如果邪恶那么容易就消灭，那么英雄们很快就要集体失业了。所以邪恶只能被暂时击溃，它撤回自己黑暗的藏身处，休养生息，静待时机，准备再次祸乱世间。
2005年4月4日《毁灭战士3》的资料片《邪恶复苏（Resurrection of Evil）》出版。就像《毁灭战士3》的最后一个过场动画所暗示的一样：一切还没有结束，邪恶已经卷土重来。

2145年11月15日，UAC的火星殖民地“火星城”发生了严重事故。5天后当救援队到达火星城时发现事故已经造成极大人员伤亡，而殖民地建筑设施全毁。据UAC的官方报道只发现了一名幸存者，一名刚刚调动到火星城的陆战队员，目前他已经被送回地球接受UAC董事会的质询。而火星城的其他关键人员，包括董事会特使Elliot Swann及其保镖Jack Campbell还有当地陆战队最高指挥军士长Thomas Kelly都已经被证实死亡，首席科学家兼殖民地最高行政长官Malcolm Betruger博士下落不明。
火星城的事故对于UAC是不小的损失，接下来的相当长一段时间内都没有进行火星的再殖民。2146年5月1日，一颗环绕火星的人造卫星发现了从火星城遗址附近的地下传来一个微弱的不明信号，于是8月8日UAC宣布将重启火星殖民计划。而被Betruger博士赶回地球的Elizabeth McNeil博士将是新火星殖民地的首席科学家兼最高行政长官。

很快新的殖民地以火星城的遗址为基础修建了起来，但是因为刚刚开始兴建，这个新的火星城明显比以前的那个小了很多，而且各种配套设施和物资储备也严重不足。尽管如此，调查不明信号的探险队——由几名陆战队员组成——还是出发了。McNeil博士和其他科学家以及工作人员在指挥部紧张地跟踪着进展。
探险队循着信号来到了当年挖掘出古代火星文明的位置附近，他们发现了一个隐藏的密室，看起来建造这间密室的人——或者说外星人——尽最大的努力不让这里被发现。但是为什么？
探险队进入密室的一瞬间，和指挥部的无线电通讯就中断了。McNeil博士他们正在手忙脚乱地试图恢复联系的时候，对于情况的严重性毫不知情的探险队却走入了密室深处。这里的空气给人一种阴森、恐怖的感觉，冥冥之中好像有什么东西在吼叫。
主角——队伍里面的一名战斗工程师，走在最前面。突然面前一道不知封闭了千万年的门突然开启，里面悬浮着一个发光的，像心脏又像手雷的东西。当主角的手碰到那个东西的时候，一股强大得难以置信的能量振荡释放出来，消灭了队伍里面的其他人。而在地下的另一处，一个远古的瞬间移动装置启动了，成为连接地狱的异次元大门。
地狱深处，Betruger博士——已经变成了一个巨大的翼龙一样的大怪物，对着三个被称作“地狱猎人”的怪物说：“他们来了，就像我许诺的那样。现在去夺回我们的东西。”而在火星殖民地里面，恶魔的军团再一次席卷了整个地方——从火星人当年建造的那个瞬间移动装置里面蜂拥而出。

主角带着这个不明物体向地表进发，但是他完全不知道它究竟意味着什么。当他来到火星人的瞬间移动装置前面的时候，一个地狱猎人突然出现，主角打败了它，接着惊奇地发现这个怪物被封印在那个“心脏”里面，而且他只要启动这个不明物体就可以暂时获得连高速摄像机都不能分辨的速度。依靠这个能力主角通过了好几道火星人留下的机关陷阱继续前进。
McNeil博士和主角取得了联系，命令他去仓库里面取回一块以前从外星人遗迹里面发掘出来的，刻着那个不明物体的石板，然后带到一个附近的考古实验室进行分析。主角照办。实验室里面等待多时的科学家拿到石板之后揭示了那个不明物体的秘密：原来它叫“地狱之心”，是由恶魔制造的用来帮助它们入侵火星的强大武器，而火星人击退恶魔，缴获了地狱之心之后却无法将其销毁，于是只能将其封印在地下深处的密室里面。恶魔之心拥有将强大的恶魔（地狱猎人）的力量封印之后由其持有者使用的能力，而且它还是一个引导地狱入侵的信标和异次元入口的控制器，所以恶魔们——尤其是Betruger博士会不惜一切代价将其夺回。

McNeil博士命令科学家继续进行分析研究，同时命令主角到指挥部——也就是新建设的火卫一实验室和她会合。主角在半途遇到了第二个地狱猎人——狂暴猎人。这个怪物攻击力和防御力都高得离谱，不过再厉害也不是主角的对手——他巧妙地利用了地狱之心的加速能力打败了狂暴猎人并且获得了它的力量。
火卫一实验室，McNeil博士告诉主角刚刚取得的新发现：地狱之心必须被毁灭否则无论火星还是地球都不可能安全，然而唯一办法是将其送回地狱深处，火星人或许知道这一点，但是没有力量做到——因为它们的绝大多数人口已经在战争中牺牲。现在主角必须去老火星殖民地的德尔塔实验室，那里遗留的瞬间移动装置可以把他送去地狱销毁地狱之心。但是自从那次事故之后，德尔塔实验室连同老火星城的大多数部分都已经被废弃封闭，所以他们不知道现在那里的状况——十有八九都已经被恶魔占领，并且由于幸存的人员所剩无几，因此也不可能为主角组织一支陆战队护送他。总之，这将是个不可能的任务。

主角在德尔塔试验室启动了瞬间移动装置，但是却发现没有足够的电力开启去地狱的异次元大门，McNeil博士命令主角去关闭殖民地的一些关键系统，这样才能节省电能给瞬间移动装置。而主角在这个过程中遭遇了三个地狱猎人里面最后也是最强的无敌猎人。经过一番苦战终于打败了无敌猎人并且将其能力吸收进地狱之心。
主角被传送到地狱之后过五关斩六将，最后和Betruger博士变成的怪物决战。Betruger博士把主角叼在嘴里扔到地上，要他把地狱之心交出来。主角突然把地狱之心塞进Betruger博士的大嘴，把怪物和地狱之心一起消灭了。而后主角晕了过去，冥冥之中听见McNeil博士的声音在“欢迎他回家”。
游戏的结局到底是什么意思目前没有定论，最广泛接受的一个说法是主角和《毁灭战士3》的主角一样幸存，并且现在正在火星殖民地或者地球的医院里面接受治疗，抑或是在返回地球的路上接受治疗。
另一种被接受的说法是主角没有幸存，因为他伤得太重了。而McNeil博士等人也无法幸存，因为包括生命维持系统在内的所有关键系统都被关闭以供电给瞬间移动装置。所以他们都为了保护人类而去了一个“更好的地方”，字典对这个地方的标准称谓是“天堂”。
第三种说法非常阴谋论：McNeil博士实际上是Betruger博士的同伙，之前Betruger博士把她赶回地球实际上正是为了游说UAC的特使来火星，这样当火星殖民地沦陷的时候UAC为了把特使救出来肯定会派出救援船，届时地狱的恶魔就能劫持这些飞船去地球。当这个计划失败后，McNeil博士启动了后备计划，再一次释放地狱的恶魔，同时她也想取代Betruger博士的位置，所以故意送主角去地狱消灭Betruger博士。而后主角因为长期持有地狱之心而变成了强大的恶魔成为McNeil博士的急先锋，而地狱从此就成为了他的家。
本来《毁灭战士3》的官方授权小说可能会解释一部分未解之谜，但是由于这本书被取消，所以《毁灭战士3：邪恶复苏》的结局的真正含义将很长时间都没有定论。不过如果第三种说法成立，那么也许《毁灭战士4》就会是《毁灭战士3》的主角在地球上和恶魔战斗。

新武器：
磁力牵引枪：正式名称是“离子化等离子漂浮器”。可以隔空取物，抓起武器弹药医药包、油桶或者比较小的箱子。也可以直接消灭一些小型的下级敌人。然而它最最给力的一点是居然能抓住敌人的等离子射弹和导弹再扔回去！而且扔回去的威力反而更大！下级敌人和中级敌人一击毙命！这对于节省弹药来说极为重要，因为和《毁灭战士3》比起来本作的弹药非常稀缺。

双管猎枪：和霰弹枪使用一样的弹药，一次发射两发并且手动装弹。至近距离能一枪打倒最强到骷髅兵的敌人。

地狱之心：取代了灵魂盒。本来是恶魔的财产，现在被主角使用反过来消灭恶魔。一开始没有用处，但是打败第一个地狱猎人之后就有用了。而之后遭遇的两个地狱猎人必须借助地狱之心的力量才能胜出。必须吸收人类灵魂的能量才能使用，只要看见尸体闪烁微弱的光就表示能吸收灵魂，最多能吸收三个。打败一个地狱猎人地狱之心就能多一种能力，启动的时候所有获得的能力都是同时生效的。第一个地狱猎人的能力是加速，也就是时间相对变得非常缓慢，以前很难躲过去的攻击都变得很容易躲闪。第二个地狱猎人的能力是狂暴，任何武器都能够一击消灭非Boss敌人。第三个地狱猎人的能力是无敌，可以无视除了最终Boss以外的任何敌人的攻击。

新的敌人：
异形怪：长得像《异形》里面的异形，但是会扔等离子火球而不是用内巢牙和强酸血杀人。虽然火球看起来像地狱骑士的那样，但是比小妖的火球还弱，只不过攻击频率稍微高一点。取代了小妖成为本作最常见的怪物敌人，而且瞬间移动出现的时候不是橙色的火光而是蓝绿色的。

飞骷髅：和前作的飞骷髅除了长得不一样以外没什么其它区别。

悍面怪：和肉盾怪长得差不多，但是攻击频率明显加快。其最大的特征就是显示屏一样的嘴。本来ID Software想把悍面怪设计成能把自己伪装得像普通的控制面板，主角上当之后走得很近的时候现身攻击，但是这个设计最后没有成立。

加速猎人：第一个地狱猎人，可以瞬间移动一小段距离，还可以将下半身的一打火球全扔向主角或者直接用爪子挠主角。只有用磁力牵引枪将古代火星人的瞬间移动装置两边的两个小炮塔的等离子球抓住再扔到它身上才能奏效。打败加速猎人地狱之心就能获得加速的能力。

狂暴猎人：第二个地狱猎人。在狂暴模式下会以惊人的力度和速度企图强推主角，此时它唯一的弱点——心脏会暴露出来，这时候一定要用地狱之心的加速能力争取时间猛烈攻击它的心脏。攻击到一定程度之后狂暴猎人进入非狂暴模式，在远处扔火球，然后再次进入狂暴模式，用之前的方法对付。打败狂暴猎人之后地狱之心获得狂暴能力。

无敌猎人：最后也是最强的地狱猎人。会吸收周围四个能量线圈的电力进入无敌状态。必须先分别摧毁四个线圈，每摧毁一个都能使无敌猎人暂时“有敌”，这时用自动武器快速射击尽量多造成伤害。地狱猎人会用脚震击地面产生能量震波或者快速发射等离子火球攻击主角，每一次都能造成巨大杀伤。打败无敌猎人地狱之心就获得无敌能力。

Maledict（最终Boss）：词源生拉丁语Maledictum，意思是“诅咒”。Betruger博士变成的大怪物。会召唤飞骷髅、流星雨或者火墙，而且地狱之心的无敌能力不能对这些攻击起作用，再加上周围没有医药包，所以这一战极端考验操作和运气。

关卡顺序：
Erebus - Level 1: Main Excavation
Erebus - Level 2: Erebus Dig Site
Erebus - Level 3: Erebus Labs
Erebus - Level 4: Erebus Control
Erebus - Level 5: Erebus Research
Erebus - Level 6: Erebus Station
Phobos Labs - Sector 1: Teleportation
Phobos Labs - Sector 2: Molecular Research
Phobos Labs - Sector 3: Main Reactor
Phobos Labs - Revisited: Teleportation
Delta Labs - Unknown: Union Aerospace Research Division
Hell

《毁灭战士3：邪恶复苏》出现的影碟：
Mars: Mission Goals & Safety
创建人：UAC
日期：2146年8月6日
欢迎来到全新的更安全的火星。这份简报旨在告知所有人我们的任务目标以及作为对于整个UAC设施的安全的不懈努力的证明。
新的UAC的火星开发任务有很多令人兴奋的理由。不仅仅是成为重大发现的一份子，而且您还在为UAC的未来奠定基础。我们要求您遵守您的团队手册里面的所有UAC安全规范。如果有问题仅仅和您的领队讨论，并且为了安全起见请停留在您的团队的指定区域。
我们一如既往的对于安全的不懈努力包括保安方面的高级训练。我们的安全人员所占的比例比上一个火星任务增加了一倍，以使我们的工作人员能够处于绝对安全的工作环境。UAC了解安全的工人就是快乐的工人，并且将继续在力所能及的范围内提供安全的工作场所。
感谢您的注意并且祝您在火星上生活工作愉快。

AM3 Series Portable Power Plant
创建人：UAC工程部
日期：2145年8月21日
内容：技术规格描述
UAC研发的AM3系列便携式发电机是军用和商用能源的理想解决方案。一旦完成部署，AM3可以仅使用一颗电池就能提供50年保持不变的最高达到750兆瓦的电力。
UAC也提供另一种同时安装两颗电池的型号，提供最高1500兆瓦的电力。这使得AM3即使对于要求最苛刻的工业和军事硬件来说都是理想的便携式能源。能量产生于UAC专利产品“磁力密封反物质容器”，可以使AM3在最严酷的环境里面都能完成安全的运输。而且该产品没有废弃物排放，因为最先进的伽玛辐射防护层，AM3是所有便携式能源需求的最安全环保的解决方案。