在遥远的天上，某个地方住着被称为神明的一族 --大筒木。这一族人生来就比其它地方的人优秀，长着一双白眼，拥有一些特殊的能力，寿命又比别的族长，所以被称为神。这一族虽然有特殊的能力，但是也一直过着与世无争，和平宁静的生活。然而有一天他们发现了一种树的果实，吃了会获得巨大的力量。这一发现打破了原来和平宁静的生活。
吃了这种果实之后，开了一个从未有过的眼睛--轮回眼。获得的力量的同时也会让人一步步走向邪恶，引发了争斗，战争。后来他们明白原来是这个力量太过强大而无法驾驭，才会迷失本性，于是就把果实炼成了丹药。这样一来吃丹药不多的话就不会迷失本性，获得力量还长生不老。这树是邪恶的，它在不断地吸取大地的能量，才能结出果实。渐渐地，神明们住的地方变得荒凉起来，就把目光盯到其它的空间了。吃了果实得到了力量，可以到别的空间去种植神树来维持族人的长生不老。既然这树是邪恶的，会吸取大地能量，被侵略的人反奋起反抗。大筒木为了获得更大的力量震压，就顾不了那么多了，吃了过多的丹药，一步步走向邪恶，四处种树，到处掠夺。
辉夜虽说出生在这一族，但内心却热爱和平，反感族人的这种做法，但是什么也做不了，她麻木了。后来她被派到了地球这个空间来看守神树，被地球的美丽给吸引了，更在祖之国王的甜言蜜语下坠入了爱和，希望能过上和平宁静的生活。但是她知道，总有一天族人会来到这里，收取神树的果实，所以每每夜旬仰望天空总是暗暗地担心。没想到的是，不管到哪里都没有真正的和平，丈夫的反叛让她对爱与和平失去了信心，终于为了保护自己的孩子吃下了神树的果实。
吃下果实之后果然获得了前所未有的力量，开了轮回眼，控制了一切。然而她也渐渐地走向了邪恶。庆幸的是她生下的孩子分到了她的力量却没有被神邪恶的力量所侵，最终把她给封印了起来，开启了忍者世界，就这样过了几千年。
雨村一族的舍人，通过研究祖先留下来的资料，知道了地球的查克拉果实收获的时间快要到了。继承一族的遗命，他要保护雨衣一族所创造的忍界，所以他要提前做点什么了。
大蛇丸对大筒木一族研究很深，舍人通过一步步的计划让大蛇丸培养出了巳月这样集各种强大能力于一身的克隆人。这也是大蛇丸的兴趣，所以就顺理成章了。让他到木叶，把博人当成“太阳”，为博人找到一个得力的帮手。同时为了应对这邪恶的查克拉果实创造的轮回眼，舍人就从极乐净土那边召唤回来大筒木之祖开启的净眼，交给了博人。净眼可以看清所有邪恶，净化人的心灵，大筒木族人是被神树给侵袭了，心灵被黑化，这始祖净眼应该能化解神树的邪恶，还回大筒木一族的本真。这净眼也不是随便哪个都能用的，因为博人身体里流淌着白眼一血脉（大筒木一族的血脉）。
（后面的故事还没有什么头绪）
以上都是我收集后瞎编的，千万别当真了。