ISA-95标准对MES边界的定义，是作为MES边界定义的基础和指导。MES系统功能划分和边界定义应遵循以下原则：
安全性原则：在系统设计上考虑整体的安全措施，使用业界技术成熟的产品，采用安全可靠的系统架构，利用完善的安全策略保证信息的安全可靠。
先进性原则：选用业界领先和主流的成熟可靠的技术路线和产品，既要着眼于目前系统的需求，还要面向未来的发展。
可靠性原则：系统每天都处理着大量的业务数据，任何时刻的系统设备故障都有可能给用户带来损失，这要求系统具备很高的稳定性和可靠性，以及很高的平均无故障率。保证故障发生时系统能够提供有效的失效转移或者快速恢复等性能。硬件环境应消除单点故障，实现双机容错和负载均衡功能。保证系统的高可用性，即7×24小时不停机的工作模式。
实用性及可扩展性原则：系统的建设既要充分体现系统业务的特点，也要具有可扩展性以适应公司管理水平的提升；充分利用现有资源，合理配置系统软硬件，保护用户投资；又要着眼建成后实际的使用与未来技术发展方向，系统应对企业组织架构和业务流程的变动具备低敏感性和优秀的支持性能，企业组织机构或业务流程发生变动时，系统如需变更，应变手段应简单易行。在下面的条件发生变化时，系统可以平滑升级，达到好的可扩展性。
可维护性、界面及易用性原则：流程管理和表单定义要求简单、明确，操作简便；人员组织和角色管理要求管理简单、明确；权限管理要求对应用模块、查看、记录、操作等各级权限管理简单、明确；用户操作界面要求友好透明。
可建设性原则：投标人需要提供适应本项目信息系统的硬件和网络建设方案，既要考虑达到本项目信息系统运行最优化要求，又要考虑到建设资金和建设周期的合理性。
系统集成性：系统设计应与现有的信息化系统及外部系统有良好的集成。