作者还是ent
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转载者注：有些内容之前转过，但是总有人视而不见，此处仅起强调作用
1 达尔文和进化论（以及进化论的现状）
达尔文的书里有很多错误，这是当然。别的不说，不懂遗传学就够他喝一壶了。但是直到现在我们提进化论的时候还是老说到他老人家，因为他确立的两条支柱——自然选择和共同祖先，到现在还没被推翻。
自然选择是说，适应度差异导致的繁殖差异，是诞生如今我们见到的多样性的主要动力。注意是主要，没人说是全部。
共同祖先则是说，地球上所有现存生命来自同一个祖先。
什么时候这两条柱子倒了，那时候我们就得告别“达尔文进化论”了。在此之前，给进化论加上“达尔文”的前缀，虽无必要，但我个人觉得也无不妥。
而现在，进化论依然是一个非常活跃的学术领域，里面争议很多，但还没有什么争议有望把大框架推倒，而且目测也几乎没有以达尔文的观点为靶子的。达尔文错了的那些地方，人们早就知道了。达尔文对了的那些地方，这几年貌似暂时还是对的。

2 生命起源和进化论
这俩真的没关系啊……进化论不负责解释生命的由来。《物种起源》里达尔文明确地说，这个理论是以生命的存在为前提——不但如此，他还是以多样性的存在为前提。
而生命的起源则是另一套话题。当然和进化论颇有渊源，但确实不归进化论管啊。正如宇宙的起源也不归进化论管一样。
只有一种情况下，生命起源领域的研究会影响到进化论——那就是，【如果】我们发现地球上所有现存的生命并不来自于同一个祖先，而是比方说被外星人分多次独立放生的结果。如果是这样，那么两大支柱就要倒一个了。所幸目前还没有任何这样的迹象。

3 物种与类群
讨论进化时常犯的错误，是忘记了讨论的层级，结果提出“高等生物比细菌数量少、分布窄，怎么就进化出来了”这样的问题。
一般把进化分成微观进化和宏观进化两个领域。微观进化研究物种以下的级别，宏观研究物种以上的级别。
微观层面相对比较容易做。假如我们足够仔细地观察研究个体A和个体B，那么我们可以通过A和B的差异来预测它俩谁更可能留下更多后代。或者我们发现群体里一部分个体有特征x、另一部分有特征y，那么研究后可以判断x和y谁更适应，谁更能帮助其携带者繁殖。
但是宏观物种层面就比较难说了。给我物种a和物种b，一百万年之后谁会存活、谁会灭绝？其中的偶然因素太大了，没有什么特别好的办法来预测。目前我们只能粗略地说，现在分布比较广的，数量比较多的，消失的可能性会【略微】低一些。这个差异有数据支持，但是相关性不是很强，例外非常非常多。
至于物种以上的较大类群层面，比如问“鸟类和哺乳类谁更适应/更可能存活下去”，这样的问题通常是没有意义的。多数情况下，每一个大类群内部的多样性，其效果要远远超过类群本身的特征。某一时期一个大类群可能比另一个大类群更繁盛，但是这个繁盛目前来看还预言不了多少东西。
当然最荒谬的是不平级的比较，比如“人类和细菌谁更成功”这样的问题……人类是一个物种，细菌是不知道多少个物种的总和，你叫这俩怎么比。

4.几个对进化论的常见反驳，以及它们为何不成立
我尽量用最简单的话来概括。因为详细的论述太多了。
欢迎补充。
a “半个翅膀有什么用”？
答：可以滑翔。的确，要想飞行，需要相对完整的翅膀，可是进化是逐步发生的；但这不矛盾，因为不完整的翅膀虽不能飞，但可以干别的；不完整的眼睛不能成清晰的像，但是可以感光或者看到物体轮廓。同样的道理适合于鞭毛等等所谓”不可还原的复杂性“。
b “寒武纪大爆炸是怎么回事”？
答：有好几种解释我们不确定哪种对，但都和现有进化理论不矛盾。从复杂生命正式登场的有化石记录的全过程接近1亿年，寒武纪大爆发全长近6500万年，就算只算高潮期也有2000万年。寒武纪的进化比生命史上其它阶段要“快”不少，但远远没快到“突跃”的程度。
c“点断平衡是不是用突变推翻了渐变？”
答：还是和达尔文的基本框架不矛盾。早先的观点认为演化速率是大致均匀的，而点断平衡理论认为成种的速率快慢不同，有时很快，大多数时候很慢。这种速率差异最主要的机制是边缘成种。但是边缘成种本身完全是符合经典的进化理论的。点断平衡只是提出了一个新的宏观趋势而已，“断”这个字不意味着中间出现了断裂。我觉得翻译得不太好。
d”没有过渡化石？
“答：太多了好不好……始祖鸟这种例子都不想举了。原始人类从700万年前到现在的化石记录几乎快要连上了，中间只剩两三个大概十几万年的缺口。当然我们不能保证它们都是我们的直系祖先，有些可能是大叔大伯之类的。
e”达尔文临终前悔改了？“
答：没有。这是个由Lady Hope编造的著名谣言。即便他真的悔改了又怎样？如果爱因斯坦临终前放弃了相对论，我们的宇宙会有什么差异吗？

转载者备注：
◇“达尔文临死前后悔创建了进化论。”
　　这是一个早已被揭穿，但神创论者至今仍然津津乐道的谣言。
　　这个谣言的始作俑者是一位叫赫普（Ｈｏｐｅ）的美国修女。达尔文死后不久
，她在麻省的一次布道中声称，在达尔文临终前，她访问了他，达尔文向她做了忏
悔，后悔自己创建了进化论。教会组织对赫普的谣言如获至宝，迅速传播开来。在
一九二二年，达尔文的女儿亨里雅塔（Ｈｅｎｒｉｅｔｔａ）为此发表了声明：
　　“在我的父亲临终前，我守在他的身旁。在他重病不治时，或在他得其他病时
，赫普修女都不在。我相信我的父亲从未见过她，她对我的父亲的思想、信仰没有
任何的影响。他对他的任何科学观点，不论是当时的还是早些时候的，从未反悔过
。我们认为有关他忏悔的故事是在美国编造出来的。整个故事纯属无稽之谈。”⑤
　　即使达尔文果真反悔，对进化论的成立也不会有任何影响。一个科学理论成立
与否，只取决于是否有支持或反对它的科学证据，与其创立者后来的态度无关。
⑤Ronald W. Clark, The Survival of Charles Darwin: a Biography of a Man
and an Idea, published by Weidenfeld & Nicholson, 1985, p. 199
总有些人喜欢那谣言说事儿。我的基本态度是，在其他地方你随意，在考古吧不行

转载者备注：
关于所谓“寒武纪生命大爆发”的问题，早在果壳问答上就不知道被解决了多少次，但是不善用搜索功能的人以及有偏见的人，尽管我反复提示了N遍，也永远看不到。所以特意转载过来备参考。若有问题直接问云舞空城和Ent，本吧不讨论，谢谢合作
问：寒武纪生命大爆发的原因？
原链接是：htt p://www.guokr.com/question/314677/
云舞空城 2012-08-18 12:19
我挺反对“生命大爆发”的叫法的
在那之前，海洋里的生物已经熙熙攘攘了
所谓的爆发 不过是更多具有硬体的生物演化出现并被保存为化石了
简单的说，没有化石不意味着没有生物~
化石的形成需要苛刻的条件
尤其是，前寒武的地层里生命迹象也十分丰富
我认为寒武生命大爆发是个假象
Ent 2013-06-10 00:50
这个答案本来是给另一个问题的，结果写到一半这俩问题被合并了……o(╯□╰)o
所以以下内容略微文不对题，抱歉了。
首先，寒武纪爆发一点也不“突然”。
—————————一个简单的时间表—————————————
相对连续的最早的动物化石记录是580Ma开始。
不久之后就出现了埃迪卡拉化石。
555Ma出现了水平的爬迹（有东西会爬行了）。
543Ma埃迪卡拉绝灭、寒武纪到来、出现了三维立体爬迹（能钻洞了）。
然后从543Ma到520Ma是寒武纪大爆发的高潮期。
高潮期临近结束（526Ma）时出现了三叶虫。
到489Ma寒武纪结束，整个寒武纪大爆发也随之完结。
——————————————————————————————
复杂生命正式登场的有化石记录的全过程接近1亿年。
寒武纪大爆发全长近6500万年。
就算只算高潮期也有2000万年。
作为比较，从恐龙灭绝到人类出现这段时间大约6000万年，人类和其它类人猿分开可能在800-400万年前，北京猿人是在70-23万年前。
当然，寒武纪的演化速度是比其它时代快不少。但是，再快也没快到“突然”或者“瞬间”的程度。1万年在地质尺度还可以算作瞬间，但这是2000万年啊，就是地质尺度下也是很长的一段时间了。
其次，论“大量物种突然出现”，寒武纪其实还排不上号。
真正要算大量物种突然出现的的话，那是奥陶纪大辐射，论属的规模是寒武纪大爆发的三倍以上。
寒武纪的牛逼之处不是大量物种，而是多种多样的发育构架。它花了几千万年时间（？），造出了几乎所有的门，接下来几亿年里几乎再也没有门出现了。（苔藓动物门以前认为是奥陶出现的，但近来有研究怀疑它在寒武也有了。）
第三，寒武纪大爆发可能部分是假象。
假象不是说化石记录有假，而是化石记录不全。寒武纪一个很明显的特征就是动物有了硬质骨骼，而骨骼相比软组织那是太容易保存为化石了。也许之前其实生物已经五彩缤纷了，只是因为没有骨骼，保存的化石很少；所以看起来好像寒武纪一下子多了很多化石，只是因为寒武纪生物更容易变化石罢了。
分子生物学对此有所支持。上面说寒武纪造出各个门花了几千万年之所以要打问号，就是因为有些分子证据表明这些门的分家似乎早在寒武纪开始之前就完成了。
但我只敢说部分是假象，因为寒武纪的遗迹化石也确实明显变多了，而遗迹化石和骨骼的关系没有那么强。
最后，寒武纪爆发的原因嘛……
排除假象的那部分，剩下的爆发，假说很多，确证的还没有。也许是氧气。也许是发育机制。也许是运动能力。也许是眼睛。有很多欢乐的想法的。

5进化的微观趋势
一直有人在提出，应该把“进化”改名为“演化”（不过我个人不太在意，因为我觉得光改名没用）。这是因为“进化”容易给人以“进步”的错觉，好像生物是沿着一段看不见的楼梯慢慢往上爬，最后才爬到人这里似的……
这种趋势当然是没有的。但是，没有沿着楼梯向上爬的趋势，并不意味着没有任何趋势。
微观上，趋势是适应环境。每一种特定的环境都会对其中的生物个体“提出”需求，相对更能满足这些要求的个体更容易存活下来。当然里面有很多随机因素，但是按目前的证据，微观尺度上自然选择还是更重要。
但是这些微观趋势会汇集成怎样的宏观方向呢？这个问题比较复杂，单开一部分。

6 进化的宏观趋势
我在果壳网日志写过一个比较长的随笔： htt p://www.guokr.com/blog/403529/ 。简要复述如下：
进化【不需要】一个宏观的走向复杂的趋势，也可以诞生复杂生物。想象一个酒鬼在街上随机行走，左边是墙，右边是水沟。第二天早晨我们几乎肯定会发现他躺在水沟里，但这不是因为他喜欢水沟，而是当他随机走到墙根时只能拐回来，而随机走到水沟时就掉进去了。
对于生物来说，道理类似。假定生物演化时对于复杂还是简单，没有任何偏好。那么每一步都是随机的。但是生物界简单有个下限——太简单了就不成其为生物了，而复杂度迄今为止还没有发现上限。那么，生物里面最复杂的一小撮越来越复杂，这没有什么值得惊讶的。
但是，生物真的对复杂和简单没有任何偏好吗？我们不知道。证实偏好的存在与否，眼睛看是看不出来的；如果酒鬼平均每往左边走十步就往右边走十一步，他还是会掉进水沟。这就需要数据了，而目前我们还没有足够的数据。
不过至少有件事情可以肯定：进化并不以人类为其目的。

说明一下：这几篇随笔的假想读者是对进化论有基础知识、但是没想明白某些细节的人。对于基础知识不足的人，读下《为什么要相信达尔文》这本书就可以。
7 作为事实和作为理论的进化
英文Evolution是多义词，根据语境既可指进化这种现象，又可指进化理论。
作为现象，Evolution指的是整个生命之树。
而作为理论，Evolution认为这个树是遵循自然选择和共同祖先的原理而建立起来的。
二者有区别，但是现实中关联密切，因为如果理论变了，我们对生命之树的理解肯定也要变。

转载结束，原文见
Ent的日志 关于进化论的散乱观点
http://www.guokr.com/blog/438261/
http://www.guokr.com/blog/438319/
http://www.guokr.com/blog/438360/