以下内容是我结合漫画与老TV版做的一些分析，如果有错的地方请大家不要喷我~~谢谢！
先说第一次冲击，按照漫画版里葛城美里与真治的说法第一次冲击诞生了包括自己在内的12使徒和莉莉丝，而莉莉丝诞生了不该存在的13使徒人类。这个是开端！
莉莉丝俗称是黑月，而凌波丽是莉莉丝灵魂的容器，就算凌波丽肉体毁灭同样可以通过转移灵魂的方式让凌波丽继续存在（真为我凌波大神表示难过）
第二次冲击是因为人类在南极与亚当进行接触试图使用人类基因与亚当结合最后失败使亚当的AT立场全面释放导致的悲剧。
按照TV版的解释人类获得了智慧之果使徒则是拥有生命之果为了阻止人类获得生命之果才对人类进行攻击为了毁灭人类造成第三次冲击这个有点出入（TV版年代看得有点久远记不太清了）。漫画版里按照SEELE死海文书的说法第三次冲击是必然的存在的这个怎么也逃不掉，但是问题来了！究竟怎么发生由谁来控制第三次冲击的发生成为三方抢人头的方式，漫画里使徒的思想很简单与莉莉丝进行接触，引发第三次冲击毁灭除了我以外的全部物种我成为新的物种存在于第三次冲击后，SEELE的目的灭掉使徒抢到人头完成人类补完计划使人类成为共同体也就是剧场版最后的LCL海洋（因为他们觉得人类总是在互相杀戮迟早完蛋），碇源堂其实他的想法很单纯就是“我想见我老婆。”
那么如何引发第三次冲击何时引发就成了关键因素，第一种方法就是通过使徒与莉莉丝接触（但是这里又很矛盾因为貌似渚薰在到达最终教条的地方并不知道里面是莉莉丝而一直以为是亚当）。第二种方法是EVA拥有了S2机关并且同时获得朗基努斯枪就能进行第三次冲击的触发。（在这里不得不佩服碇源堂原来初号机在吃掉使徒这点上居然也是在他的计划内，最后连SEELE都不得不说从5分钟的行动界限，直接过渡到拥有S2机关这个半永久性无限行动界限是不是快了点。）拥有S2机关的初号机就相当于使徒的存在而朗基努斯枪是生命之树的根须是结合的必要条件
而SEELE与碇源堂也并非亲密无间的合作，至少在初号机获得S2机关前表面上是这样的，但是初号机获得S2机关后就直接导致要破裂的阶段最终SEELE不得不使用渚薰这张牌，渚薰在漫画里是个非常悲催的角色因为他不是碇真治的朋友，作为13使徒无论他有没有引发第三次冲击他的结局都是死，引发第三次冲击SEELE应该会立刻把他解决，但是失败的话他又会被碇源堂的NERV干掉。最后他还是选择被碇真治解决，（漫画里还有基吻）13使徒也隐约代表了另一个含义就是耶稣12门徒里的第13使徒犹大，渚薰背叛了使徒的职责站在了人类这边。
最终SEELE在夺取MAGI失败后对NERV本部进行强攻，想要夺取EVA来进行人类补完计划。而碇源堂也不是吃素的直接通过吃掉亚当与其同化变成使徒般的存在想直接对我凌波大神下手，结果我凌波大神选择了碇真治，同时预料之外的月球轨道朗基努斯枪也飞了回来直接达成目标。SEELE正式完成第三次冲击让人类融合为LCL海洋，而凌波大神则让碇真治选择是否要融合，碇真治选择了放弃，凌波大神达成了他的愿望。第三次冲击后人类又回到了第二次冲击前的样子。