找相应的存档目录，目前存档都在这个目录下:C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\Citra\sdmc\Nintendo 3DS\00000000000000000000000000000000\00000000000000000000000000000000\title\00040000 。找到相对应的存档目录，然后把这个目录下的存档文件夹整个删掉（没试过，如果删了提示存档错误，就放回去另寻找方法）
目前我发现的存档目录：
精灵宝可梦 X 00055d00
精灵宝可梦 Y 00055e00
精灵宝可梦 始源蓝宝石 0011c500
精灵宝可梦 终极红宝石 0011c400
妖怪手表 000cf400
精灵宝可梦 太阳 00164800
精灵宝可梦 太阳月亮 特别体验版 001a7100
精灵宝可梦 终极红宝石始源蓝宝石 特别体验版 0014a300