第一集　再见了，真新镇！ 踏上新的旅程！　　“皮卡丘，十万伏特！！！”　　一声强烈的爆炸声——“好讨厌的感觉啊！”　　“赢了！”　　小智、奇米和小刚结束了宝石联盟之旅，现在他们回到了小智的家乡——真新镇。　　“妈！我回来了！”小智用力敲着门，大声嚷嚷。　　可是，房间里却没人答应。　　“妈！妈！我回来了！”小智又叫了一声。　　“奇怪！怎么没人答应呢？妈妈不在家吗？”　　“支——”这时门却开了。　　但是在小智等人面前的，却不是小智的妈妈。　　“小霞？！你，你怎么在这？”小智的表情十分尴尬。　　“哼，怎么了？我就不能在这了？”小霞又摆出了她的倔脾气。　　“好啦好啦，你们两个就别吵了！”小刚说着，就把他们推进房里去。奇米闷闷不乐跟在后面。　　“皮卡——皮卡丘！”皮卡丘欢快地叫着，突然冲了出去。　　“皮卡丘，你过的好不好啊？”　　“还有小智，欢迎你回家！”　　但是小智的神情好象有些不对。　　晚上。夜深人静。　　“小智，你怎么不去睡觉！”　　“妈，我想问你一个问题，行不行？”　　“小智……”看着自己的儿子这样严肃，小智的妈妈觉察到了什么。　　“小霞，她为什么在这里？”　　“哦，是这样……小智，你为什么问这个问题？”小智的妈妈严厉地看着小智。　　“恩，没什么……我只是问问而已。”小智气冲冲地走了出去。　　小智的妈妈没有说什么，只是微笑地看着小智离去。　　这个晚上，小智第一次失眠了。他显然不是为了神奇宝贝的事情。　　他慢慢拿出两张照片，反复地看着。两个美丽活泼的女孩，他同样喜欢。　　选择……该怎样选择？……　　“小智，你在里面吗？”　　“哦……”小智打开了门，“小霞！有什么事？”　　“没什么事。”小霞说，“……有几句话要跟你说……只谈五分钟。”　　小霞犹犹豫豫，吞吞吐吐。她一开始说的话显然与她登门造访的动机大相径庭。　　小智觉得他必须表白了。　　“小霞，你是我的朋友……不，比朋友还亲。”　　“比朋友还亲，这话是什么意思？”她脸一红，轻声问。　　小智十分尴尬。他察觉出小霞十分慌乱，准备向他掏出心里话，又准备逃走。　　“比朋友还亲……”他说，“意思是我喜欢你……我喜欢你超过喜欢任何人。”　　“超过任何人？”她重复一遍，样子既顽皮又固执。　　“恩，是的。”他回答说。　　“可能是同样喜欢吧，不会超过的。”　　他们沉默了。　　可是，小霞突然下了决心，低声说：　　“昨晚，我和奇米谈了很多……我们之间有些事情……这本来是可以避免的，可是……”　　小霞抬起头，鼓起勇气说：　　“在我们之间，小智，夹着你……这对你……”　　小智沉吟了一会，低声回答：　　“我喜欢你们两人！”　　“正是这样，”她立即说：“两人……两人你都喜欢，不会喜欢一个超过一个。”　　小智做了一个不同意的动作。　　“不不，你承认事实吧！”小霞说，“我们知道，你不会作出什么决定。那么……”　　“那么？”小智声音哽塞的问。“是什么决定？”　　“离开你。”　　“不，”小智几乎说不出话，“你们怎么愿意离开我？”　　“但是，必须离开。”　　“我不同意！”　　“你为什么不同意？”　　“因为我喜欢你。”　　“太晚了。”　　“不算太晚……”　　“太晚了，这样的事……只有下定了决心才能说的……再见，朋友！我们永远都是好朋友！”　　“好朋友？”　　“是的，我想……在我们之间……留个纪念……”　　小智和小霞拥在了一起……　　“小智，北方的超级联盟开始了，你去不去？”博士问。　　“哦，我会去的……小霞和奇米在哪？”　　“你问这个……小霞走了，说是去旅行了。奇米正在准备，也要走了。真不知道她们怎么想的。”博士有些诧异。　　“她们不去吗？”　　“恩。但是小刚会陪你的。”　　“我知道了。”　　小智跑了出去。　　在她走之前，怎么也要留个纪念啊！……

三集　天木道馆的战斗！ 小霞的鼓励！　　超级联盟的第二个城市——天木市。　　天木道馆内，正在进行着激烈的战斗。目前已经进入白热化的关键时刻。　　双方只剩下最后的精灵了。　　“针叶龙，使用飞叶快刀！”　　“大岩蛇，钻到地底下去！”　　随着一阵轰隆隆的声响，大岩蛇飞快地钻到了地底下。针叶龙的飞叶快刀没有击中。“可恶，他竟然这么快！大岩蛇到底在哪呢？”小智一筹莫展，陷入了苦战。“小智，冷静点！”小刚提醒小智。“哼哼，想赢我？我再让你急一些，让你急，把你急的没办法，失去你应有的判断力。哈哈！”“可恶！难道就没有一点办法了吗？”小智恨恨地说，但是他还是毫无办法。西米对小智说：“小智，冷静点，先保护好自己要紧啊！”“只好这样了。”　　“但是你已经没有时间了！”天木道馆训练家阿雷平静地说。　　“什么？！”　　“出来吧，大岩蛇！把他打倒！”　　大岩蛇从地底冲了出来，强力地一击直接命中小智的针叶龙。针叶龙被打飞了出去，倒在了地上。　　“针叶龙失去战斗能力，大岩蛇胜。所以是道馆训练家阿雷胜利！”　　“小智，你还需要努力啊！哈哈！”　　随着阿雷的脚步，道馆的大门渐渐关闭了。　　“小智，我和小刚去精灵中心，你就去买些雪糕吧。”　　“好，就这样！”　　小智没走几步，就到了一家雪糕店。“老板，拿三只雪糕。”“好，给你。”“谢谢！”小智连忙撕开一只雪糕，吃了起来。“好爽啊！大热天吃雪糕最爽了！”　　小智想起了刚刚的战斗，又没心情吃雪糕了。这是他在超级联盟的战斗中败的最惨的一次，而且他甚至败的心服口服，一点也没有斗志了。“不行啊，小智，要打起精神来！”小智自言自语道。　　他深吸了一口气。猛的吃下雪糕。“啊，好冷！好冷！”他捂着自己的嘴，一边偷看别人有没有在看他出洋相。　　一瞥中，他发现了一个熟悉的身影。她也在那里买雪糕。　　他心情激动地轻轻走过去。“小智！”　　他转过头来，小刚和西米跑过来。小智“嘘”地示意他们不要出声。　　他们三个悄悄走过去。他们看见……　　“啊，小霞！”　　小霞也惊讶地转过头。　　“小智！小刚！还有……”　　小霞看见了西米，脸上露出了有点恼怒和嫉妒地神色。　　“啊，恩，这个……她叫西米，是我们的同伴。”小智尴尬的介绍。　　虽然有点气，小霞还是礼貌地问好了：“你好！”　　“你好！”西米天真无邪，并不知道其中的隐情。　　“我有点事……所以，再见了！”小霞看了小智一眼，飞快的逃走了。　　“小霞……”小智把雪糕扔给小刚，去追小霞。“皮卡丘——”皮卡丘也飞快的跟了过来。　　小智追上了小霞。“小霞！”他想把小霞拉住。　　小霞转入了一条小巷子里。　　小智跟了过去。他在巷子前停住了。　　小霞正对着他。　　“小霞，你……你为什么要跑呢？”小智气喘嘘嘘地问。“皮——卡……”皮卡丘也累得不行了。　　“啊，我还以为你懂我的意思了呢？”小霞还是那样的顽皮。　　“这……”小智想起了小霞看他那一眼的意思，不好意思的搔搔后脑勺，傻傻的笑了。　　“小智，你输了？”　　“恩。”小智万分悔恨，想不到这会破坏他在小霞心中的光辉形象。　　“没关系的，打起精神来嘛！”　　“可是……”　　“你一定要打起精神来啊！你一定会赢的！”　　“小霞！”听到小霞还这样鼓励，小智心中涌起了无限蜜意。　　“对不起！我要走了！”　　“小霞！”　　“你不能挽留我的，小智。”　　“不，不是这样。我是说，我们还能不能相见……你知道我很想你的。”　　小霞脸一红，轻轻埋下头去。　　“小智，如果我们还可以相见的话……但是，我答应你，只要你打赢了超级联盟，我们一定会再相见的……不，那时我们一定会在一起的。所以……所以你一定要努力啊！再会了，小智！”　　小霞轻轻的走了，飘然如蝶。　　“我一定会努力的，小霞！皮卡丘，我们一起努力吧！”　　“皮卡丘——！”　　“我会赢的！”小智用力地握紧了双拳。　　“你等着我吧，小霞！”　　天木道馆内，战斗再度开始。　　“每人限用一只精灵，比赛开始！”　　“出来吧，大岩蛇！”　　“上啊，皮卡丘！”　　“小智，对方是岩系精灵，电系攻击没有优势！”　　“哈哈，你的脑筋坏了吗？好，受死吧！”　　小智异常的沉默。　　“我要一击打败你！”小智缓缓地、平静地说。　　恐怖的斗志……　　“皮卡丘，使用打雷！”　　打雷带着强光铺天盖地的冲向大岩蛇。顿时，刺眼的强光充斥了整个场地。　　“加油啊，皮卡丘！”　　一声震耳欲聋的巨响……地板被掀起来了，屋顶也被震塌了。　　　“再加把劲，皮卡丘！”　　道馆的墙壁被强烈的冲击轰开了。　　“用力啊，皮卡丘！”　　一柱超强的电光冲破了屋顶，直至天宇。　　“皮——卡——丘————！！！”　　大岩蛇被打飞了，摔到了1000米的高空……　　结束了，死一般的沉寂……　　“我，我败了！……”阿雷直直地倒了下去。　　“我赢了，小霞。”小智平静地说道。　　远处，一个陌生地身影。　　“这小子果然是强！加油啊，小智！也为了小霞！”　　他缓缓地从树林里走出来，望着小智。他身材魁梧，肩上也背着一个皮卡丘。远看很象小智，但其实是个中年人。他微笑着，抚摩着皮卡丘。　　此人就是人称口袋十天王之一的皮大，同时也是小智的亲生父亲。　　也是小智未来的最强对手……　　小智怀着小霞的鼓励和诺言，和小刚、西米走向远方……

第四集　喷火龙的尊严！愤怒的火焰！　　小智一行人离开天木市以后，就去往第三个道馆的城市——吉波市。　　在路上的一座森林里。　　“小智，这顿饭做的好香哦！”　　“当然了，西米，小刚的手艺可不是盖的哦！”　　小刚又端着一盘寿丝饼干，走到小智旁边。“来，这是好吃的寿丝饼干。”　　“小刚，谢谢你了。你坐下来也来吃吧。”　　“好的。不过……我还要给神奇宝贝们洗澡呢！我先走了——”小刚一溜烟跑开了。　　“唉，小刚总是这么忙！”　　　　……天空晴朗，阳光灿烂，吃饱了的小智舒服的在草地上躺着，温暖的阳光照在他的身上。“好舒服啊！”小智慢慢闭上眼睛。　　忽然，天空略过一团黑影。　　“皮卡——皮卡皮卡丘！”　　“皮卡丘，你怎么了？——啊啊！”　　天空中好象有什么向小智飞来。小智打个滚连忙躲开了。　　一只血翼飞龙冲了下来，稳稳当当的站在了地上。它的背上坐着一个人。　　“你就是小智吧……宝石联盟的最强者！”　　小智有些不好意思：“我就是……有什么事吗？”　　“我想向你挑战！”　　“好啊！我接受你的挑战！”　　“小智——”小刚和西米跑了过来。“你，你是谁？”　　“忘了自我介绍了，我的名字叫做翼，是龙使者渡的首席大弟子。”　　“龙使者渡的首席大弟子？！”　　“恩！怎么啦？”　　“恩，没什么……对了这个是——”　　小智拿出了神奇宝贝图鉴：“血翼飞龙，龙神奇宝贝，身体组成能变成翼……”　　“是血翼飞龙啊，好强啊！”　　“对啊，这是我最强的龙！快点战斗吧，我要让你尝尝我的厉害！”　　“我也不会输的！”　　　　“那么，就让我当裁判吧，”小刚说，“小智VS翼，比赛为一对一。”　　“去吧，血翼飞龙！”　　“既然这样——喷火龙，就决定是你了！”　　喷火龙怀着最强的自傲，鼻处喷着可怕的龙息。就连天不怕地不怕的血翼飞龙，也吓了一跳。　　“战斗开始！”　　“先发制人，喷火龙，使用喷射火焰！”　　喷火龙高高飞了起来，向站在地面的血翼飞龙吐出了强力的火焰。“快避开！”血翼飞龙一下子就躲开了喷射火焰，黑影瞬时来到了喷火龙的后方。“当心后面，喷火龙，快闪开！”血翼飞龙的龙息已经喷出来了，但是喷火龙如同瞬间移动般的飞开了。喷火龙的速度已经赶上了快龙。“什么，好快啊！不过我还是会赢的！”血翼飞龙在近距离喷出了龙息，喷火龙又闪开了。“血翼飞龙，别输给它，近距离用龙之爪。”龙之爪差点击中了喷火龙，不过好在喷火龙及时躲开了。“喷火龙，用喷射火焰！”喷射火焰如流星一般射向了血翼飞龙。“快用龙息！”龙息在最后一刻，抵住了喷射火焰。喷火龙冲向血翼飞龙，却没有击中——那只是一个幻影。“什么，小心啊，喷火龙。”血翼飞龙突然出现在喷火龙身边，使出了龙之爪，喷火龙被直接击中，垂直的掉落在地上。　　“不好，小智，那是会心一击啊！”　　“什么，可恶！喷火龙，快站起来！”　　“啊呜！”喷火龙狂暴的叫了一声，但是它已经无法飞起来了。它的翅膀被刚才的龙之爪抓坏了！　　“太迟了吧，血翼飞龙，用破坏死光解决它吧！”　　血翼飞龙在猛烈的吸气。　　“可恶！喷火龙，用龙之怒！”　　破坏死光和龙之怒发生了大爆炸……　　小智被这股力量弹开了。“喷……火……龙，你一定……要，站起来啊！”　　喷火龙看着倒下的小智，眼睛突然发出了光芒。它朝着天空怒吼了一声。　　没有人知道。只有血翼飞龙听懂了它的意思……　　“你接受我的愤怒吧！”　　　　喷火龙眼中的光芒贯穿了整个天空。　　翼大吃一惊：“什么，这是……”　　喷火龙重新站了起来。　　刚刚苏醒的小智也看到了这个景象。“喷火龙……”　　喷火龙飞了起来，朝着血翼飞龙冲了过去。带着愤怒的眼神，带着愤怒的火焰！整个天空全部烧了起来！！　　小智吃惊的拿出图鉴：“燃烧殆尽，恐怖的绝招，能使烧毁整个天空！”　　天空燃烧殆尽……　　　　血翼飞龙被光芒的火焰击中，狠狠的落在了地上。天空上只有愤怒的喷火龙胜利的呼号！　　血翼飞龙被烧焦了，在地上呜咽着，吐出惊恐的龙息。　　　　“血翼飞龙失去战斗能力，喷火龙获胜！所以是小智赢了！”　　“赢了！干的好啊，喷火龙！”　　翼叹了口气，“回来吧，血翼飞龙！”他对着小智说：“你确实很强，但我下次会赢的！”　　“恩，让我们共同努力吧！”　　小智和翼微笑着握了手。　　“小智，你要好好努力啊！前方还有更多的强手！”　　黑影看着小智他们远去，又一次微笑了。　　前方还有更多的强手！……

第五集　吉波道馆的战斗！塔吉马的表现！　　小智一行人经过长途跋涉，终于来到了吉波市。　　“第一件事，道馆比赛！”小智兴奋的说。　　“啊啊，小智，你还是那么有斗志啊！”小刚说着，“不过，我的肚子也饿了！”　　“说的也是，先去吃大餐喽！”　　“皮卡丘！”皮卡丘也高兴的叫了。　　“那么，走吧！”　　吉波道馆内。　　“我是吉波道馆训练家，南柯。”　　“我是小智，我要向吉波道馆挑战！”　　“OK，我接受你的挑战！”　　“比赛为一对一形式，每人共两只神奇宝贝。”　　南柯拿出神奇宝贝球，“去吧，月精灵！”　　“上来就拿出罪恶系神奇宝贝，是什么意思！”　　“这个，你管不着！”　　“好吧，既然这样，就决定是你了——塔吉马！”　　“上来就拿出龙系神奇宝贝，是什么意思！”　　“这你也管不着！”　　　　“战斗开始！”　　“先发制人，月精灵用黑色的眼神！”　　塔吉马无法被收回去了。　　“那么，塔吉马，背水一战吧！”　　塔吉马使出了龙息，朝月精灵喷了过来。月精灵很快闪开了。月精灵又使出影子分身术，分身成很多月精灵，围住了塔吉马。“塔吉马，不要分心，找出真正的月精灵来。”塔吉马闭上了眼睛。一瞬间，他看见了真正的月精灵。“很好，使用龙息！”龙息以极快的速度冲向了月精灵。月精灵来不及躲避，被直接击中了。“使用冲撞！”塔吉马冲向了月精灵，把月精灵撞到了边界外。　　“月精灵冲出边界，塔吉马获胜！”　　“这么轻松就赢了，也太简单了吧！”小智甩了甩手。　　“哼，好戏在后头呢！”　　南柯拿出另一只神奇宝贝球，“去吧，耿鬼！”　　“啊，这次是耿鬼，那就派猫头夜鹰吧！”　　但是塔吉马却收不回来。　　“小智，黑色的眼神效果还在！”　　“没办法了，塔吉马使用龙息！”　　耿鬼轻易的躲开了。他使出了黑夜诅咒。直接命中塔吉马，塔吉马还是硬撑着站了起来。　　“塔吉马，好样的！使出龙息！”　　耿鬼这次因为补充力量，没有避开。龙息直接命中耿鬼，给他带来伤害。　　“不要停下，使用连续龙息攻击。”　　连续的龙息攻击，次次命中耿鬼。但是，他还是没有倒下。　　小刚突然明白了。“小智，这是他的替身！”　　“什么，可恶！”　　“啊，你现在才发现啊！但是太晚了！”　　黑夜诅咒从另一方向命中塔吉马。“撑住啊，塔吉马！”　　“使用连续的黑夜诅咒！”　　这次轮到耿鬼的连续攻击了。黑夜诅咒冲向塔吉马。　　命中塔吉马，发生了大爆炸……　　黑雾散去……天哪，塔吉马竟然喘着气，仍然坚强的站着！　　“什么，怎么会……”南柯睁大了眼睛。　　“怎么会？我的塔吉马就是这样。”小智骄傲的说。　　“干的好，塔吉马，用龙息解决耿鬼吧！”　　强力的龙息伴着塔吉马的怒吼，冲向耿鬼。　　这一次，是会心一击……　　耿鬼终于体力不支，倒下了。　　“耿鬼失去战斗能力，塔吉马获胜！所以是小智胜利！”　　“耶，赢了！赢了！”　　　　小智终于拿到了徽章，继续向下一个城市走去。

第六集　神奇宝贝瘟疫大作战！　　在去往第四个城市——雅各市的路途中。　　“不好了！不好了！”一个人倒在路上慌慌张张对小智大喊，“小朋友们，你们快离开，不要过来啊！”　　小智跑到那个人的身旁，扶起他，说：“怎么了，叔叔？”　　“你们还是快走吧！”　　“怎么了，叔叔？到底发生什么事了，你快说啊？”　　“前面，前面……”那个人指着前面的方向，“前面的那个乡镇，发生了神奇宝贝瘟疫了！”　　“神奇宝贝瘟疫？”　　卡多镇以风景优美著称，而且优良的医疗设施和丰富医护人员，使这里在以前的那场神奇宝贝瘟疫中，唯一躲过这场灾难。这里发生了神奇宝贝瘟疫，使小智一行人怎么也无法相信。　　但是，事实就摆在他们面前。医疗车和救生队在大街小巷中混乱的狂奔着。不时又有一只神奇宝贝在奄奄一息的叫着。　　“皮卡丘——”皮卡丘也感到十分担忧。　　“喂，乔伊小姐，这里到底怎么了？”小智拎着骚动的小刚，连忙问。　　“你们快走吧，这里发生了神奇宝贝瘟疫了！”　　“瘟疫是怎么发生的呢？”　　“啊，听说是一个邪恶的地下组织向我们攻击。”　　“什么，邪恶的地下组织？”　　“恩，是这样的……唉，我还有工作在身，我先走了。”　　　　晚上，小智怎么也睡不着……邪恶的地下组织？到底是谁在做这种事？　　小智翻身下床，走出了房间。“呼——”他深吸了一口气。　　一个黑影在他旁边，好象在做什么。他当然没有看见小智。　　“皮卡——”皮卡丘发现小智不在，跟了过来。　　那黑影听见皮卡丘的叫声，连忙跑走了。　　“走，皮卡丘，快追！”　　小智和皮卡丘跟踪到一座森林里。　　黑影停下了。　　“啊！”小智惊讶的叫着。　　这是一只凶狠的哈奇蛇。　　“你很惊讶吧！”　　一个人慢慢踱过来。　　“我的名字叫做费普。人称‘毒王’！可惜我的行动被你发现了……”　　费普露出邪恶的笑容。“所以，你必须死！”　　“要打的话，你打不过我的。”小智指着费普说。　　“哦，是这样吗？”　　费普指着小智，“哈奇蛇，用毒针攻击！”　　毒针飞了过来。小智和皮卡丘躲开了。　　“可恶，那我也不客气了！”　　小智指着费普，“皮卡丘，十万伏特！”　　皮卡丘的十万伏特并没有击中哈奇蛇。哈奇蛇很快躲开了。　　“比速度，我们也不会输！”皮卡丘高速移动到哈奇蛇的面前，使出影子分身术。　　“什么，只有这样办了。哈奇蛇，用瘟疫！”　　哈奇蛇吐出了一团雾气。　　“皮卡丘，回来！”皮卡丘迅速跑了回来。　　“能抵抗毒的当然是草系！”小智拿出了神奇宝贝球，“去吧，针叶龙！”　　针叶龙抵住了瘟疫的攻击。同时，用藤鞭缠住了想要逃跑的费普。　　“去吧，皮卡丘，使用打雷！”　　雷电带着呼啸的闪光，击中了哈奇蛇。哈奇蛇立即瘫倒了。　　“出来吧，猫头夜鹰！”　　猫头夜鹰使出催眠术，费普的眼睛打起了转。　　“我们的团伙……在，在卡多镇旁的米达洞穴。我们对卡多镇的人民心怀不满……就，就用哈奇蛇们放瘟疫攻击他们……”　　小智打了个响指，“OK！”　　“谢谢你，小智！你实在帮了我们一个大忙！”　　“没，没什么啦！”小智不好意思的笑着摆摆手。　　费普和他的同伙被绑起来送入了警察局。　　“你们自由了，哈奇蛇们！”　　哈奇蛇们发着欢娱的“滋滋”声，一起爬走了。　　“对了，小智，村民们要给你办宴会呢！”　　“是吗？我真的可以吗？耶哦，我要大吃一顿喽！”　　小智大摇大摆的走着，小刚和西米笑着跟在后面。　　吃饱了的小智一行人，向村民们告别后，继续向雅各市走去。