如果是为了保护妮娜，那就一直让他的记忆沉睡不就好了么

别沉

我认为这是作者的疏忽，忘记把这个坑补上了。
浦泽直树塑造了无数个精彩绝伦的小故事，却忽视了最大的疑点--约翰的杀人动机。
成年约翰的杀戮，在结果上使得他的恩人（天马），他最珍视的妹妹卷入混沌的深渊之中，这无论如何都不可能是一个像约翰那么聪明的人可能作出的事情。又怎么可能是为了保护妹妹？为了保护妹妹才把她卷入噩梦？这种说法完全站不住脚。
我猜想如此设计情节是为了达到某种艺术效果。比如，天马憎恨医院的政治氛围，于是他所憎恨的人全死了；再比如，作者借助妮娜养父养母的被杀来渲染强烈的悲伤、愤怒和恐惧。
希望我的答案对你有所帮助！
另外，抛开我谈到的问题不说，怪物 自有其精彩之处。

图画书中怪物分裂成两半，最后又相见。妮娜就是约翰的另一半。

约翰的很多行为都是受了帕佩图画书情节的影响，不是么？

他要吃掉妮娜身体里的怪物

我也很疑问这里

很多人都说约翰很爱妹妹，其实我不觉得约翰有多爱安娜，我觉得他对安娜的感情在被安娜打了一枪之后就没多少了。
被打一枪之后安娜在他心里感觉可能就和天马差不多了。
他要接妹妹也不是想和妹妹一起生活，而是因为妹妹之前朝他开了一枪，相当于和他玩了那个天台游戏，他们俩还没决出胜负。
约翰和天马也是一样。
约翰在被天马救了之后，觉得自己已经是“被选中的人”了，其他人类不过是蚂蚁。
只有给了他第二次生命的天马和让他明白这些事的妹妹还有资格和他继续玩这个游戏，输了的就死，赢了的人就可以去看“最后的风景”。

我猜一部分是因为他真的爱妮娜，另一部分爱妮娜其实是他完善充盈自我的一部分，所以虽然表现得像是在他眼里妹妹＞他（小时候让妮娜开枪还指导后续），但其实是完善自我＞妹（把妮娜接回）。然后他心理可能还隐隐的盼望着妹妹跟他是一样的，两个人在一起才能幸福的感觉？就像虽然绘本里指出另一只怪物不需要名字也能过的很好两只完全不一样，但两个人终究还是同类。