时间线问题是BC里面最大也是最关键的谜团，也是支撑起整个BC故事总体架构的基柱，解答了这个问题就意味着BC现有故事谜团被揭露了一半。以下是楼主根据BC已播放前四话所透露的一点线索所做的妄想性猜测，仅仅代表个人意见，如有雷同纯属巧合，欢迎指教。
1谁第一个进行了时间穿越？
到目前为止，BC本篇动画里已表现出来的时间穿越总共有三次：雏从2088年向2014年的穿越，比森从2088年向2014年的穿越，以及雏带着青叶从2014年向2088年的穿越。总结一下就不难发现这三次穿越的共同点：主动发起穿越行为的都是来自2088年的角色。从这一点上可以猜想BC故事里第一次时间穿越也是某角色从2088年向2014年的穿越而不是相反，甚至可以大胆地推测那个穿越者就是一周目的雏。当然也存在着青叶自己从2014年向2088年穿越的理论可能性，但这样一来就要面临两个问题：青叶为何穿越和青叶如何穿越。在第一话中我们可以看到青叶是个无忧无虑的普通高中生，没有进行时间穿越的需求和愿望，如果不是被带上雏的机甲他恐怕连时间穿越这个概念都会像普通人那样认为是天方夜谭。2014年不具备时间穿越的客观条件我们可以从第一话一个侧面表现里看得出：在雏第一次打倒比森之后并和青叶对话一段时间后警察和自卫队才姗姗来迟，而且派出的都是处理普通恐怖袭击水平的力量。试想如果在2014年人类就知道可以进行时间穿越的话，没有人会草率对待这次事件，哪怕知情人只有屈指可数的几个科技强国高层精英也不会如此，因为这有可能颠覆整个人类世界。综上所述，可以看出第一次时间穿越是青叶主动行为的可能性很低，尽管雏第一次穿越的动机也不明朗（可能仅仅只是随机卷入了虫洞。），但来自科技高度发达的2088年的雏明显拥有比2014年的青叶更为优越的客观条件来进行时间穿越，这就要看后面的剧情怎么解释虫洞的科学来源了（我希望会有一话来专门讲第一次穿越的故事，但如果BC只是13话季番的话就基本不可能了。）。
2第一次穿越引发了什么后果？
从BC第一话雏看到虫洞之后恍然大悟的样子以及雏那句“迪奥在等着你”的“遗言”可以看出，第一话的雏在从2088年穿越到2014年之前就已经认识青叶。2014年的青叶是怎么跑到2088年的世界和雏邂逅的？在上面“雏是第一个时间穿越者”的基础上，完全可以假设是上一周目的雏把青叶带到2088年的世界，而上一周目的雏由于悖论作用消失在虫洞里---这也是第一话的剧情。雏放弃2014年的和平生活跑回2088年原因也许跟第一话里所展现的一致：2088年的敌人也发现的虫洞的秘密并进攻了2014年的世界。青叶到达2088年之后估计也会像本篇动画里展示的那样莫名奇妙地上了萝卜认识了迪奥成为一代ACE，但可能无论如何到最后这一周目的雏都会跑回2014年，重复上一周目雏的行为，而这可能暗示了穿越过来的青叶凶多吉少（反之雏根本就没有时间穿越的动机了，试想如果2088年的青叶还在的话她为何舍近求远来到2014年找和自己素昧平生的另一个青叶？）。但有一点可以肯定，青叶在每个周目都成功地让雏理解自己，并愿意为自己穿越去2014年的世界，这可能也是青叶一系列失败穿越的唯一成果。可以想象，青叶一次次穿越的实质其实就是一次次轮回，其大体结构如下：上一周目的雏找到青叶→上一周目的敌人来袭→上一周目的雏把青叶带到未来并消失→青叶成为机甲机师并认识了迪奥和雏→青叶的失败→雏回到过去→雏找到下一周目的青叶...如此循环。
3如何打破循环？
这也就是BC本篇动画要表达的剧情了，毕竟“这场邂逅连世界的命运也能改变”，而其中的关键就在于如何把上面轮回中“青叶的失败”变成“青叶的成功”，进而彻底终止这个无休止的轮回，走向BC里所有角色拥有真正自由命运的未来。

好像很有道理的样子……

太感动了。居然有人提前把我脑洞总有一天会写出来的东西码字码出来了。谢谢楼主的分享和分析，辛苦晒，好样的

我认为只有一次啦……这一次互为因果，怎么说……【充要条件】……？
嗯放心好了这是26话，对于一次穿越来说时间充裕，一定能把故事给讲好的。矢立肇这个团队担任原作应该没什么问题。

周目论么？ 总觉得事情其实没那么麻烦。
令2014年为“过去”，2088年为“未来1”，野牛被卷入特异点的时间为“未来2”，雏从未来穿越回2014年的时间为“未来3”
从第一话得知，雏是2014年4月份的转校生。她到达“过去”的时间在4月或4月以前，并随时准备保护在学校里的青叶。2014年9月1日，野牛被特异点吐出，抵达“过去”。在刺杀青叶途中和雏交战，并对雏的存在大感意外。最后雏带着青叶飞入特异点，奔向未来。野牛君在特异点中“丧生”。
从第二话得知，青叶到达“未来1”。此时野牛和雏都是敌人，他们还不认识青叶，没有穿越动机。同时从这一话佐基利亚军的驾驶舱配置来看，野牛被卷入特异点的时间，肯定在这之后的未来。就是说“未来2”的年份不小于2088年。
但是雏穿越回2014年的时间点不好确定。不过我们知道雏的动机，那就是保护青叶。根据雏的自白和雏与野牛的对话，她是听青叶提到这个事情的，并知道企图杀青叶的是野牛。但是这里有一个疑点，当时青叶不认识野牛，即便看视频通话，应该也很难认出戴头盔的刺客就是野牛。青叶不太可能告诉雏，野牛会回到2014年杀他。他多半只说了雏在2014救了他。
在这个基础下，我的假设是。 在“未来2”的时间点之后，野牛君被卷入特异点消失了。青叶跟雏从新提及了自己曾经利用那个东西穿越的事情。 既然青叶通过那东西来到了未来，那么野牛也有可能通过那东西回到过去。两人由此推断，去刺杀青叶的未来人就是从“未来2”这个时间消失的野牛。了解到这个事态的雏在“未来2”之后的时间里主动搜寻特异点（或者制造时间机器什么的），企图通过特异点回到过去搭救还在上高中的青叶。因为雏知道自己必定会回到2014年4月之前，所以无论野牛消失后过了多少岁月，只要她发现特异点并钻进去，就能回到过去搭救青叶。
如果我的假设成立，那么带青叶去未来的雏，有很大几率回到了“未来3”的时间点上。也就是她出发去救青叶的那一年。
时间轴顺序为 过去 → 未来1→ 未来2 → 未来3

@百毒度娘球迷会
我十几年前就对虫洞啊时间旅行感兴趣。读过爱因斯坦和霍金的一些书，虽说绝大部分很难懂，但还是多少了解了一些的。时间旅行最有名的就是时间悖论（祖父悖论）了，为了解决这个悖论，才会有平行宇宙，平行世界的假说，以及石头门的世界线理论。但就算是在石头门里，也不能改变过去的既定事实。也就是说不能触发时间悖论。
不过我所讲的这个并不涉及时间悖论，因为整个故事虽然也是回到过去，但并没有触发悖论。所以，根本用不到平行宇宙这种假说来解决问题。
如图，黑色线表示正常的时间走向。红色线表示时间旅行者的穿越途径。
容易引发时间悖论的是褐色的点，因为这个时间点，有两个一模一样的人。原本的TA和回到过去的TA。哈利波特中就有这种剧情，但为了防止悖论，主人公们刻意回避过去的自己。但对于本作而言，雏和野牛都是从绿色点开始的，只要他们不回到褐色点找自己血亲的麻烦，就不会触发悖论。也就不需要什么平行世界，周目论来解释了。（未来日记的周目论是立在由乃杀由乃的基础上的，是我妻本人主动触发了悖论。）
另外关于记忆，时间穿越者的记忆是连续的，不会因为时间旅行而丢失。这就好比你坐上了一辆环形线路的地铁，虽然最后会回到同一个地方，但你仍旧保留自己转圈儿时的记忆。
石头门中的凶真，并不是完整意义上的时间旅行者。因为在石头门的剧情里，只有他乘坐时间机器救助手那时，才会在同一世界线内同一时间点上出现两个凶真。之前的他，只是将信息或者说是自己的记忆传给别的世界线的自己，以谋求改变别的世界线的未来。在这种特殊的环境下，才需要所谓的“监测者”的能力。
bc的世界里没有时间悖论，不需要周目论。也不存在石头门中，改变世界的短信。所以不需要监测者的存在。每个人的记忆都有每个人自己保存，虽然在时间线上穿越来穿越去，但每个旅行者本人的记忆是连续的。即便穿越了，他们过得还是自己的人生。他们的人生是连续的。

这贴都好凶残，满目的文字…都是真爱