2003年，当所有网吧和学校电脑机房里面响起此起彼伏的“Terrorist Win！”“Counter-Terrorist Win！”的声音的时候，很多人，很多很多人开始注意到貌似有什么东西很久没有出现了——没错！《毁灭战士》已经太长时间没有出新作了！虽然各种同人MOD层出不穷，但是官方的新作呢？难道ID Software已经把它遗忘了？当然不会，俗话说慢工出细活，卡马克大神他们十年磨一剑，终于《毁灭战士3》上市了！

经过十年进化，《毁灭战士3》的画面视效已经精良到什么程度了？一个描述足矣：这游戏在当年是公认的顶级硬件测试软件，一般的个人电脑如果特效全开那么据说5分钟才能处理一帧的画面！
《毁灭战士3》和《重返德军总部》一样都是把原来的老游戏重新制作。当然从剧本到美术设计的改动也是少不了的：首先场景从火星的两颗卫星搬到火星地表——因为火卫一和火卫二的引力实在太小，小到即使跳一下就会漂流到外太空！而火星的引力大致是地球的三分之二，所以重力的模拟就容易多了（当然游戏里面表现出的火星重力和地球一样）。原先地狱占据了一整个章节，这次则只有一关。最最重要也是最给力的就是《毁灭战士3》里面的控制面板本身就自带操作界面！也就是说不再仅仅是简单地“按下开关”，而是要“输入密码”、“调整方向”、甚至还能在上面玩游戏！另外为了考验玩家是不是真的认真玩游戏，剧情发展的线索都被分散隐藏在各个角落，就像拼图一样一块一块收集起来才能明白究竟发生了什么事情、正在发生什么事情和将要发生什么事情。

当然这个游戏的流程很长，各种设定繁多而且复杂，所以要求人人都把每个细节看光把每个蛛丝马迹凑齐也是不现实的。所以还是剧透比较好。
22世纪，联合宇航公司（简称UAC）已经成为人类最大的超级企业。除了国防合同的老本行，UAC的业务扩展到了生物学、航空航天……等等人类已知的高科技领域。由于无限的资金支持和无视法律道德的大胆行为，UAC控制了大多数最先进的科技专利。
重新设计的UAC标志。
《毁灭战士》和《毁灭战士2》的老UAC标志也随处可见。

Swann和Campbell与Betruger的谈话并不愉快，Betruger说那些已经和正在申请离开火星的人员“无法适应这里的工作”，而Swann要求他解释近期频发的事故的时候，Betruger把责任推到UAC对于拨款的吝惜上。Swann要求亲自视察整个殖民地的每一个角落，包括最先进的德尔塔实验室，并且威胁Betruger如果情况得不到改善，UAC会停止对火星城的资金支持。Betruger一点都不害怕，还叫Swann不要挡他的路，因为“令人惊奇的事情即将发生”。
主角见到士官长后被立即分派了第一个任务——去已经退役的旧通讯设施找回一个失踪的科学家。当他找到那个科学家的时候，科学家语无伦次地解释自己正在试图在“时间太迟”之前警告某些人，因为“恶魔是真正存在的，我建造了关押它们的笼子”。就在这时一场剧烈的怪异的能量震动席卷了整个殖民地，无线电里面充斥着枪声、爆炸声、以及“因为遭受不明武装力量袭击而损失惨重”的报告。而那个倒霉科学家则被什么力量附身变成了丧尸。主角不得不开枪将其打倒。

主角返回殖民地陆战队指挥部——因为士官长要求附近仍然活着的人去指挥部重新集结，如果无法返回则就地加固防御积攒武器弹药等待命令。然而一路上他发现曾经人头攒动的火星城如今已是一片大屠杀后的惨状，那些人不是死了就是变成了丧尸，更不用提还有很多妖魔鬼怪十面埋伏，幸存者寥寥无几，而且都是手无寸铁的平民。当主角来到陆战队指挥部外面的时候才知道自己是唯一活着到达这里的人，而且更糟的是指挥部通道的门坏了，他进不去。士官长设法联系上主角，告诉他自己无法返回指挥部，只能在远处的德尔塔试验室设置一个临时据点，而一支Bravo小队正在试图前往通讯大楼向地球求援，主角必须尽快和他们会合。
主角领命而去，从这里到通讯大楼的距离并不远，乘坐单轨列车很快就到——如果去车站的电梯仍然没有坏。于是他不得不舍近求远，穿过阿尔法试验室和主反应堆试图赶上Bravo小队。在这个过程中主角发现Swann和Campbell以及Betruger博士居然还活着！Betruger博士貌似对于发生的一切早有预料，而Swann和Campbell则看起来另有计划，他们尝试从行政指挥室直接连接通讯大楼的设备，没有成功，于是动身前往通讯大楼。

阿尔法试验室的两项主要的研究项目是“元素相位裂解射线（Elemental Phase Deconstructor）”和“Hydrocon”。原来行星地理改造不仅用时遥遥无期，而且投资也是个天文数字。为了寻找相对快速廉价的改造火星环境的办法，UAC决定从火星本身寻找答案。火星地表大量的氧化铁给了科学家们灵感，他们研发出元素相位裂解射线，将氧化铁分解成氧气和铁，再合成各种物质以满足不同需要，现在已经成功地合成了简单的化合物，而将来的发展方向是合成蛋白质这样的高分子，如果成功那么火星成为第二个地球就指日可待。
Hydrocon是另一项技术突破，利用氧化铁生产出氢气和氧气。而天才科学家Betruger博士带领的一支研究小组更进一步利用量子科学研究出了能够以很小的体积容纳大量氢元素的办法，这样只需要一支保温瓶尺寸的容器就能装载足够宇宙飞船运行相当长时间的氢燃料，对于亚光速星际旅行和宇宙殖民意义重大。

虽然主角马不停蹄地前进，但是依然无法和Bravo小队会合，其中一个原因是由于之前发生的灾难，火星城里面很多建筑结构损坏了，火灾、气体泄漏、停电……一些常用的通道被堵住，使幸存的人们彼此隔离。离开阿尔法试验室之后主角进入主反应堆，而在他到来之前Bravo小队在这里的车库遭到怪物伏击而覆灭。在混战中反应堆的一个冷却系统被子弹打坏，由于负责控制冷却系统的人员已经死亡，反应堆开始过热并导致部分通道封闭。主角不得不先前往冷却系统控制室更换损坏的系统（难道二十二世纪了还没有自动更换关键部件的技术吗？！），这时候Swann和Campbell来到Bravo小队遇袭的地方，试图找到他们携带的通讯密码卡，但是没找到，于是他们找到一辆车继续向通讯大楼进发“在那里制止一切求救信号的传送”。
主角随后来到Bravo小队的葬身处，一个受重伤的陆战队员把通讯卡交给主角，要他赶快去向地球求援，然后这个倒霉蛋就被怪物杀了。主角离开反应堆到达通讯大楼附近，情况变得更糟，不但到处是敌人，而且某种黏糊糊、湿漉漉的东西正在殖民地里面生长，逐渐改造着里面的环境，一些地方则出现了明显的岩浆活动。

在通讯大楼，男主发现Swann和Campbell破坏了主通讯室里面的设备，只得去卫星控制室上传通讯密码卡里面的求援信息。而当他把通讯卡插进读卡器准备传送的时候，Swann出现在一个屏幕上，要求主角不要向地球求援，他的理由是“如果冒冒失失求援，那些怪物等到地球舰队的登陆艇降落的时候就会劫持这些飞船入侵地球”。此时主角有两个选择：听Swann的话中止求援信息的传送或者不理他继续执行士官长的命令。
如果主角选择听Swann的话，他会夸奖主角作出正确选择，并且让他去单轨车站会合一起进行下一步行动，同时远程操作删除了通讯卡里面的内容以免别人使用。而士官长这愤怒地命令主角执行命令，但是突然他的信号被切断了。
如果主角选择执行士官长的命令，Swann会愤怒地指责主角威胁到地球的安危，然后说自己和Campbell会去德尔塔试验室阻止恶魔的入侵，要主角“别妨碍他们”。而士官长则夸奖主角，命令他前往德尔塔试验室和自己会合。

主角从通讯大楼通往单轨车站的天桥上面走过，突然天桥崩塌，主角暴露在火星窒息的地表环境，为了保命他以最快速度冲进最近的门——火星城的废弃物循环回收设施。他首先经过的是液体废物循环回收系统，由于泵机停摆，这里到处都是有毒的绿色废水，主角必须恢复系统运转才能清出一条路。接着他来到处理生化废弃物的设施，在这里Betruger博士坦白自己才是一切的幕后主使，还说当地球舰队的飞船降落的时候恶魔就会劫持这些飞船入侵地球，而主角活不到那一刻，因为整个建筑物正在充满毒气，很快就会令他窒息。
如果主角之前选择听Swann的话，Betruger会说既然主角没有向地球求援，那么他自己会亲自求援把舰队引诱进陷阱。而如果主角之前选择听士官长的话，Betruger会“感谢”主角让他少操心一件事。

由于毒气浓度越来越高，能见度也越来越差。主角必须分秒必争在自己的肺坏掉之前启动毒气处理装置——千钧一发之际他成功了，并且解除了单轨车站的大门锁。乘坐单轨列车到达德尔塔试验室，也是火星城最先进的技术和设备集中的地方。他并没有遇见士官长，而是从幸存的科学家得知原来UAC的瞬间移动试验就在这里进行，一个物体在发射端被分解成量子等级，瞬间传送至接收端再被组合成原来的样子。这个过程应该是瞬间完成的，但是试验观察却发现了数秒钟的延迟。于是科学家们把探测器放上去进行传送，希望能发现原因，结果昭然若揭——令人既兴奋又惊恐——画面里面出现了好几双眼睛！原来所谓的“瞬间移动”其实把东西传送到了异空间，而那里有生物存活！
Betruger博士立即下令组织志愿者去异空间探险，尽量带回生物标本进行研究。为了尽量多地征集志愿者，一些科学家开始伪造医学证明。但是很多志愿者回来之后都发疯，狂暴地自虐或者攻击别人，然后死亡。

一支又一支探险队走进瞬间移动平台到达异空间，他们的报告令科学家们断定所谓的“异空间”其实就是地狱，而那些异空间的生物就是地狱的恶魔。然后Betruger博士竟然自己跑进了瞬间移动平台！那次传送不在计划表上，等他回来之后性格大变，变得阴森恐怖。接着他又把一件东西——从火星遗迹里面挖掘出的重要文物——被称为“灵魂盒”——带进了地狱！于是瞬间移动平台的稳定器失灵，地狱从异空间爆发，瞬间吞噬了火星城。
主角追击着Betruger博士到达德尔塔试验室里面的第三代瞬间移动装置——也是地狱入侵开始的地方，Betruger博士突然启动了机器，从里面召唤出两个地狱骑士，然后又把主角吸了进去。
Betruger博士自信主角会在地狱里面永世不得超生，然而主角不但逃了回来，还带回了灵魂盒——唯一能够阻止这一切的东西。Betruger博士宣布恶魔们已经不再需要这个瞬间移动装置入侵火星城，而当地球舰队的飞船降落的时候一切都太迟了。

回到德尔塔试验室的主角试图找到一条继续前进的路，他遇到了受伤的Swann，Swann说恶魔们已经自己在地下深处创建了一个异时空出入口，正在源源不断地向火星城派出更多个体。本来他计划和Campbell一起去摧毁那个地狱之门，但是遇袭受伤，Campbell只能独自前进。Swann提醒主角要提防士官长，说他是敌人，然后催促主角快点去完成任务，不要管他。
主角在火星城的中央服务器附近发现了奄奄一息的Campbell，他用最后的力气告诉主角士官长打伤了他还抢走了他的枪。主角随后遇见了已经变成一个坦克型的怪物的士官长。
士官长到底是不是坏人目前还在争议，一般认为他本来不是坏人，但是被Betruger博士抓住变成坏人。而至于他为什么一直要求主角求援这是因为按照军事常识，如果面对未知的强悍敌人又不停地损失人员和阵地，那么求援是唯一的生还的机会。而且Betruger博士曾经对主角说“你的朋友们现在站在我这边！很快你也一样！”似乎暗示了士官长已经被他逮捕并且被变成坏人。而在通讯大楼里面士官长和主角的联系突然中断也许就是因为士官长在那时候遇袭。

终于主角进入了地下遗迹，一位幸存的考古学家的研究成果解释了一切：已经消失的这个火星文明曾经开发出瞬间移动技术，结果从地狱引来了恶魔，为了击败恶魔，火星文明制造了灵魂盒，由他们“最伟大的战士”持有，以牺牲绝大部分人口为代价终于把恶魔赶回了地狱。惨烈的战争结束后，剩余的火星人用雕刻的石碑警告其他文明不要复制瞬间移动技术以免再次招来恶魔入侵，并且把灵魂盒和最伟大的战士埋葬在一起。最后他们离开了火星去了不知名的地方，地球也许是其中一个目的地。UAC的科学家们利用石碑上的信息重新复制出瞬间移动技术，却没有及时解读警告信息，等到他们明白为何不能拥有瞬间移动技术的时候已经太晚了，Betruger博士已经被地狱腐化准备释放被封印了不知多少年的邪恶。
最后的决战在火星的地下深处展开，主角用灵魂盒击败了最终Boss——看守地狱之门的半机械魔怪，然后灵魂盒飞进地狱之门将其封闭。
五天后，地球舰队的救援部队来了，他们接走了幸存的主角，还发现了Swann的遗体，但是Betruger博士却不知所踪。而在地狱里，Betruger博士已经变成了一个巨大的翼龙一样的大怪物——预示着事情还没完。

武器和弹药：《毁灭战士》的武器全数在《毁灭战士3》登场，还增加了几种新武器。
拳头：忘记它吧，甚至连玻璃都打不碎，唯一的用处是确认地上的尸体是不是诈死的丧尸。

电锯：火星上没有树，要电锯干嘛？锯丧尸和怪物呗！因为运货单错误而送到火星的工具，可以有效歼灭下级敌人，但是对付皮糙肉厚的上级敌人就等于自杀了。

手枪：最低级的射弹武器，只能对付下级敌人，不过由于不错的射击精度，在远处削减中级敌人的生命值也是可以的。
捡起一把手枪或者手枪弹夹补充12发子弹，一箱手枪子弹补充48发。

霰弹枪：虽然近距离威力很大，但是由于每开一枪手动退弹壳，所以如果不能一枪毙命的敌人还是需要灵活的微操进行躲避。话虽如此，当进入一个新区域又不知道即将面对什么东西的时候，不妨装备霰弹枪。话说为什么不能给主角一支半自动霰弹枪啊啊啊！！！
捡起一支霰弹枪补充4发霰弹枪子弹，小盒霰弹枪子弹补充8发，大盒补充16发。

冲锋枪：长得像P90，虽然单发威力比手枪小，不过射速快所以能有效歼灭数个下级敌人。而且如果能单发点射甚至连精度也不错——临时凑合的狙击武器。时刻注意剩余弹药，在恰当的时候装子弹。
捡起一支冲锋枪补充10发子弹，弹匣可以补充30发或者更多，视其大小结构而定。

手雷：很难有效使用的武器，启动后数秒才会爆炸，杀伤半径15米。可以拿在手里蓄力以便扔到更远的位置，适合清除躲在障碍物后面的敌人。小心由于手雷在爆炸前随机的四处乱跳，可能反而伤到自己，而且启动后握在手里时间太长也会爆炸，更不用提装备了枪械的敌人还有一定的几率在扔出手雷的瞬间将其打爆。最好的用法是从狭窄的楼梯上面扔下去捉弄下面的敌人。
捡起一盒手雷补充5颗，奇怪的是盒子里看起来只有4颗手雷。