经过多次绑架公主失败，龙王库巴发现，这样搞多少次都会被马里奥兄弟破坏，最后，库巴决定倒过来，终于，他改变了目标，绑架了他的死对头----马里奥与露易丝，还有那只小恐龙，剩下的公主与小蘑菇头根本无力抵抗，最终，库巴占领了整个世界。只是，野心勃勃的库巴怎么只会满足于这些，事实上他早有征服人类世界的打算，经常一翻思绪后，他决定挥兵入侵人类世界，结果却是一场可怕的战争将等着到来。库巴的大军终于来到了人类世界，这时候盟军与苏联已经结束了战争，而库巴的部队却第一个选择了欧洲，结果是，苏联与盟军并不欢迎这只不怀好意的军队，最后变成了全面的大战，战火席卷了两个世界，公主知道，她必须救马里奥兄弟并且俘虏库巴才能结束战争，与是她带着自己的伙伴出发了。

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