先结论，再过程。
我以前只是知道mp4容器能放x264/avc+aac音频。
现在看起来可以放mpeg系列的视频和其他音频，比如mp3。
推论：某些源是avi容器，喂给编码软件但不吃，用ffmpeg封装为mp4或可解决问题。
我以前只知道用mkvtoolnix-gui封装为mkv。用什么容器封装，取决于最终期望保存的容器
以下是 整个事件的过程，“太长不看”党可以略过了。视频的信息我贴在2楼。
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我得到个 源是avi容器的视频，打算 弄成mp4 或者 mkv，顺便减小体积，便于流转。
这是一段游戏录像。别人发给我看的，我只是随手尝试一下压制，没想到这竟是麻烦的开端
avs里用的L-SMASH，视频部分x264成功编码。
音频喂给qaac，结果不好使，根据过去经验，用mkvtoolnix-gui封装mkv，再喂给qaac，成功编码。
混流后发现，音画不同步，声音晚一秒。
更新播放器（mpc-hc），然后再检查源视频，发现源视频播放是正常的。再次重新封装，延迟改为-1000ms。这样之后，前面播放是正常，但结尾好几秒没声音，再次检查源视频，结尾正常，有声音。而且 源视频 整个都是正常的，没有音画不同步的情况。

之后折腾了许久，我拖动了混流后视频的进度条，发现5分钟处明显的表现出 声音晚了一秒，12分钟左右就几乎同步了，之后基本上一直同步。
这一段时间不同步，然后慢慢同步的诡异情况我是没辙了。
我之后又检查了一下源视频的信息。我觉得我一开始就不该开始压制。
源视频 视频和音频的时间就不同，我折腾个什么劲儿啊。。。。

楼主实在太可爱了。的确有些时候遇到的问题深究之后可能令人更加无语。

mp4box的格式支持信息：
Supported raw formats and file extensions:
NHNT .media .nhnt .info
NHML .nhml (opt: .media .info)
MPEG-1-2 Video .m1v .m2v
MPEG-4 Video .cmp .m4v
H263 Video .263 .h263
AVC/H264 Video .h264 .h26L .264 .26L .x264 .svc
HEVC Video .hevc .h265 .265 .hvc .shvc .lhvc .mhvc
JPEG Images .jpg .jpeg
JPEG-2000 Images .jp2
PNG Images .png
MPEG 1-2 Audio .mp3, .mp2, .m1a, .m2a
ADTS-AAC Audio .aac
Dolby (e)AC-3 Audio .ac3 .ec3
AMR(WB) Audio .amr .awb
EVRC Audio .evc
SMV Audio .smv
Supported containers and file extensions:
AVI .avi
MPEG-2 PS .mpg .mpeg .vob .vcd .svcd
MPEG-2 TS .ts .m2t
QCP .qcp
OGG .ogg
ISO-Media files no extension checking
Supported text formats:
SRT Subtitles .srt
SUB Subtitles .sub
VobSub .idx
GPAC Timed Text .ttxt
VTT .vtt
TTML .ttml
QuickTime TeXML Text .xml (cf QT documentation)
Supported Scene formats:
MPEG-4 XMT-A .xmt .xmta .xmt.gz .xmta.gz
MPEG-4 BT .bt .bt.gz
MPEG-4 SAF .saf .lsr
VRML .wrl .wrl.gz
X3D-XML .x3d .x3d.gz
X3D-VRML .x3dv .x3dv.gz
MacroMedia Flash .swf (very limited import support only)
Supported chapter formats:
Nero chapters .txt .chap

isom(mp42)能塞的东西多着呢……哪怕FLAC现在也能塞进isom里面，FLAC1.3.2新附带了FLAC在isom封装的定义文件，虽然现在mp4封装器还没有跟上……

有了新发现。
我后来找了一个时间 看起来正常的视频重新压制。
我发现 源视频中，28~31秒的画面。
在压制产物中的26~29秒出现。
我换了旧版的x264重新压制，结果问题依旧。
LoadPlugin("D:\Program Files\megui_dev\tools\lsmash\LSMASHSource.dll")
LWLibavVideoSource("英雄时刻_20170227-00点47分08s.avi")
--preset veryslow --crf 33 --deblock 1:1 --keyint 720 --min-keyint 1 --bframes 6 --ref 6 --aq-strength 0.6 --psy-rd 0.40:0 --opencl --output "%~dpn1_v.mp4" "%~1"

承接楼上，发现了明确的情况
14秒之前是正常的。
14~16秒是一样的画面，实际过程中是游戏卡住了，画面一直不动，所以录下来是完全相同的画面，持续了2秒左右。
我把视频用megui打开，里面的步骤其实和我之前做的是一样的，用了LSMASHSource.dll。
在预览的过程中，LSMASHSource.dll把那2秒的停顿给弄没了。预览时候，那个停顿就没了。
LSMASHSource.dll居然能吞吃播放时间

继续 探索，改用FFVideoSource，依旧少了2秒。
最后用了 DirectShowSource.
喂到播放器播放，在14秒的停顿没了，一直播放下去，会始终差2秒。
但把进度条拖动到14秒~16秒之后，基本上就同步了。
难道那2秒，出现了什么特殊情况，以至于这些都不能正常处理啊

法1：mkvtoolnix封成mkv，看播放是否正常，如果正常用gmkvextract提取timecodes
法2：avs的源滤镜如果支持写出timecode，则方便直接用它们导出tc文件
压制时x264 --tcfile-in 加timecodes文件地址

哎 我试过加2个aac

先把源视频封装为mkv，播放正常，同步。
给出封装后的文件信息：
然后提取 时间码：
得到视频轨道的时间码文件：oritc.txt
写avs如下：
LoadPlugin("D:\Program Files\megui_dev\tools\lsmash\LSMASHSource.dll")
LWLibavVideoSource("英雄时刻_20170227-00点47分08s.mkv",threads=1)
也换用过FFVideoSource
结果大概是这样：
没有顺利开始，这就不知道该咋办了。
@zhuangyzj

http://komisar.gin.by/old/2744/x264.2744kMod.x86_64.exe
x264直接输入文件和tc，不用过avs
（Syntax: x264 [options] -o outfile infile
输出 -o ，输入放最后，即未指定的第一个就是默认当作输入）

源视频封装为英雄时刻_20170227-00点47分08s.mkv
结果是这样的：
直接把源文件英雄时刻_20170227-00点47分08s.avi喂给x264，结果如下：
我感觉好像和12楼没啥区别？
你看看方便留个qq。把文件收过去仔细看看？
@zhuangyzj

真是喜讯，居然开始走了。
现在还不知道结果，等压制完看看 是否正常。
不过 为什么 去掉了avs4x26x.exe -L 能 成功运行了呢？
有这一句失败的原因是啥？

你又没用avs……上avs4x264干嘛……