1、为什么匂坂郁纪做了那个手术之后，熟悉的世界变成了肉块世界，只有沙耶让他感觉是正常人？
我觉得那个手术不是简单的手术，大胆设想一下可能跟奥涯有关，使用了他提供的（或者匿名提供的）某些技术或者材料。因此这手术不但能恢复一般疗法无法治愈的外伤（类似沙耶般的强恢复力），还改变了患者的认知，跟沙耶的认知相匹配。
2、第一个选项，选择不回到原来生活之后，匂坂郁纪的内心独白越来越少，与读者内心共鸣也越来越微弱，沙耶的戏份也有些淡化。
我认为从这里开始（或者是从津久叶瑶被XX完开始），主角已经变成了户尾耕司和丹保凉子。不知道你们是否也有这种感觉？

1.这是剧情设定，郁纪在车祸后脑部受伤生命垂危，手术其实是冒险进行的，技术还不成熟，所以副作用无法预料。奥涯的嫌疑不大，根据郁纪和沙耶在医院相遇的时间和对话来看奥涯很有可能在郁纪出车祸之前就死了。至于沙耶的真容，在郁纪眼中的“怪物”是正常人，那么他眼中的“正常人”沙耶究竟是什么应该能猜出来，游戏中也有侧面描写。
2.后面主角组的戏份减少我觉得应该是为了剧情发展的需要。

是的极有可能，从剧情中就透露出来了医院背景也并不简单，这个医院资助奥涯研究，甚至连奥涯造成的B级生化危机都能神不知鬼不觉的压下去，用于治疗郁纪的所谓“新技术”极有可能是奥涯遗留的研究成果