王琪和王进生于1961年9月份应征入伍，一起进了55师直属工兵营渡河连（后来改为舟桥连）。王琪在3班，王进生在2班，他们的主要任务是排雷、爆破、桥梁、工事等，以保障部队完成作战任务。
王琪是高中学历，他因篮球特长进入西安体委兼做后勤事务。有时候，做一些传达科的事务。王进生常戏称王琪是“看大门的”。
在西安工作没多久，同村街坊给王琪说了一桩媒，女方是隔壁村的，婚后不久，王琪就萌生了离婚的念头，离异后的王琪应征入伍。母亲去兰州军区军营探过一次亲，这是母子最后一次相见。
1962年9月份，23岁的王琪入伍一年。55师直属工兵营驻扎青海湖岸畔待命。
青藏高原已是寒气催人。在青海湖畔的农场，王琪参与收割了一茬青稞。他刚打扫完粮食，军调命令就下达营部。1962年10月战争动员之后，待命已久的55师开赴中印边境。
汽车在青藏高原上逶迤前行，士兵之间气氛凝重。王琪所在的2连1排28人及2名炊事员乘坐一辆解放牌敞篷车，排长王祖国坐在驾驶室。
在唐古拉山附近，气温低至零下二十摄氏度，王琪和2班王得玉有高原反应。他在车上肚子疼得厉害，“王琪在车上哭……大家都不说话。”班长张玉民回忆称，新兵都有些怯场。
但车队并未轻易停车，到兵站才停车休整。恶劣环境下，车队行驶13天到达西藏达旺。这些时间里，王琪共吃了26顿饭。特殊时期的粮食供应紧张，为了节约粮食支援国家，单兵从45斤粮食月供给量减少到42斤。
进入喜马拉雅山南麓，他们才松了口气。达旺地区是热带季风气候，降水丰沛，气候温暖。
王琪住在一座印度军方遗留的的铁皮营房里。夜雨总是不期而至，雨打在铁皮上啪啪作响。行军的道路也经常在夜间被雨水冲垮。王琪和战友为此常紧急出动，弄一些松枝来临时填充道路，以保证运输物资的军用卡车通行。很多门巴族、藏族的同胞组织起来帮着解放军往山上背炮弹。
1962年11月17日晚上7时，部队开拔。次日凌晨1时，解放军打响了西山口战役总攻。这一战之后，印度失去组织反攻的能力。12月5日，中国单方面宣布撤军。主力部队后撤，工兵营留驻达旺，处理工事。营部的事情并不很多。为了补充军需，允许士兵三五成群去印度撤军后遗留的仓库里寻些物资回来。
变故发生在1962年12月31日。午饭时，张玉民发现王琪不见了。他紧急上报，整个营队开始搜寻。
张玉民本以为王琪独自去仓库找东西，被野兽祸害或掉到了山涧里。但他们在多次搜索后仍一无所获。军队最终撤离战场。
“只要找到尸体只是纪律问题，但是人找不到，就是政治问题。”张玉民说，他当时很担心。
张玉民知道家属去军区找过，但不知道军队怎么定性。王祖国对界面新闻称，后来，部队当时给王琪定了一个“丢失”的结论。尽管如此，张玉民还是为此挨了不少批评。
1963年12月31日（王琪自称是1月1日），工兵营抽调部分人员到麦克马洪线附近运送军需物资，其余战士自由活动。王琪打了一会儿篮球后，休息了一会，便慢慢溜达着出了军营。

王琪在初中的时候被大哥王致远带到咸阳的中学上学。
1975年，王琪和村子里的一位印度女性苏希拉（Sushila）结婚。此后十年间，他们生养了两儿两女，但大儿子因为疾病不幸离世。