首先先说明一点东西，可以说是背景的一点猜想。
1.本作伊甸教的标志有一点点像NAZI铁十字勋章，再结合伊甸教使用药物控制人大脑，无不让人联想到NAZI的超级士兵计划，再加上民粹主义和宗教相结合，可以说伊甸教是个山寨的NAZI。
2.美国从未停止对人脑控制的研究，包括使用药物（NAZI技术，冷战防叛变反克格勃），次声波，电磁波（V2K技术，我也是道听途说的）对人脑进行近距离及远距离的控制和干扰。
。。。
扯远了，本作剧情我认为还可以，真要说就是育碧成也沙盒，败也沙盒，沙盒弱剧情这是先天劣势。所以走故事脚本的时候和游戏联系不上，感觉一段一段的，还有强行触发剧情的操作也让人觉得很屎，但育碧是铁了心想讲故事，忍了。在我心目中本作最优秀的剧情应该是白尾山的主线，尤其是最后杀了伊莱的时候真是没想到，虽然隐约感觉到了不妙，但还是没刹住车。但由此也引出了一个缺点，由于剧情太碎片化了，以至于主要人物的存在感都很低，杀了伊莱也没什么感觉，就是觉得育碧这一段剧情演绎的有点帅仅此而已。
回到结局，大家都觉得结局喂屎，不管怎么样都是BAD ENDING,但我觉得还好并不是不能接受BAD ENDING，只是觉得很诡异。首先核爆结局肯定是真结局没得跑，只是在和BOSS嗑药大乱斗前，所有队友突然嗑药反水没搞懂，就莫名其妙的，凭什么他们都被下了药嘛，按照之前幽灵荒野的BOSS战来看，育碧完全是可以在BOSS战之前给出合理的一些铺垫的，但是却没有，就像是凭空少了一段，然后回过来看结合整个伊甸教在希望郡的出现以及势力，你会发现很多疑点。
首先极乐做为致幻剂或者说毒品，并不产生收益，不是资金来源，维持如此庞大邪教（***修雕像）运转的资金是个迷，我不信他们光靠打砸抢就能维持运转，用爱发电也要依照基-本-法。
其次是大量全自动武器，甚至是二战的战斗机是从哪儿来的，假设是从黑市交易的，那么请参照上一条，钱。
然后是三个伊甸之门，特么都就是三个弹道导弹地井！！！而且最可疑的就是里面相应的设备竟然完好可用，你说是冷战废井，按照美国现行的规则废井是要破坏至不可恢复使用状态，暂时封存肯定要留人看守和维护，三个好井就落到邪教之手。

最后就是明知伊甸教武装到牙齿，还派主角他们来抓圣父，根本就死送死！！
所以综上可以看出，***就是美国政府的一次阴谋实验！！！结合初始地堡里道奇的话，直到圣父到来后一切都改变了。。。还有就是圣父名言：我看到一匹白马。。。而地狱随它而来。我能不能吧white horse音等同于white house？（虽然我并不知道这话出自那儿，但真的容易让人想歪）
如果是由政府背后支持，所有都很好解释了，甚至连邪教那些点歪的科技树都可以轻松佐证（包括极乐的配方，以及判官狼的生产），在看圣父的态度，圣父自始至终只有一个态度，那就是尽力避免把事态扩大化，为了拉拢主角，可以说是好坏用尽，奈何主角头铁，最终撞破南墙。圣父也并不是预言了核爆，而是他从一开始就知道会核爆（从教徒的留言条的只言片语中可知，伊甸教从一开始就是为了避免核爆），这是一次不成功便成仁的阴谋实验。所以圣父面对主角只有两个态度，你要么跟着我们逍遥快活，要么当这里无事发生。
而且圣父自己的背景说白了就是一个底层平民，自幼生活悲惨，在正常社会基本永无出头之日，然而可能就是他悲惨的背景和变态的心理符合实验条件被选中参与了这次密谋的实验。
至于核爆我个人认为只在希望郡内。只不过是政府为了掩盖这里所发生的一切而动用的最后手段。试想主角干掉圣父，解放人民凯旋而归，那么相应的媒体，民间调查组势必会蜂拥至此，纸终究包不住火，政府利用国民进行反人道的实验的消息终究会浮出水面，国内势必会掀起反政府浪潮，为了让真想永远掩埋，只有将希望郡变成无人死地！！！
而回到结局的莫名其妙的反水也解释的通了，这里之前的剧情被育碧删掉了！！！育碧为了保住美国大市场，游戏中大量的影射及暗喻因为过不了美国的审核而被迫删减，在加上美国当下政局不稳，民心大乱，为了防止现象级游戏带来的负面影响，只能砍剧情。而本定与2月27日发售而因为过不了审要删减只能延期一个月发售。
所以到此这也是我能想到的合理解释了，欢迎大家指正，瞎喷，各抒己见。

圣父想做点事情的，就是经历的事情让他做事方法变得极端，现实生活也有这种人的。这次的故事还有点意思，但也仅此而已，感染力太差了，就好像好剧本给了烂导演一样。

估计所有问题的答案在圣父dlc里 估计是原版就有的内容给拆出来了 估计就能补上空的地方

还有哪个老朋友，CIA特工，被紧急召回

想多了，剧情就是育碧瞎扯的

结局核爆好像是幻觉