首先来两个链接
http://www.bilibili.com/video/av5401685/
http://www.3dmgame.com/xd/201607/3577787.html
这两个链接是楼主在看过游民和3DM后觉得最靠谱的想像添加的内容最少的剧情解析

根据第一个链接，得出游戏中有螺母的脑洞所构建的背景：
超声武器和肉球为星球外来物，肉球用作控制人造人，让人造人智能化，而肉球身上也有四个控制器。
我们再来从第二个链接说说小男孩的身份，小男孩属于人造人，不属于人类，受肉球控制，从一开始就有要解救肉球的目的性
得出以上两点后，我们会发现，科学家们不熟悉小男孩，看见他进入实验室看两眼就不再多看，如果小男孩真是实验物，我相信科学家们一定会对小男孩展示出自己的好奇，但实际上是漠不关心，而在更多关注肉球，引起科学家们兴奋的应该是肉球活化，说明肉球一般不活化，活化意味着有人造人得到了智能，因为前面讲过智能应该来自于肉球，从肉球吞噬小男孩拥有精神控制能力和小男孩受肉球控制可以看出，小男孩的这种智能也来自于肉球，并以解救肉球为目的，所以应该是肉球控制小男孩解救自己，但科学家们显然对肉球的逃亡有应对措施，详见这两图，科学家们对肉球逃亡的结局有过预案，所以在肉球逃出出乎科学家们意料之外时又一步步把它引入陷阱，最后实现预案，肉球最终失败。

图插不进去，只能再插个链接http://www.chinaz.com/game/pctips/2016/0715/552312.shtml，就能看到科学家们对肉球逃亡的预案准备。

至于为什么小男孩在破坏13个发光装置后毅然决然放弃解救肉球，这个可以联系到小男孩和一般人造人不同，在游戏过程中表现出过自己的感情开开脑洞就能解释，开放式结局应该是有部分可以开脑洞，但有部分一定是真相只有一个的。

嗯楼主继续