首先 MOON线里看到那些分支 男主的回忆 和其他女主角 感觉游戏是平行世界制的 然后MOON线里女主角是男主角创造出来的吧 他们都拥有属于自己的记忆 由于是各个分支里的记忆 彼此之间的记忆不是百分百一样的 男主是通过月球的力量创造的这些女主角吗？根据后来的剧情男主角他们确实是在实体的月球上 既然是实际存在的 那咲夜确实可以想办法过来 但是这个咲夜是实体的吧 那他是哪个支线里的?他说此刻的自己是最强的状态又是怎么回事。。在实体的月球上却没被卫星之类的发现是因为认知干扰之类的原因吗？
TERRA线里捕捉键的时候可以得知 在游戏最开始的那五条女主角的路线中 江坂 今宫 西九条他们都是早就认识男主的 只是男主因为事故导致失忆 于是打算让他回归日常所以装作不认识 是这样吗？出生日期等资料在很多地方都会接触 所以应该是被守护者组织给改掉了 直接抹掉了男主好几年的时光。但是出事故那个时候男主的实际年龄已经是高中生了吧，住院几年之后再去上学，小鸟线里男主的回忆中男主还和小鸟一起上过初中 身体也退化了吗？男主濒死 键之所以救他是因为在以前男主曾经接触过她吗，之后主动接触男主则是被自己的丝带所牵引。我最开始以为地球上的键是类似机器人样的存在 真正的篝则是一直在月球上看着这一切 但后来发现不对。。这就是真正的篝吧。之后在月球上出现的嫩芽最后的结果就是篝，而这个时间点正是本来MOON线上的时间点，那个时候基本都是由和五个女主相关的世界所衍生出来的各种支线 但是结局无一例外都是毁灭，MOON线在最后由于男主写入的一句话 让篝发现了新的可能性 ，篝重新创造了一条拥有希望的支线并把男主送了过去 重新开始 所以男主才能拥有一部分模糊的记忆 于是便有了TERRA线 可以这样理解吗？但是这样的话TERRA线中地球上的是真正的篝 月球上并没有篝，那之前那个MOON线中月球上的篝是不是变成了一个单独的平行世界，并且永远只能一个人在月球上了呢。而且男主所写的那句话 在TEERA线最后男主不是没能够理解到吗？而且为什么那句话会在男主身体里面呢？在最后西九条所救助到的五个女孩 千早也是在里面的吧，千早是在非常小的时候就和咲夜相遇的 但是咲夜却不在 一开始以为是这里的咲夜去了MOON线里帮助男主 可是MOON线咲夜过来的时候TERRA线还并没有产生，那这个时间点的咲夜是在哪里？最后和男主对话的咲夜就是这里和千早签订契约的咲夜吗？然后和男主做了类似交接一样的事情后就消失了？这一段是真的没明白，感觉上这里的咲夜好像也拥有其他世界记忆一样。
最后就是男主所做的事情 篝所看到的美好记忆 是男主将盖亚以及守护者所藏匿的技术等资料发布到全世界 使人们产生了对未来的期盼 是这个吗 如果是的话 守护者作为一个涵盖世界的大组织 无法掩盖掉吗 如果真的无法掩盖点 那男主早点这么做不就好了吗 挑拨两派战斗的意义没看出来。键在历史中曾多次出现 有过几次被消灭的迹象 但是之后的键都不会有记忆留下 那月球上的篝是不是也不会保有和男主的记忆了呢 所以篝才说这是无法有回报的爱恋 而男主的愿望也仅仅是想去陪伴这位一直孤独的少女。可是为什么篝一下会在地球出现 一下会在月球出现呢？
一下子只能想出这么多 刚通完脑子还非常乱。。有大神肯帮我理一理的话 真的感激不尽

有两个篝，咲夜在月亮上把那什么消耗了，所以T线没有他，男主见到的大概是moon线的他，其余的实在是……不想看，太多了……另外我好久没玩了，所以可能不对

建议重新看几遍moon线，去通hf，然后把不合群的蜜橘看了，还有就是pvb，看完应该能解决你大多数疑惑。
第一段：瑚太朗在moon线召唤其它人是靠着羁绊的，咲夜是靠着自己的力量过来的（抛弃了自己未来的所有可能性，所以t线就没有他了）
第二段：不合群的蜜橘大部分都讲了。你再重新看看前面也可以发现有些对话提示了他们认识瑚太朗。
第三段：月篝和地篝是不同的个体。moon线演算的所有路线都是在月球进行的。■这个写进去后（本来就是瑚太朗写给自己的所以在他身体内），使瑚太朗有了用武之地（从演算的枝世界一直敌对到帮助篝，最后能不能理解不重要，虽然plus版最后改为能解析■的含义）
最后：t线的计算考虑的是更加未来的东西。其实美好的记忆是能走出去的可能性，技术的散布使人类在末世环境（资源都无法使用），唯有最后使用自己生命这唯一资源的路上，所以半救济是必须的，这样才能迫使人们去研究如何使用生命力，最终使用能作为船人用途的波奇（后日谈有波奇和篝为了使人们认识到船人用途的剧情）
记忆都会保存在欧若拉中，但不去读就不会知道，我是趋向于最后他们都读取到了相关的记忆。

你要问问题也好好列出来行不行？一长串的都懒得看了

你的问题写的太乱了，回答起来很困难
1简单理解的话，moon线是上位世界，里面看见的分支是篝演算出来的可能性，也是下位世界。
男主并非创造，而是召唤，将有“缘”的人召唤来到moon的世界，可以认为都是所有世界的集合体，都拥有所有线的记忆。
2咲夜也可以认为是所有线路的集合体，他把自己所有的可能性都带来了moon，因此在下次再进化时，咲夜不会出现了。
3moon的时候，地球上是没有生命的，一切都是月篝在月球上的演算，直到演算完成，将所有奥罗拉返还给地球，地球才再次产生生命，也就是terra线。
4江坂等人在共通线都认识男主，只是假装不认识而已，这是没错的。
5男主濒死之后大约十年内昏迷的同时停止了生长，因此醒来后父母托关系让他上了高中。
6共通线男主本身就是因为要捕捉键而被键杀的，而键之所以救瑚太朗是因为小鸟的请求，小鸟用德鲁伊的力量，用篝的丝带，让男主魔物化了。
7moon线最后不是送回了过去，而是把一切送回了地球，让地球的生命开始演化，才成了terra线

我想我需要帮你理一遍时间线
前一代文明覆灭，地球上就的资源几乎耗尽
↓
月球上的篝将地球上的奥罗拉全部带走，开始在月球上模拟和演算地球的出路。
↓
演算的所有可能性都是一个下位的世界，而这些可能性中，几乎所有的男主都因为试图杀死或捕捉地球的篝而重伤，并且被小鸟用篝的丝带变成魔物。
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所有的男主的集合投影在了月球世界上，这个投影试着和月篝搞好关系，而这时，遇到了所有世界的加岛樱都发起了对月篝的攻击，试图毁掉主世界的可能性。男主靠缘召唤了超自研的各位，而咲夜自己携带了所有的可能性来到主世界，也就是moon的故事。
↓
月篝最终找到了一条让生命延续下去的道路，将所有奥罗拉还给地球，开始这一段生命的进化，也就是terra

瑚太朗根据篝的判断，认为如果消灭两大组织的争斗，能够造就美好的记忆。
因此，瑚太朗去潜入两大组织，试图一步步的消灭
盖亚总部在风祭，所以想要毁灭是有可能的，但是守护者遍布世界，即使毁灭一个公司，还会有千千万万个
“母神会，盖亚主义者最大的派系。――
并非，不可能？
那么守护者该怎么办？
这样的问题立刻浮了上来。
只让两大组织其中之一活下去反而更加危险。
给予它们武力上的打击也是不可能的。
只不过是像ＴＰ公司那样的持有企业之一而已。
就算被击溃了，也有无数个能够替代的。
那是个巨大的组织，就没有什么致命弱点吗…
神秘――
倒抽了口气。
如果针对这点，这就不再是不可能的工作。
如果能保持着隐蔽…如果我能寄身在组织内部的话。
如果能够成为狮子身上的跳蚤的话。
那么问题就成了，我想怎么样了。”
因此，瑚太朗做的事是双面间谍
但是因为后来和篝闹翻了，而且两个组织之间因为发现了篝，斗争开始升级。
这就由不得瑚太朗想要怎么样了，为了保护篝，他又做了一系列事情，同时继续做双面间谍。
消灭周崎后，圣女没有人压制，发动了圣歌企图强行发动救济，而守护者也不得不应对，在这个的同时，瑚太朗将技术和资料交给了亚斯茗，然后消灭了圣歌队，但是救济已经无法停止了，只能杀死篝来阻止。
“如今，这颗伤痕累累的星球已然消耗殆尽
人们失去了对生存的渴望，陷入了绝望的深渊
这世间依然存在这一缕光芒
不是别人，那便是他
我们曾是他的拥护者。延续他的梦想
将那被专政所垄断的科学技术由网络公诸于世
每一个人都可以阅读
任何组织与机构都无法阻止
大多读者将之视为无稽之谈
学术权威机构对他不屑一顾
但是我们相信，唯有这些真相能够拯救这个世界
人类所得到的，与工业农业革命相比肩的最后火种
存在于我们的灵魂之中”

楼主写得太乱了，没分段，而且楼上大佬们都说了，只说一点吧：瑚太朗濒死能活下来并不是被篝所救的，而是被小鸟救的，是小鸟把丝带埋入了瑚太朗体内。而这丝带我记得是小鸟求来的。

其实这些问题的答案在游戏里都可以找到，楼上几位也都解释得差不多了，但看对话楼主似乎还不是很理解，不妨去再通一遍游戏

呀噶玛西，太长太乱，不答。
反正前面dalao们都答的差不多了