根管治疗过程中和治疗后的一段时间内，患牙出现轻度的咬合疼痛是正常的反应，一般在治疗结束后1-2周会缓解。
建议根管治疗期间以及未完成牙冠修复前，不要用患牙咀嚼过硬的食物，避免造成牙齿劈裂，使前面的治疗前功尽弃。
个别患者会有长期的咬合不适，如果治疗是完善的，则不需要特别处理，需要长期观察，酌情处理。
为了查找原因，在检查方面除了定期拍X线牙片观察骨质的变化外，有条件的话还可以拍牙科CT（CBCT，锥线束CT），从各个不同的角度观察根管充填物是否充填到位、是否有原来未找到的额外根管、是否有根裂、以及根尖区骨质破坏的程度等，对查找病因很有帮助。
在治疗方面，根管治疗的术后观察期一般定为两年，术后两年如果患牙仍有症状，可以认定根管治疗失败，应该考虑重做一次根管治疗，如果炎症一直不能控制，可以考虑做根尖手术，严重感染的甚至可以考虑拔除患牙以控制感染。