“硅化石”成玉，石头长期被富含二氧化硅及其他矿物成分的水溶液冲刷、浸泡都会进行物质成分交替。也就是说除了树木化石可以硅化成玉以外普通的石头也可以硅化成玉。硅化的程度不同叫法不同，高度硅化具有玻璃光泽是硅化玉典型的特征。
“二次硅化、多次硅化”，因环境、水质等外因变化导致水中除二氧化硅以外的物质成分发生变化，进行了两次或多次不同成分的物质交替作用。
硅化过程除了可以将普通石头置换成玉以外，还可以将玉置换成普通石头，如果水中二氧化硅以外的蛋白石成分比较多，就会置换出具有蛋白石质感的硅化石，如果玉髓的成分比较多就会置换出具有蜡质光泽的硅化石。

硅化变质的石种有：玛瑙、玉髓、燧石、石英、次生石英、蛋白石、泥石、碧玉、化石、其它。