人们突然发现自己身体的某部分变成了某种结晶，且此种结晶似乎会在身体里生长，获得越来越多的能量。SCP基金会立刻将此项目编号为SCP-【数据删除】，并启动了紧急预案，首先做了信息压制，但“破碎面纱”的风险仍然很大。针对SCP-【数据删除】的研究立刻展开，研究团队的领导，便是那第五个博士，也就是玩家扮演的博士。令D级人员与晶体接触，晶体很快就在他们身上扎根。第一阶段似乎没有什么异常，只是在被试的血液中可以检测到这些晶体的样本。第二阶段，一些异常开始显现，显著的是被试可以使用不定种类的【数据删除】……好吧，是魔法，我猜你已经知道了……
第三阶段，大块的结晶在被试的身体中形成，并取代部分组织，这将导致被试的身体机能受负面影响。
第四阶段：【数据删除】
被试最终的死亡是不可避免的，即使将结晶通过外科手术移除，结晶也会在5小时之内在原本部位恢复至与术前同等的大小。
你，博士，在第四阶段对D级人员的观察，发现了一种特殊的现象，在D级人员虚弱的状态中，他们报告看到幻像。你一开始认为这只是普通的虚弱时产生的幻觉，但当你发现不同人员提供的幻想的一致性后，你认为事情不简单，你做了更多实验。你整理了资料，你推测出是来自不同叙述的某些庞大的实体试图入侵我们的叙述。如果那些报告是可信的，那么那种实体会很像是龙。那种结晶是连接那层叙述与这层叙述的节点，它们会不断吸收能量，然后在寄生体完全死亡后，凝结成为一种橙色的坚硬物质，这种物质可以调节休谟指数，也为连接不同叙述的通道打开能源。
你知道已经没有时间拖延了，既然是来自另外现实的异常，那么要完成收容并不复杂，现在我们已经有了斯特兰顿现实稳定锚，只要在全球范围内平稳休谟指数，应当可以阻止结晶的生长。
天启五博士的团队与全球的基金会合作，迅速建立了一个覆盖全国的现实稳定网络，地球上的每个点都有至少三台现实稳定锚覆盖，而每台现实稳定锚都配备独立的能源。
有效的收容完成了，那些结晶似乎停止生长了。经过更精密的研究，结晶以缓慢速度成长，实际上对于一个受影响者，结晶在理论上要花1000年才能完成第一阶段的生长，远远长于任何一个人的极限寿命。因此，收容稳定有效，危机解决了，本该是这样的。
博士回到家里，因为长时间超限度的工作，他精疲力尽，但一想到家中可爱的女儿，他的疲惫就一扫而空。
她似乎有点不舒服，啊，没事，我们明天去医院检查一下吧……

打扰了，不是很懂scp

三：
后来发生的事，我只能简要说。博士使用在基金会的资源和人脉，建立起了一座移动要塞——罗德岛
有很多为他们服务的人，希望能够缓解这场灾难。
他们帮助能帮助的人。博士通过现实稳定锚来抑制他熟识的人身上的晶体。这样做的效果有限……因为现实已经被重构过了，稳定锚的有效性大打折扣。
但他们并不打算一个一个的把人从这个世界中救出来——也不可能。
但博士的计划便是：收集源石这种强大的能源，使用源石来驱动现实稳定器，补足效率上的劣化，抑制所有人身上的源石增长。进而阻止巨龙吞噬世界。
还有就是，越早做到，阿米娅身上的结晶就对她产生越小的影响。
阿米娅在和父亲行动的过程中不断成长，成为了可以独当一面的人……当然她也了解了这场灾难和自己的关系……
她有另一个计划，另一个和她父亲不同的计划，她的计划可以拯救所有人。除了……
在切诺伯格，她向父亲坦白了这个计划
“爸爸，我认为，我们可以用现实稳定器连接到过去，然后回到那天，撤销你的那个错误的决定。”
博士震怒
绝不，你们必须按照我说的行动，现在是非常时期，越早完成，越少的人受罪，把你那个可笑的计划忘掉。
“我知道这是可行的。”
不，你没学过休谟指数的转变理论，与过去连接是危险的事情……
“不，那段时间可以，你们在世界范围内设立了现实稳定器，于那段时间相连是安全的。”
她说的是对的
你是从哪里知道这些的？
阿米娅从自己的大衣上拿出了那张04权限卡
“这个好像可以接入爸爸你以前工作的地方的资料库，就算在这种环境下它的服务器还运行着。爸爸，我一直知道你做着很重要的工作，不过我现在确切的知道你在做什么了。你是一个伟大的博士，你曾经拯救了世界……又毁灭了它，我希望和你成为一样伟大的人。我希望你能再一次拯救它。”
博士有点惶恐
你到底想说什么，阿米娅
“对不起，请原谅我，你会明白我的决定的。”
阿米娅突然从身后拿出一管针剂，博士一眼就认出来了，那是A级记忆清除药剂。他以前常常使用……在别人身上……为了收容……为了控制……为了保护……
没有时间反应，那根管子里的所有液体都已经注射到了博士的血液里，他的意识渐渐模糊……他看见阿米娅把他抬到沉睡装置里，关上了舱门……视线渐渐消失了……阿米娅……
阿米娅带着Ace等干员走向那个她亲自安置她父亲的地方。她的行动都成功了，她将记忆删除剂混合在干员的食物里，用暗示的手段巩固自己的权利，确保父亲在回来之后也不会妨碍她的计划。
她要害死一些人，这让她有点在感情上过意不去，但只要她的计划能成功，这些人的死都也不再会是事实。所有人都能获救，除了……
一个没有自己的世界是美好的世界。
她在阴霾中被塑造成牺牲自己的英雄，她的伟大是……一种疾病……源于晶体的疾病……
当父亲完成和巨龙的对抗后，轮到她了，
没错，收集到足够多的源石，改变过去，让除了自己以外的所有人回到未来——那个更好的未来。
把明天的希望放在一个方舟里，送往那生命可能的地方，目送它离去。
我写到这里自己都要哭力，你还没哭？
请
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们回去对阿米娅说：“崽，爸爸爱你。”