USB-HDD和USB-ZIP制作U盘启动盘有以下区别：
1、硬盘模式不一样。
USB-HDD
即USB Hard Drives 的缩写，硬盘模式，即硬盘模式。通过把U盘模拟成硬盘来启动安装在U盘里的PE系统。
USB-HDD+
增强的USB-HDD模式，DOS启动后显示C:盘，兼容性高于USB-HDD模式。但对仅支持USB-ZIP的电脑无法启动。
USB-ZIP
模式即大容量软盘模式，使用这个模式制作U盘启动盘，进入U盘PE系统之后，它显示的盘符为A盘，即软盘。
USB-ZIP+
增强的USB-ZIP模式，在DOS启动后显示A:盘，有些显示C:盘(根据电脑的BIOS支持情况不同)，支持USB-ZIP/USB-HDD双模式启动，从而达到很高的兼容性。其缺点在于有些支持USB-HDD的电脑会将此模式的U盘认为是USB-ZIP来启动，从而导致大容量U盘的兼容性有所降低。
2、启动速度不一样。
USB-HDD硬盘模式的特点是它的启动比USB-ZIP模式快。它可以快速启动安装在U盘里面的PE系统。使用HDD模式后，进入U盘PE系统，它显示的盘符是C盘。
3、兼容性不一样。
使用USB-ZIP模式，对于U盘以及较新一些的电脑主板支持不太好，特别是一些大容量超过2G的U盘，兼容尤其差，不过在一些老的电脑上不支持USB-HDD模式的电脑，那么可以使用USB-ZIP模式启动。