要对比这两个开源软件，我们先要了解它们的优缺点。

MapServer历史更悠久，开发时间20世纪60年代，由美国明尼苏达大学开发。它是开源WebGis软件，它具有强大的空间数据的网络发布功能。MapServer支持多种数据格式，使得在WebGis中整合空间数据和非空间数据变得更加容易。
MapServer作为WebGIS解决方案，它是面向对象的，基本配置文件MapFile和MapScript模块的API组织都是基于对象的。MapServer通过支持OGC协会的若干标准，支持分布和互操作。MapServer是基于胖服务器/瘦客户端模式开发的webgiS平台，读取地理数据，并利用GD库绘制好jpg/png/gif格式的图片后再传回客户端浏览器。

GeoServer 是 OpenGIS Web 服务器规范的 J2EE 实现，利用 GeoServer 可以方便的发布地图数据，允许用户对特征数据进行更新、删除、插入操作，通过 GeoServer 可以比较容易的在用户之间迅速共享空间地理信息。GeoServer是社区开源项目，可以直接通过社区网站下载，详细请查看本文档末的资源表。

所以它们的架构是不一样的，配置使用难度也不相同，具体要看你的操作系统、数据量来定夺。