只是个人观点哈，我认为Audrey才是Charlotte和Croatoan亲生女儿，至少灵魂上是。主要因为两个点：
1、Audrey和Mara分裂出来之后有一集，Audrey买了杯咖啡给Mara。我们都知道Audrey是只喝黑咖啡的嘛，那集买的也是黑咖啡，Mara喝了一只就吐了出来，说这东西一定要加奶加糖才能勉强入口。所以可以得知Mara是不喜欢喝咖啡的，就算要喝也要加糖加奶。
而在Croatoan捉了Audrey去郊区房子那集，C说要为她煮小时候最喜欢喝的咖啡，Audrey接受后两个人是同时说出口要“黑咖啡”的。
可知Charlotte和Croatoan女儿是从小喜欢喝爸爸煮的咖啡，而且只喝黑咖的。
2、Charlotte舍弃Mara而留下Audrey那里，暂且不论亲妈会不会真的因为女儿内心黑暗就杀掉她帮她解脱留下copy当闺女的问题。她说Audrey才是她原本一直想要的女儿的样子。后面也有说到Mara是她爸死后才性格大变的。
Croatoan也说是用以太复活Mara后Mara被以太影响了完全变了一个人。
说服Audrey帮他的时候也说，知道不会说几句就可以说明她。做出一个copy给Nathan的时候也说只有自己足够了解她能分清楚真假。说明Coratoan对Audrey的人格才是真正的了解的，而不会因为刚从过渡空间出来而不了解Audrey。
再说，妈能随便换一个女儿不代表爸也能轻易接受呀。
综上，我个人的见解是，原本的女儿Mara是Audrey的个性，用以太复活后受影响再加上爸爸死的打击成为了后来的黑化Mara（连饮食习惯都完全变了很难相信是同一人）。而演化出的Audrey就是以前Mara的个性或者人格。所以才会爹娘都接受她，所以那么多个演化里只有她改变了27年的循环。

这个分析非常有道理诶