本作特色
本作原本的名称虽和第一、二季有关联，但在更改名称后，故事的剧情也变的和前两代没有关系而是成为了平行世界。
本季开始加入卡片游戏的要素，让故事变得更多元，同时也给万代发售的数码兽对战卡做足了广告。而矩阵进化(Matrix Evolution)这点则为下一季的设定预先铺路。并没有被选召的孩子：在这部数码系列中，主角认为数码兽不是出于它们自己的意志，并致使他们进行冒险。这对现在消极地接受强加给他们的孩子非常重要，应该从故事中收益些什么。不是代理战斗的战斗——究极体一体化：在前几部，战斗高潮如下：暴龙机将传递“能量”给数码兽，它们的作用在数码兽进化后就结束了。之后，战斗将在数码兽之间展开，孩子们仅仅表现对战斗的反应，或是为数码兽加油。而这一系列，作为英雄化的数码兽成为究极体时，孩子们必须成为数码兽的一部分。数码兽不会复活：无论在前作还是后作，数码兽死后会变回数码蛋然后复活，但此作不会，尽管数码兽都是由数据组成，但他们死后会粉碎，变回数据，被其他-数码兽吃掉，成为食粮，情况与自然界的弱肉强食一样。
数码世界是层状的，而不是其他作品般是球状的，整个数码世界都是怪怪的，看似上方的地方其实是在下方，而且不时出现龙卷风巨大光柱，可以把人吹到不同的地方）。数码兽进化：数码兽与前作和后作一样都会在战斗过程中进化。不同之处是，前作和后作进化战斗完后（无论战胜还是战败）都会自动退化成成长期，但本作战斗完后数码兽并不会即时退化，而需要特定环境或者情况才会退化成成长期。

故事大纲
2000年代，故事发生在现实世界，数码兽存在于电子游戏、纸牌游戏还有动画系列。5年级的小学生松田启人因热爱数码卡片游戏设计出了一只数码兽，因为对真正数码兽的无比向往，某天刷卡机吸收了自己设计的数码兽令因而他的刷卡器变成了真正的对打机——“D-Ark”，之后又认识了李健良和牧野留姬，他们遇到了自己的数码兽拍档，与来到现实世界的数码兽战斗。最初的冒险在现实世界展开，然而数码世界四圣兽之一的朱雀兽为了保护他们的进化之光，不断派遣帝魔（十二只以中国生肖为原型的数码兽）来到现实世界，而后又把古乐兽带走，启人他们为了救它，带了博和、树莉以及健太，决定进入数码世界。在数码世界中，启人一行人又遇到了传说中的驯兽师——秋山辽。而后又遇到了被传送至数码世界的建良的妹妹——小春。他们8个人在得到了四圣兽的认可后，带着古乐兽回到现实世界。 但是在消灭真正的敌人“帝厉魔”之后，因为程式的关系，使得基尔兽他们必须要返回数码世界。在离别前基尔兽和启人约定：“之后还是要一起玩喔，要记得喔。”在数码兽们都回去后，驯兽师们又再度开始了还没有遇见数码兽时的生活。但是有一天启人经过基尔兽曾经住的地方，到里面察看时，发现了现实世界和数码世界的大门又打开了……

松田启人（
松田启人，
Takato Matsuda）（日本：津村真琴；香港：陆惠玲；台湾：王瑞芹）
喜欢数码兽的小学五年级生，本动画之主角。尽管他的衣着与前作的主角相似，但性格与风格上不太相似，没有前两作品的主角特有的勇往直前跟活泼，与前两代主角比起来较沉静但更富想像力，而且不会太过冲动，有更多感性。虽然没有那种前两代主角过于勇往直前的性格，不过却真心喜欢着数码兽（所以才会创造出基尔兽），可一旦下定决心就不会放弃。喜欢加藤树莉。D-Ark颜色是红色（变成公爵兽后改为金色）。<?xml:namespace prefix="o" ns="urn:schemas-microsoft-com:office:office"></?xml:namespace>
家中的独生子，父母以经营面包店维生。虽和前两代的主角都有一个护目镜，但并不喜欢踢足球，相反的，是个很喜欢画画的人，相对于前两季的主角，显得格外内向，数码宝贝第三季的系列构成小中千昭是这么说的：“我希望描写启人作为一个正常普通的小学生，数码宝贝驯兽师的基本观念是‘一个正常的小学生在一年中巨大冒险历程’，这个角色不应该是老套的英雄领袖，扔下帽子叫道‘我们去吧！’，但另一方面，他又不能感觉像软弱无力的弱者，他必须充满好奇心，对怪兽和数码宝贝入迷，但也有许多缺点使他可能在朋友面前吹牛或过分扩大事物——换句话说，一个每天都很规矩的孩子。”。
脚本里强调树莉是启人心中最在意的异性，这不仅在我写下的脚本里得到强调，自贝泽监督导演的第一话以来，树莉在这个系列中的重要性就已经被确定下来了。
在动画的一开始，我们会认为这是一个爱哭、而且过于依赖朋友的孩子，但随着剧情的进展，我们回慢慢发现这是一个非常有责任心，具有正义感，乐于关心他人，如同真实般一样的邻家可爱小孩。
家里经营着小型面包店，非常喜欢和朋友在新宿公园里玩数码宝贝卡片，上学前、放学后都会跟朋友玩卡片游戏，一直梦想着并创造了属于自己的数码宝贝——基尔兽。
启人非常喜欢基尔兽，他一直把基尔兽当作自己的好朋友一样对待。彼此之间偶尔也会有误会和不解，但都一一化解了，这与朋友们的帮助，和两人间的信任是分不开的，最大的危机莫过于在启人遇到了建良爸爸的朋友——野生小组成员，当他得知基尔兽只是自己创造出的数据资料时，陷入了沉思与伤心之中。当堕天地狱兽杀死树莉的狮子兽的那刻，他的愤怒随之而迸发，基尔兽因此错误地进化为破灭魔龙兽，对数码宝贝世界和现实世界都产生了重大影响——数码危机。后来他心中的光明让他恢复了理智，基尔兽终于与他合体进化成了究极体的红莲骑士兽。
在数码宝贝合体战争68（黑影）、78、79集再次登场。
松田启人这个角色，最基础的设定是“普通的小学男生”。并不像系列作其他主角是勇往直前的热血冲动型但也不是懦弱的孩子。启人是好奇心旺盛、喜欢怪兽和数码兽，在大人的眼中是个温和的乖孩子，但在好朋友面前也会忍不住说大话的人。DT的主题就是想描写启人这样一位“很普通”的小孩在一年之间和基尔兽的大冒险。启人的家是面包店。但设定上松田家并不是什么饮食业世家，松田爸爸原本是普通的上班族，后来才拜师学艺并顶下这家面包店。大致上硬要区分，启人应该是还算讨人喜欢的角色；但相对如果把动画版的角色全部混在一起讨论，启人被单独拿出来讨论的机会似乎蛮少的，也就是说他的人气颇为微妙。这大概是普通小孩的原罪，虽然角色心理可以发掘讨论得很深入，但要简单三言两语却没有什么可以拿出来大书特书的；尤其是对主要观众群的小朋友们而言，大家都希望成为像太一这样很有活力的英雄却并没有什幺小朋友会特别崇拜一个普通小孩。

加藤树莉（
加藤树莉，
Jyuri Katou）（日本：浅田叶子；香港：刘姵颖、何璐怡（TVB电影版）；台湾：詹雅菁）<?xml:namespace prefix="o" ns="urn:schemas-microsoft-com:office:office"></?xml:namespace>
手上老是带着一个狗的布偶，经常以腹语操纵狗布偶，可以说是她的特色。温柔活泼的女孩子。（树莉是启人心中最在意的异性。这不仅在我写下的脚本里得到强调。自贝泽监督导演的第一话以来，树莉在这个系列中的重要性就已经被确定下来了。--小中千昭）也是启人第一个知道基尔兽存在的非驯兽师的朋友。外表看起来是很胆小的女孩子，却没有被基尔兽吓到（启人的两位同学——博和跟建太却被吓到），还认为他很可爱。口中说自己没有数码宝贝的卡片，实际上收集了一大堆，喜欢数码兽的心完全不输给博和跟建太。跟留姬关系不错，后来成为了狮子兽的驯兽师。母亲在她小时候已经去世，有一个年轻的继母，这样的家庭在后半段对剧情有很大的影响。而另一个巨大的影响便是狮子兽之死（由于这部的设定数码兽是无法以蛋重生复活的，死去就是化为数据。），令树莉认为命运是无法改变之事，变的非常消极。拍挡是狮子兽（成熟期）。D-Ark颜色为黄色，对启人有好感。
秋山辽（
秋山辽，
Ryou Akiyama）（日本：金丸淳一；香港：陈卓智；台湾：魏伯勒）
甚至在我加入数码兽驯兽师制作组之前，有一个角色已注定要在数码宝贝第三季中出现。这就是阿辽，WonderSwan系列游戏的主角，曾解救太一等人，也曾和小贤搭挡。阿辽相当的爽朗自信，而他的实力当然也是不可小视的。因为在卡片大赛中留姬被阿辽打败过，所以留姬对阿辽的那种态度很不以为然，在数码世界初次见面的时候，留姬很赌气地说出了：“小麦色的皮肤，洁白光亮的牙齿，还有灿烂的笑容，什么嘛，散发出这么可疑又柔和的光芒，真是气死人了。”的话。拍挡是科学飞龙兽（完全体）。D-Ark颜色为靛色。

牧野留姬（
牧野留姫，
Ruki Makino）（日本：折笠富美子；香港：曾秀清／凌晞；台湾：谢佼娟）<?xml:namespace prefix="o" ns="urn:schemas-microsoft-com:office:office"></?xml:namespace>
关于这个角色的产生，小中千昭是这么说的：过去的市场不仅趋向于暴龙机系列，还包括孩子的动画片，这已经证明基于女孩的产品在男孩玩具市场中没有销路。因此，我们提出一个使“女孩”强于其他任何人的角色的想法，并且配予她一只强大的数码兽。留姬生活在单亲家庭，而她相当反常的个性不能不归因于她缺少父亲。正是由于个性强的缘故，她的语速不是很快。在故事前段集中表现了留姬成熟和她不接受天真的一面，然而在故事后期，留姬的性格随着她身边的朋友们而改变，她渐渐了解了保护的重要性，变得随和。拍挡是妖狐兽。D-Ark颜色为蓝色。
在数码兽合体战争76集再次登场

盐田博和（
塩田博和，
Hirokazu Shiota） （日本：玉木有纪子；香港：雷碧娜、林丹凤（映碟电影版）；台湾：傅曼君）<?xml:namespace prefix="o" ns="urn:schemas-microsoft-com:office:office"></?xml:namespace>
启人的同班同学，经常跟启人和健太进行数码宝贝卡片游戏。性格类似于现代的街头少年，粗心且冲动，甚至有些鲁莽。拍挡是守卫兽（成熟期）。D-Ark颜色为咖啡色。
北川健太（
北川健太，
Kenta Kitagawa） （日本：青山桐子；香港：沈小兰；台湾：詹雅菁）
启人的同班同学，经常跟启人和博和进行数码兽卡片游戏。似乎一开始并没有把他列入驯兽师的行列，甚至在前期的主题曲也没有他的身影，这也可以说明为什么他在数码世界的冒险快结束的时候才拿到自己的拍档数码兽。充当和事佬的角色，典型的学生样。启人和他朋友们的小学已改名淀桥小学而不复存在。但是实际上青山桐子曾在这所学校就读过。借着进一步的巧合，实际上西新宿小学仍建在原地。由于这个巧合，青山桐子非常兴奋。拍挡是海天使兽（究极体）。D-Ark颜色为白色。
李小春（
李小春，
Lee Siu Chun/Lee Shaochung)）（日本：永野爱；香港：梁少霞；台湾：傅曼君）
是李建良的妹妹，性格倔强，但是天真。非常喜欢折腾大耳兽，常把它当布娃娃装扮，当布偶耍弄，大耳兽为此也没有办法。后期被呼唤到数码世界与十二帝魔（帝魔）中的玉兔兽相遇，并成为搭档。拍挡是黑大耳兽（成长期）。D-Ark颜色为粉红色。
小爱（日本：寺田春日；香港：郑丽丽）
小妖兽的驯兽师之一，本名未出现。是驯兽师姐弟中的姐姐。比弟弟稍微成熟一点，但仍因为年纪幼小，曾为了小妖兽跟弟弟争吵，造成与小妖兽之间的误会。后期与小妖兽合好，为小妖兽加油的心意赋予‘别西卜兽·爆裂形态’能让他在天上自由飞行的－‘黑色羽翼’。最后与弟弟一起得到了小妖兽的D-Ark。D-Ark颜色为紫色。拍挡是小妖兽。
阿真（日本：松本美和；香港：区瑞华）
小妖兽的驯兽师之一，本名未出现。是驯兽师姐弟中的弟弟。因为年纪幼小，曾为了小妖兽跟姐姐争吵，造成与小妖兽之间的误会。后期与小妖兽合好，为小妖兽加油的心意赋予别西卜兽·爆裂形态，拥有强大力量的枪的武器－阳离子炮。最后与姐姐一起得到了小妖兽的D-Ark。D-Ark颜色为紫色。拍挡是小妖兽。

搭档数码兽
基尔兽（ギルモン，Guilmon）
（日本：野泽雅子；香港：卢素娟；台湾：詹雅菁
）<?xml:namespace prefix="o" ns="urn:schemas-microsoft-com:office:office"></?xml:namespace>
启人想像中诞生的数码兽，成长期，爬虫类，病毒种(后期游戏设定改为疫苗种，包括其进化形态)。
在启人得到蓝卡并把自己的刷卡器变成D-Ark以后，D-Ark扫描了启人画在纸上的数码兽设计草图，然后它在新宿一个工地上实体化，身体是红色的。最早的基尔兽什么都不会，就像个刚出生的婴儿，甚至把启人叫成了启人兽(TaKaTaOMoN)，在和启人以及其他人事物的不断接触中，他开始有了自己的思想，开始有希望保护身边的人的心情，非常喜欢启人，只要见不到他就会很难过。它外表可怕，但性格善良单纯，即使如此，它的本性也颇具侵略性。故事初期，它经常因此而失控，但如果能和平地使用它，它不会变成邪恶的数码精灵。于故事中曾经透露，基尔兽是启人以亚古兽为蓝本创造出来。
招数：1. 基尔火炮（ファイアーボール）
2. 魔咒破解

古拉兽（
グラウモン
）
成熟期数码兽。病毒种，魔龙型数码兽。是启人想像出来的，原本想像的形象是背上有尖刺，但因为启人发现这样不能坐在古拉兽的背上，于是在他的想像影响下，白色头发取代了尖刺。
招式：

1.

魔龙火焰

2.

等离子刀
大古拉兽（
メガログラウモン
）
完全体数码兽。病毒种，改造人型数码兽。
招式：

1.

原子爆焰

2.

双刃斩

大耳兽（テリアモン，Terriermon）
（日本：多田葵；香港：陈凯婷；台湾：谢佼娟
）<?xml:namespace prefix="o" ns="urn:schemas-microsoft-com:office:office"></?xml:namespace>
李建良的拍档，成长期，疫苗种。
建良从他父亲那里得到了美国的数码兽游戏，在游戏中他让大耳兽打败了金刚兽，然而不久之后，金刚兽再次出现，并把进化成加鲁哥兽的大耳兽打伤。建良非常自责，认为是自己让大耳兽受伤，于是将神秘出现的蓝卡刷入刷卡机，大耳兽实体化，并成为建良的搭档。在未被建良的父亲发现前，它一直在家中扮玩具，所以它一直被小春当布娃娃折腾。性格比较多管闲事。虽然大耳兽是三只主角数码兽中体型最小，但战意非常强，只要建良或者自己遇上危险就会立即进化。口头禅在日语版本为粤语的“冇问题”，在香港版本为（以普通话读）“没问题！”。
招数：1. 大耳飞翔（プチツイスター）--以快速旋转引发小型暴风的绝技
2. 大耳波
加鲁哥兽（ガルゴモン）成熟期，兽人型数码兽，疫苗种。最初进化的时候会变的非常好战，经常不听建良劝阻而战斗（甚至还曾打算攻击留姬），所以建良不喜欢他进化。后期就能以理智来战斗。
招式： 1. 格林机关枪
2. 达达钩拳
拉比兽（ラピッドモン）完全体数码兽，改造人型，疫苗种。速度非常快，能够迅速的攻击对手。拉比兽之名源自于“高速（Rapid）”的英文。
招式： 1. 黄金三角
2. 大耳爆击
3. 追踪导向导弹
撒多格杜兽（セントガルゴモン）究极体数码兽,机械型,全身以绿色和黄色为主。
招式： 1. 巨人导弹
2. 爆裂轰击

妖狐兽（レナモン，Renamon）
（日本：今井由香；香港：黄凤英；台湾：傅曼君）<?xml:namespace prefix="o" ns="urn:schemas-microsoft-com:office:office"></?xml:namespace>
留姬的拍档，成长期，兽人型，资料种。在辽缺席的情况下，留姬在数码宝贝卡片大赛上获得冠军和数码宝贝皇后的称号之后，回到家的留姬发现很多数码宝贝希望她来做他们的驯兽师，留姬大喊：“我只要一只世界上最强的数码精灵就够了！”，妖狐兽出现了，并且在家里的桌子上出现了蓝卡。当她刷过蓝卡以后，妖狐兽实体化在留姬面前，之后留姬便和妖狐兽成为搭档。性格与留姬一样都是比较冷酷，但于故事前期想法没有像留姬一样必须要将所有数码精灵消灭。其名源自于狐狸的法文“Renard”，而手上有一个太极图案。
招数： 1. 狐叶楔（狐叶楔）-- 射出大量的白楔

九尾狐兽（キュウビモン）成熟期数码兽，兽型，资料种。头上有一个太极图案，以及很多红白间的带。<?xml:namespace prefix="o" ns="urn:schemas-microsoft-com:office:office"></?xml:namespace>
招数： 1. 鬼火玉（鬼火玉）——从九条狐尾末端放出蓝色的火球
2. 狐炎龙（狐炎龙）——从九条狐尾放出蓝色的炎龙，将对手焚烧殆尽祭师兽（タオモン）完全体数码兽，资料种。
招式： 1. 梵笔闪--在手袖裹拿出一支毛笔，画出一个图案,图案会放出强光，并“作出攻击”
2. 狐封札 -- 在手袖裹放出红镖
3. 死符--主要用作防御
4. 绝命符
沙古牙兽（サクヤモン）究极体数码兽，神人型，资料种,其名源自于日文的“木花の开耶姫”。
招式：1. 饭纲
2. 金刚界曼陀罗

狮子兽（香港：李锦纶；台湾：魏伯勒）
树莉的拍档数码兽，成熟期，兽人型。成熟温柔的正义感性格，很可靠的数码宝贝。在与堕天地狱兽对抗时，被堕天地狱兽打死，这使树莉造成沉重的打击，使她回想生母死亡的一刻。