第一集 - 入主大奥　一切重新开始 在日本结束了战国时代，进入统一的德川幕府，时值第三代将军家光的天下。将军府的大奥内虽有正室夫人孝子，但掌权者却是春日局。年轻女侍阿玉，好奇下向管事朝比奈问及有关春日局的事情，令朝比奈回想起春日局昔日的种种…… 当年的春日局，原名阿福，嫁给了武士稻叶正成，并为他诞下三名男婴。但因为阿福是逆臣之女，本是稻叶正成的「赏赐品」，所以一直得不到丈夫的喜爱，只不过是一个拥有正室身份的工人，更受到下人和其它小妾的轻视。 正成欲于仕途发展，故常招揽各地浪人（流浪武士），但某一次招待的一班浪人，只是一班亡命之士，他们更在饭后行劫。 正成被囚，有浪人对阿福起色心，阿福为保贞节，伺机用刀杀死欲奸污她的武士，之后，也把一直嘲笑她的小妾杀死。 面对如此难堪的局面，正成为了自己的仕途，决定把阿福休掉，更要她天光前离开。事已至此，阿福只好狠心要求儿子们当她已死，毅然独自到江户投靠远缘朋友，寻找新工作。 当时二代将军秀忠的正室阿江与快要临盆，秀忠之父，开创幕府时代之大将军德川家康，决定请一名乳娘来照顾新生儿。阿福因身份符合，终成为将军家的乳娘。但由于阿江与一诞下麟儿便被逼母子分开，阿江与不禁对乳娘阿福怀恨在心…… 

第二集 - 为保权位　抛弃亲儿 阿福尽力养育竹千代，期待他能成为第三代德川大将军；但阿江与夫人再次怀孕，并诞下次子国松。阿江与把所有母爱都灌注在国松身上，故意忽视竹千代。竹千代虽然被歧视冷落，但仍然憧憬会得到母爱。 时光飞逝，两股势力的对立更加白热化；阿江与夫人不断散播消息说次子国松能力比长子竹千代强，是未来将军之不二人选。另一方面，阿福仍受第一代大将军德川家康照顾，除了将阿福的长男正胜安排为竹千代的侍卫外，更提升阿福前夫稻叶正成出任大名（将军职）。 阿江与成功查出阿福入职前的杀人事件，更特意安排宴会，以期在众前揭发羞辱她一番；虽然阿福否认，但流言已起，令她和竹千代陷入最低潮。 阿江与感胜券在握，竟主动会见竹千代，想以亲情劝他自动放弃将军位；竹千代不允，阿江与竟亲口对竹千代说后悔生下他。竹千代思前想后，竟萌轻生之意，幸得阿福救回，两人关系更深一层。

第三集 - 千方百计　助主登位 为将这恶劣情况告之家康，阿福抱着以下犯上必死之心，以祈福为名，悄悄到家康隐居的骏府城，将竹千代的恶劣情况告之家康。家康听取报告后勃然大怒，直斥阿福不应干预将军家事；当众赶她离开，不过没有认真处罚她。 阿福的赌博终于成功；家康突然到访，更在众人确认竹千代为德川家正统继承人。好日子终于到临，但阿福的前夫正成到访，他托阿福将三男正利推荐到失势的国松身边当侍卫。想不到阿江与竟答应阿福这要求。 家康不幸在竹千代成年前病逝；阿江与竟不识抬举，竟要求伤心不已的将军秀忠另立承继人，引起秀忠不满。阿福为了不让竹千代丧失将军之位，于是使出了美人计，于秀忠出外打猎时，让美丽的侍女亚静与他共度一宵。 成功令秀忠第一次出轨的阿福，竟发现阿静有孕；为保守此秘密，秀忠与阿福建立起更密切关系。在鲤鱼节（男儿节）的家臣宴会上，阿江与一心想推国松成为继承人，却只逼得秀忠在众家臣前确立竹千代身份。

第五集 - 尼姑被囚　成将军妾 家光成为将军十多年，仍坚拒不与孝子行房一事，令春日局忧心不已；但在寛永十六年，情况有了转机；因家光在上京途中，遇见伊势庆光院的新住持庆光院，一见钟情。 春日局得悉此事，特意请庆光院会见将军；藉以了解她的底世，知道她原来是名门之后，便把心一横，乘夜将她捉回大奥。春日局更开宗明义令庆光院了解，是为了德川家子嗣，要她还俗成为将军家光的侧室。 被幽禁在黑牢中，等待头发生长的庆光院曾一度寻死，幸得家光的笛手半井隼人之笛声，重新振作。另一方面，庆光院弟子阿玉，为能再见师傅庆光院，投身大奥成为女中（侍女），受尽欺凌刻薄。 家光见春日局，要求她放走庆光院，春日局不允，说为德川家未来，被打进十八层地狱也在所不惜；庆光院的头发终于生长到肩膊上，春日局更替庆光院改名为阿万。晚上，家光出现闺房．．．

第六集 - 阿万夫人　觉悟之夜 在家光到达前，阿万藏起为寻新姊下落而误闯大奥的笛手隼人；想不到家光到了闺房后，并没有与阿万行房，只和她倾谈后便离开。翌日春日局向家光了解原委，得悉家光还未想占有她。 阿玉的固执虽令她在大奥吃尽苦头，但得管事朝比奈赏识提拔，而有机会和阿万相认。获家光特别许可，阿玉一跃成为阿万的近身侍女。两女更趁此秉烛夜谈。那边厢家光没有再到大奥，反而向隼人诉说自己对阿万看法；原来家光虽喜欢阿万，但始终认为对方是内心丑恶的女性。 春日局向阿万施压，阿万乘机要求与失宠被迁至中之丸的正室孝子见面，两人相见深感投缘。在春日局舞宴上，阿万终有机会认识隼人。 阿万再赴孝子约，更有机会与隼人倾谈。阿玉尾随而至，了解阿万为阻止春日局牺牲其它女子，决替家光诞下子嗣。众家臣正为将军顺利完婚之事庆祝之际，春日局又准备进行下一部计划。

第七集 - 以德报怨隼人获释 春日局想为家光多纳侧室，新目标就是在市集中卖旧衣的阿兰；春日局亲到说项，阿兰本是古川藩武家后人，但父亲落难身死，一家人流落到长屋（贫民区）寄住。为治母病让兄当官，阿兰决意当候选侧室。　 隼人终于成功潜入大奥密室，得见姐姐却发现她已痴呆。 阿万将京城的衣着谈吐风气带进大奥，转眼成为仿效对象；春日局看不过眼，便借机打遏，更以保武家女子勤俭素之美德，规定大奥女子每年只准新做一套和服，阿万看不过眼，将自己的华衣整批相赠于大奥诸女，惹来春日局质问，两人正式交恶。 春日局到长屋将礼金交予阿兰家人之际，惹来卖鱼娘阿夏的兴趣，她使计让自己与春日局见面自荐，更不惜当众露体以证姿色不弱于阿兰。 隼人几经辛苦救出姐姐阿雪。在逃避追兵途中，阿雪清醒过来，向隼人说出曾为自救，践踏十字架叛教；最后更乘隼人不备，自杀而死。隼人大受打击，决意报复，目标竟是家光！剌杀失败，家光竟然放过隼人。

第八集 - 春日计谋　两妾入奥 为提高两侧室地位，春日局先将她们过契公家，更将阿兰改名为阿乐。两人在茶道会上初会正室孝子，却被羞辱。春日局决定先让阿乐侍寝，阿夏不服；阿乐感怀身世在桥上哭泣，遇上阿万，阿万对她提点及开解。 因阿万本是公家身份，朝廷因此与将军家关系改进，却显露欲介入之野心。春日局因此恐阿万得宠，将影响德川家管治地位，于是力劝家光不能让阿万诞下子嗣，家光为难。家光临幸阿乐，阿乐因未能对旧恋人宗兵卫忘情而推开家光；家光独自前往浸浴，春日安排阿夏在浴室侍奉，成其好事。翌日，阿乐在众面前公开对家光道歉，家光不予理会。春日局向家光明言，如家光仍临幸阿万，她将不断在阿万饮食中加入避孕药，家光不忍阿万受药毒侵害，转移到阿乐寝室。 阿乐有孕却心情低落，阿万向春日局要求，破例让阿乐与家人见面；孝子约阿万赏花，原来想借机让她和隼人相见，可惜被春日局线眼得悉；春日局将此事在家光前大事渲染，家光大受打击，其后更在射箭场晕倒。

第九集 - 家光染病　春日失态 当春日局欲逼阿万当众透露私会之事，却接家光晕倒消息；春日局实时放下所有事宜，赶到家光病塌前照顾。原来家光染上当时死亡率极高的天花。家光欲见阿万，但阿万原来趁春日局不在意时，私出大奥见隼人。 阿万见隼人希望他能离开江户，隼人不答应之余更将笛子相赠，阿万婉拒。回到大奥与家光见面，家光希望在自己死前，阿万能原谅他强占强留她的罪过，但阿万无动于衷；春日局仍不放过机会，将阿万隼人私会之事相告，更提出要杀之而后快！家光拼尽最后一分力阻止，更说如春日局轻举妄动，死后也会怨恨她。家光病重，春日局不分昼夜侍候在侧，更产生幻觉发下毒誓欲救回家光性命；家光竟奇迹地痊愈，春日局放下心头大石之余，便为家光再纳新侧室阿里左。 另一方面，春日局乘夜捕捉隼人，欲杀他以断阿万思念，最后起动恻隐之心放过他。家光出城祈福，隼人希望能亲自劝说家光打消血洗基督徒一事，但因误伤家光被斩杀，家光欲救无从。

第十集 - 阿万误会　家光杀人 因阿乐险流产一事，家光前往探望，却因此被春日局得悉隼人被杀之事，但为免阿万伤心，春日局绝口不提。可惜阿万在流言中知道一二，向家光对质；家光不悦更说是自己亲手杀死隼人，阿万心痛欲绝，从此不出席公开场合。 阿万的退隐，助长了侧室间争宠，最后更引至阿左里夫人以水袋扮作怀孕的闹剧；春日局想以禁闭来惩罚她们，但阿万出面阻止，更向春日局说出将不会侍寝，令她大吃一惊。家光要求侍寝当夜，春日局亲往接送，但阿玉却自告奋勇代替阿万，成功说服春日局。寝室中，家光向阿玉说明一切原委，令阿玉明白错怪好人之余，了解到家光非常感性和脆弱的一面。阿乐因缺乏求生意志，令产子时不顺利，阿万亲至支持打气，令阿乐重拾勇气，顺利诞下儿子。 正当春日局想将少主人竹千代（与家光乳名相同）带往乳娘处时，阿万出言阻止；但更想不到的是，家光也恳求让母亲可以养育自己孩儿，春日局终答允。阿万正想搬出大奥到中之丸与孝子同住，却发现自己怀孕。

第十一集 - 为保德川　春日施压 得悉阿万怀孕一事的春日局，到访阿万后的首个要求就是要她服下打胎药，更单刀直入说明不想这个孩子成为朝廷对德川家争权的「筹码」；阿玉出言解困，气走春日局。春日局向葛岗大兴问罪之师后，却发现自己患病。 春日局努力游说家光，更说出侍寝前已在膳食下避孕药一事，暗示阿万可能和隼人有染；半井隼人忌日，家光质问阿万，阿万磊落回应，令家光自感惭愧。阿夏亦顺利诞下男婴，春日感形势愈发不可收拾，竟亲手在御膳中下打胎药。春日局遇见阿夏与家光弄儿之乐，触动旧情，良心发现，立赶至阿万居所阻止，更要求赐死后病发晕倒。 春日局久病不愈，阿万前往探望后发现，原来她一直没有服药；春日局解释因当日家光病重，曾发誓自己遇病时「不医、不药」，以一命换一命。 春日局乘自己回光反照，召集一众夫人交待后事；语重深长肯定各夫人的重要性后，终在家光怀抱中死去。大奥由阿万接管，她首要面对的事，是如何不让自己儿子成为政治牺牲品。

第十三集 - 烈炎冲天　吞啮春梦　（特别篇下） 阿乐收到母亲病重的消息后，多番请求回家探病，却被春日局拒绝；悲伤饮泣的阿乐却遇上阿万。得悉此事的阿万，决定兵行险着，让阿万在观音诞那天，乘对外出入的「七之口」开放至夜深，让阿乐混在人群中离开。 孝子准备与时靖见面，悉心打扮，可惜郎君却没有依时赴会。百无聊赖的孝子只好四出闲荡，却遇上春日局；最后更得知，原来春日局早留意到两人之间的暧昧关系，已出手令时靖永不能再和孝子相见。此时阿乐亦赶回家，却发现母亲已在当天早上逝去；哭得死法活来的阿乐却听到兄长说，母亲临终前说，因阿乐的关系已感很幸福，阿乐才稍感安慰。 孝子伤心乱闯，却不慎惹起火警，更迅即蔓延开去，大奥顿时陷入一片火海，连带决定重返大奥的阿乐也因此被困火海，最后幸得春日局舍命相救。 几位侧夫人向家光透露出自己的心底话后，都认同春日局其实用了自己的方法来守护众人；家光用温柔的眼光看着众人，一切尽在不然中。适逢阿万要求刚回来的德松摘一株樱花送父；家光看着这如画般美的温馨场面，笑着把眼睛缓缓合上……

第十五集 - 笃子泷山　正式交恶 笃子顺利与家定将军完房，正式成为「御台所」。笃子与泷山相遇，笃子开宗明义说将不会再任由泷山摆布；泷山到家定处「告状」，更说笃子是萨摩派来的奸细，将会好好教导她。家定觉得笃子比前两任御台所更为有趣。 笃子第一件与泷山及「大奥法度」起突冲的事，就是要求停止对食物的浪费，不要再为她一个人而煮十人份的膳食；这引起了久居大奥，只剩下了穿衣和吃饭这两种乐趣的女中们不满。泷山等人报复的方法，就是在女儿节的宴会上，不接受笃子的赏赐，令她蒙羞。阿满成为其它侍女发泄对笃子不满的对象，但却因此了解泷山每天在笃子膳食下药一事，令她担心不己。萨摩藩主偕克显前来探望将军及笃子，克显竟亲口说上祝贺句及送上「多子石」，令笃子伤心不己之余，情绪失控出丑人前。 晚上，家定向笃子质问她和那「萨摩侍卫」（克显）间的关系，笃子直说自己曾「暗恋」他，更说因此被杀亦不后悔；对笃子又爱又恨的家定，忍不住向诉说自己喜爱她的原因，但这时笃子突然抽搐不止；那边厢，泷山的脸上浮现一线笑意......

第十八集 - 新君登位　公主入奥 新旧将军交替，大奥除了遣散旧人外，人事亦有变更；泷山退隐，初岛成为代理总管事，阿满则被升为管理阶层的「中纳」。新任将军家茂到临，大奥的实权却落入家茂的生母，实成院夫人的身上。 为了对抗外国势力的入侵，朝廷与幕府表面上放弃对立，提倡「公武合体」，因此德川幕府努力想迎娶天皇之妹和宫；刚好天真的和宫厌倦了皇宫中的生活，於是执意接受婚约，嫁入大奥。成为了大奥的掌握者，日夜喝酒笙歌的将军生母实成院，对於处处都执著於京都皇家礼节的和宫，简直视之为眼中钉，两人之间的关系每下愈况。夹在两股势力下的初岛代总管事，於是将照顾「御台所」、「公主」的责任交给阿满。 和宫顺利与将军圆房，本来期待能和生命中的第一个男性交心；可惜受大奥法度所规限，即使二人在朝会相见时，也不能闲话家常；这终於令和宫按捺不住，直奔大奥巨门前，欲弄开门锁见将军。但和宫眼前，竟出现了一持刀侍女。

第二十集 - 泷山复出　枝节频生 泷山乾脆利落地收回实权，将实成院及和宫之争遏下，亦顺利处理好阿圆之事。初岛仍不停和庄五郎幽会，欲罢不能。泷山在寺庙拜祭期间，竟遇上与死去的主公家定极为相似的僧人柳丈，冰封的心突然出现变化。 泷山以国难当前及将军和公家必须尽快有承继人之事，成功让和宫受御医检查。 真之介与阿满有机会倾谈，知阿满心意，只留下「对不起」便离去；後阿满始知真之介已辞职离开。医师最後证实和宫身体不宜怀孕，实和院私自开始选择侧室。初岛与庄五郎之事东窗事发，庄五郎被判死刑；初岛坦言早已料到有此一日，但不是刻意让泷山受牵连；泷山反而鼓励初岛。 和宫一番努力下，初岛终免去死罪，只判流放外岛。阿满相送，初岛坦言终明白阿圆心情，阿满痛哭。泷山因初岛及各事费尽心力，於寺庙参拜时，再遇柳丈大师，却因病昏晕，呼叫了一声「家定大人」便晕死在柳丈怀中。

第二十一集 - 古代宫女　拍照留念 泷山终於醒来，发现自己已置身於寺院内；除了对柳丈加深了认识外，更知道了他是为了赎罪而遁入空门，更收养了一群罪人所遗下的孤儿。拍摄术终於进入江户城，和宫等亦接受了这种西洋玩意，纷纷拍下玉照留念…… 泷山与实成院为家茂出使京都一事再起争执，实成院不想体弱的家茂离开，但为德川家声誉著想，事情势在必行；实成院劝家茂纳妾不果，亲往要求和宫帮忙，和宫竟然答应。和宫劝说家茂，令他说出真相是不希望再替自己做孽；家茂出城前更特意将和宫照片带在身。泷山往找柳丈回礼，得悉柳丈因杀人内疚而出家，泷山自感亦害人无数，两个寂寞人竟然……家茂出使後果然心脏病发，和宫寸步不离悉心照料。 在和宫的劝说下，家茂说出自己常被和继承人庆喜比较，故现既成将军，就到死也要尽责。日本内战正式开始；阿满休假回家却遇上阿真，两人细说儿时旧时乐也融融。分手回家後阿满才知阿真将随军任军医，阿满追出但人已远去，阿满伤心痛哭。

第二十二集 - 孟兰盛会　猛鬼杀人 转眼间盛夏又至，不少女中趁孟兰节期间回家省亲。决意留在大奥的阿满被其他女中邀请，在晚上参加「大奥女中一年一度的盛会」——说鬼故大会。规则是说故事人在说完故事後，将一枝蜡蠋吹熄，再将之带到「大奥怪谈之源」的「不打开房间」里面。 众女中本想藉此散心驱暑，均落力地将有二百六十多年历史的大奥中的怪谈一一说出，但最为人惊吓的还是「穿黑纹服的女中」，因有她的出现，大奥便会有大凶事发生。 当最後一位女中完成後，便带著蜡蠋离开走到「不打开房间」去；但由於良久未归，众女中唯有大著胆子寻找，最後竟在「不打开房间」里面看到被黑纹服盖著的女中屍体！阿满觉得事有可疑，在影响人心下调查，发现被害女中凉波是吴服之间的缝衣女工，极受女工敬重。而她亦快将离开大奥回乡成亲。 阿满走过「不打开房间」时，却发现有一身影闪入；阿满入内发现破案关键，正联同一众女中追寻这位璃玖时，却发现她……正於此时，家茂和宫正欣赏著灿烂的烟火，而文书管事林濑夫人，正写下极讽刺的「今天大奥没事发生」。

第二十三集 - 将军亲征　客死异乡 日本内战更趋激烈，为鼓励士气，不让「倒幕军」将德川幕府打倒，将军亲征一事将无可避免，但众人亦知此去简直是要家茂送死；实成院与泷山再为此事争执，但家茂说出乐意为幕府捐躯，要实成院接受现实。 将军出征在即，泷山及实成院均想家茂选纳侧室，但最後竟由和宫主动开口要求由她选妾；当晚家茂发现侍寐人不是和宫，翌日向她质问，得知和宫深爱自己，希望能将军能得子嗣，藉此为将军留下在世之证明，家茂感动。自此在家茂出征前，除了处理政务外，两人形影不离，成为德川幕府二百多年来，关系最和睦的将军夫妇。柳丈到大奥找泷山，却被葛冈认出他貌似家定，最後更被实成院捉去拷问。最後幸得和宫得知此事通知家茂，将军下喻放人，更在出征前托泷山好好照顾母亲。 进入盛夏的现代战争战场，竟要穿上三百年前的武士盔甲「出阵」，很快就要了家茂的性命。忐忑不安，担心阿真的阿满刚接到他无恙的书信时，和宫则接到家茂病殁於大阪城消息。实成院悲伤过度作乐逃避现实，幸得和宫真情打动，婆媳共为

第二十四集 - 幕府终结　大奥开城　结局篇 紧急接任的将军德川庆喜尚未踏足大奥，便又兴兵继续内战。幕府军在伏见鸟羽大败後，庆喜独自逃回江户并进入大奥；原因只为要求公家出身的两位御台所，笃子与和宫出面调停，以保自己性命。 幕府时代结束将是不争之实，大奥的女中开始有人私下逃走。泷山召集各人，要求大家誓死守护大奥至最後一人。笃子突然出现，并说出再也没有将军会到临大奥，大家可随自己意愿离或留，泷山反对。阿满收到消息，阿真在京都一带受伤垂危，但阿满仍自荐陪伴笃子到新政府军（萨长联合军）处谈判如何无血开城。开城日子决定後，笃子终知道阿满之事，并命令阿满立即离开，赶到阿真身边。回到大奥後的笃子，正式向众女中宣布大奥结束，遣散众人。 大奥除了几名近身侍从和护卫外，整个大奥便空无一人；晚上，泷山游遍大奥角落後，欲在御铃廊前自尽，却被笃子阻止。阿满披星带月带泪赶至阿真身旁时，亦是大奥终结，笃子和克显再聚之日……

第二十五集 - 迎接未来　笃子变身（明治篇） 日本进入了明治时代，举国都踏入「新时代」的景气中。早上有一批货物到达江户「下町」（贫民区）的横巷中，阿满急忙地从屋中跑出帮助卸货，原来这裏就是她和真之介的新居兼诊疗所；阿满整理衣物时，翻出了她自己当年所写的「大奥日志」…… 看著照片回忆的阿满，突发现门外有人到访，来者竟是初岛管事！原来因为特赦，初岛可以从外岛重回东京（江户），更在深川区觅得工作和安居之地。初岛此次拜访，除了和阿满一起回忆各种大奥旧事外，她更带来了其他人的消息；御?房的三人组结成金兰姊妹，一起在横滨开设了刚在日本流行的「牛肉火锅店」，继续过以食度日的生活。初岛亦去了寻访泷山，最後於寺院中找到她正在拜祭家定将军，两人相遇喜极而泣。初岛向阿满说泷山像变了另一个人，面相祥和平静，再看不见昔日的霸气。 初岛离开时，阿满最後询问笃子近况不得要领；初岛反而勉励有了身孕的阿满，说她快将诞生的婴儿就像属於大奥众人，因小生命就如大家般，努力在这新世代活出自己的色彩。阿满与阿真出诊时，看到人力车上，穿著洋装的笃子夫人……