隆武二年三月， 江西吉安府失守 。消息传到了福建的 行在朝廷，人情汹惧，加剧了人心的危殆。隆武帝 颇感震惊。 他在言谈对话中对 此事“深可痛恨。” 根据思文大纪所记，隆武帝在对弘光时期赴云南招兵的御史陈荩 说 “吉安失事，起于乡勇引寇，他兵坐视不救……然滇兵战而不胜，犹愈于一战而逃者……』，但根据 永历实录及所知录所记，吉安失守源于 主客兵不和。一说 万元吉与招募滇军的御史发生了矛盾，大敌当前，陈御史放弃封疆重地于不顾，擅自撤退。所知录 对此事的说法是万元吉认为滇军散漫没规矩，便对他们“讲体统，申约束”，又倚重永宁王所招抚 的山寇 ， 轻视滇军，从而导致了滇军的解体。加快了吉安的陷落过程。 但可以肯定，隆武帝是在得到了 陈 荩的正面报告后 才如此痛切 。史料所载相抵忤，又因为缺乏，具体 详情难以揣测 。
吉安失守，门户去矣。赣州北大门洞开，防赣事宜提上了日程。江西总督 万元吉退守皂口，所部兵毫无人少，援军毫无斗志，清军一接触，守了几天立刻做鸟兽散，急忙退守赣州。 江西的形势达到了 隆武朝廷有史以来的最冰点。自明原江西巡抚旷昭 迫于清廷的声威擅自逃跑后，金声桓 部趁势攻陷了除赣南以外的全部州县，旷昭身为封疆大吏，不组织 人力物力财力 防守 省城，以屏蔽两广楚 浙，反而擅自脱逃，瓦解人心，尸位素餐， 与 贼何异，最后被逮赴处死，咎由自取。可以说，旷昭的脱逃起了一个很坏的恶劣作用，江西的绅士名流不少齐聚九江迎接金声桓部的清军光顾，明朝的江西地方政权更没有充分运作起来担负起 保卫半壁江山的重任。
这种局面直到江西本地的士绅起事后才稍有改观。其中典型代表就是杨廷麟，刘同升等人。杨廷麟 ，清江人，崇祯四年进士。刘同升 ，吉水人，崇祯四年进士。两人都是江西人，资历不浅，弘光时期 受召，但 没有赴任 。杨廷麟曾在卢像升军中任职 ，像升 战死时他恰巧在外求援，逃过一劫。但是颇知忠义。江西全省沦陷，只剩赣州孤注上游，杨廷麟刘同升等 邀集士绅，集合于明伦堂，大讲忠义，灌输奋发报国之志，筹集餉银，招募义勇，图谋大举反攻。
明军蓄势而发，一度打到了赣东北的 樟 树镇，囊括了吉安临江 等府县。这里离省城南昌很近了。两百年后的太平天国翼王石达开在这里 大败湘军周凤山部，省城南昌风声鹤唳，曾国藩为之夺气。 但是好景不长，樟树镇的明军没有做好戒备，被袭击，立足不稳，放弃了临江，退守到了吉安，在这里与清军转入了相持。后来 ，福建朝廷 派遣 郑彩诸部出援湖东，永宁郡王朱慈炎 以所招降的山寇 兵力收复了建昌，抚州等地。江西清军往攻 ，永宁王 告急，张家玉率部驰援，大破之，歼贼四五千人，抚州围解。 明军在江西 的战局达到了 最高潮。
抚州地处南昌东南，相距数百里，对南昌构成了 严重威胁，但是明军的这一胜利并没有延续下去 。 隆武二年三月底 吉安失守后不久，清军 很快兵临城下。 这年四月，清军又 围困了抚州，郑彩不战而逃，清军破城，永宁王战死，各个据点相继失守。朝廷为挽救危局，飞调四方援军，先后汇集于赣州城下的兵力不下四五万。一次性集中了这么多兵力，群英荟萃，阵容可谓相当豪华。 兵马虽多 ，但是 人心难以统一。 这批最早到达的援兵中，有一批特别显眼。当属 旧赣督李永茂 派遣的五千广东兵，这批 广东兵由副将吴之蕃，游击張国祚所帅，六月十五日他们在九华山 与 清军遭遇 ，奋勇冲锋，数战 全胜，敌大惊，急忙 撤城围，退屯水西。 这是援军中 战绩较为显眼的一仗。
所谓一鼓作气再而衰，三而竭，从六月份各路援军齐集赣州城下，江西总督万元吉为了等待罗明受的水师，一直拖了两个月。他认为：“必待水师之至，并力一战，安危在此一举”。结果，清军针锋相对，专打水师。隆武二年八月二十三日，清军夜袭明军水师，焚毁巨舟七八十艘，消息传来，各军无不胆寒，一触即溃，万元吉听到消息只能痛哭，赣州的陷落只是时间问题。
援军败没之日，也正是隆武皇帝蒙尘之时 。赣州的
守军 听闻消息，精神依靠顿失，也只能 长叹，所做的，有死而已。自五月到十月，坚守了五个月。最后几乎全城殉难，大批文官武将，绅士名流，相继阵亡， 此役，贤达之才，敢战之士，数年百战精锐毁于一旦，长城顿失，锐气尽丧。难以言语！

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