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然而就在西班牙守军崩溃前夕，西班牙官方开始秘密与美国军队谈判，并达成一致，西班牙只向美军投降，同时美军不允许菲律宾军队入城。世上没有永远的正义，只有永远的利益。
在西班牙和美国在海上互掐的时候，美国人和菲律宾人很自然已经成为抗击西班牙的盟友；然而当美国人最终达到了目的，开始跟卖萌的西班牙人眉来眼去的时候，可怜的阿贵同学和他的菲律宾革命军就再度沦为叛乱分子。

美国人明确地命令阿贵军队不允许在战斗中进城，并将其驱逐出马尼拉周围的所有战略要地。除了阿贵之外的菲律宾革命者们目瞪口呆，他们好不容易要打下了江山，却最后连自己的首都也不能进去。最终，美国接受了西班牙守军的投降，成为唯一的胜利者。
阿贵发表的菲律宾的独立宣言并没有得到美国的承认，而战败国西班牙政府在1898年12月签署的战败条约中更是把菲律宾像自家后院一样，割让给了美国。当然，前文说过了，与古巴等原西属财产割让相比，菲律宾是不一样的，因为——美国人民付钱了。

菲律宾殖民问题上 美帝比板鸭重视多了 一手大棒一手甜枣把菲律宾搞定了

严格来说，阿贵的这个宣言还是给美军留了余地的——也就是说：只要美军不再试图×××，我们也就不会×××。但可惜的是，单纯善良的美国人民，没有理解阿贵同学的良苦用心。
美国驻菲的奥蒂斯将军一见到这个宣言，便认定菲军已经宣战，命令他的部队加强防备。随着局势的激化，情况越来越不可控。

1899年2月4日晚，未知原因造成了一名美国哨兵的枪响，次日，美军亚瑟·麦克阿瑟将军在没有调查开火原因的情况下，命令部队向菲律宾军队进攻，从而美菲双方开始了全面大规模的武装冲突，美菲战争爆发。关于这个关键人物亚瑟·麦克阿瑟将军，大家看起来可能有些眼熟——没错，他的儿子就是牛B哄哄的号称“澳大利亚的保卫者、菲律宾的解放者、日本的征服者、朝鲜的捍卫者”的道格拉斯·麦克阿瑟，美国二战中的五星上将。

美菲大战上演
回到美菲的战场上。
菲律宾由于其优良的战场表现传统，所以在战争的一开始，其传说中的正规军部分就崩溃掉了，迅速开始了转为民兵游击战——所幸刚刚经历西班牙的游击战，改起来轻车熟路。所以当年的美军就好像如今在阿富汗的美军，所遇到的并非势均力敌的对手，而是一直在镇压着各地的反抗起义。为了换取远在千里之外的美国本土的支持，美军对这场战争的说明如下：“美国人民为了别国的利益，无私地卷入与西班牙的战争，终于解放了古巴人、波多黎各人和菲律宾人，让他们远离残暴的枷锁。之所以在菲律宾逗留了太长时间是为了保护菲律宾，以免欧洲侵略者的侵扰，并且要指导菲律宾人学习美国式的民主。”一如既往。

坦白来说，阿贵虽然很生气，但还没有主动挑衅美国的意思，其实无论是其给部队下的命令，还是发布的谴责美国的通告，都是为美国留出余地的。和平诚可贵，哪能随便作。No zuo no die，why I try？这个道理一百年前的阿贵同学还是非常懂的。甚至在开战以后，阿贵也屡屡向对手抛媚眼，意图和解。
然而不幸的是，当年美军方面的最高长官是声名狼藉的哈里森·格雷·奥蒂斯将军。这哥们也是一个奇人，军人只是他的兼职，他正经的主业，是一个报纸业者，还当过主编。

奥蒂斯鄙视他的对手，虽然菲律宾军队战斗力弱成了渣，但在奥蒂斯眼里菲律宾的战斗力连渣都不如，很快就会在美军的攻击下瓦解。

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1899年5月7日，阿贵支持主降派的成员开始篡夺了政府内的多数职务，在政府中主战的成员或者遭到排挤或者被杀害。
果然天随人愿，这些主降派的高官们，挨个排着队向美军投降。到1901年3月21日，菲律宾全境被美占领。接着，3月23日，疲惫的阿贵同学也开开心心地被美军俘虏而投降。
秉承一贯的打不赢就降的方针，4月1日，阿贵宣誓效忠美国政府，19日向美国签署了正式投降宣言，依旧苦口婆心地劝说还在战斗的游击队放下武器放弃抵抗并投降。

这次宣言非常煽情，阿贵说：“让血河停止流动，让泪水和忧伤终结……菲律宾人民的本质需求是终战和和平……”
当然，尽管这已经是阿贵第二次劝菲律宾人方向武器，但依旧有很多游击队继续活跃，直到美军富兰克林·贝尔将军也采取集中营加焦土战略，才最终瓦解了大部分的游击队。
1902年7月，菲律宾全境投降。美菲战争结束。
这场战争虽然持续时间不长，但据信交战双方都有骇人听闻的暴行。