本人开学大四，现在在跟着生信方向的导师做一些基础的工作，是一个萌新，将来也想上这方面研究生。
我遇到了一些问题，想向大家求助：
首先，这周交给我的任务是分析一个微生物基因簇的结构，给了我这个基因组的序列，我也读了很多这方面的材料，但是找不到能用来分析原核生物终止子的工具。
第二，我用了http://fruitfly.org/seq_tools/promoter.html上的工具来找启动子，但是找出来一大堆，我也不知道怎么分析。
第三，基因簇的结构如果要分析是不是一定要每个基因都单独拿出来，还是几个相近的放在一起或者一股脑全堆进去。
希望大家能够给我解答！谢谢，这些问题我都问过老师和师兄了，他们让我自己思考，但是对于原核生物转录方面我的知识确实比较有限，需要大家的点拨！~

orf finder挺好用