碳能肥的普及对环境保护也有很大的贡献。
首先表现在节能减排和循环经济方面。当碳能肥年产达到3000万吨时，全国每年可减排COD400万吨。
其次表现在对自然环境的改善方面。有机碳肥是高效土壤调理剂。常态化施用有机碳肥，土壤物理结构优化，水气热协调，有机、无机养分均衡，生物多样性发展，土壤恢复生命力，提高自净能力，农作物郁郁葱葱，两者之间形成强大的循环气场，空气净化，温室气体排放减少，还给我们一个洁净清纯的大气环境。
土壤团粒化，土壤层增厚，持水能力增强，有效缓解雨水对地表的冲刷，减轻径流，既保护了土地，又减少对河流湖泊的污染。
有机碳肥与化肥配合使用，能使化肥利用率提高30%-50%，这就相应减少了化肥的挥发和流失，可大大减轻湖泊和近海富营养化的程度。