本人不是生物专业，只能从外行的角度比较二者，敬请各位高人指正。
杂交水稻：把不同品种的水稻掺合在一起，选择产量最高的那种。再怎么折腾，还是水稻。
转基因水稻：把别的物种的基因掺合到水稻里，选择最经济的那种。因为水稻含了别的物种的基因，其后果未知，可能没事儿，可能营养更好，可能有毒。
做个对比：杂交水稻就像用不同的马杂交，选出更好的马繁衍下一代；转基因就有点儿像用马和驴杂交，生下骡子，而骡子是不能繁殖的

敬请各位高人指点

差不多。
但杂交种不留种的原因不是不能繁殖，而是后代发生退化不如一代表现优秀。这与是否杂交是否转基因无关，只是这种育种方式所决定的。
马和驴杂交属于远缘杂交；不同的马杂交可以类比于水稻杂交育种；杂交稻属于杂种优势育种。而转基因，只是在绝大多数原来基因的基础上，导入一两个外来基因。这也可以在同一物种间导入。比如水稻的籼稻亚种跟粳稻亚种杂交不容易成功，也可以通过转基因的方法导入优良性状，这是可行的。

我们不是反对转基因水稻，我们只是反对没有知识产权的转基因，自己不掌握核心技术，被人牵着鼻子，控制住粮食安全，那是会亡国灭种的

作为一种新的技术，转基因有着传统技术中无可比拟的优势。该项技术在今后肯定会大行其道。
但最重要的是：我们至今还不知道使用该项技术的副作用，不知如何使用该项技术才是安全的。

杂交水稻才是马和驴交配，杂交水稻是F1代，F2代就会出现基因分离，所以目前市面上凡是种杂交水稻的都得每年买种子
很多人不清楚什么叫杂交，大部分植物都是自交，通过人工干预，打断其自交，让别的近亲来授粉才是杂交
自交的优势在于后代为纯合体，性状得以高度延续。杂交的优势在，后代基因型为Aa型，部分治病基因变成隐性表达，在F1代上不会表现出来，但在F2代就会暴露出来
一般来说，杂交采取远缘杂交，就好比白人和黑人交配一样，因为我们的祖先就不在一起，所以双方都有自己的优势基因，经过配合，混血儿就特别优秀，但孙子们就不行了
转基因就是基于解决杂交后的基因分离情况，治本，把基因改了就不会出现分离了。

"转基因就有点儿像用马和驴杂交，生下骡子，而骡子是不能繁殖的"
很明显是错误的，目前的中国，还没能力搞转基因育种，只是搞转基因研究
这么说，估计很多人不服，那么，你看看CPU技术，英特尔都大规模商业化22纳米技术了，而我们，仅仅是才突破22纳米技术，还吹的不亦乐乎，实验室都没造出22纳米CPU呢
从转基因的名字就可以看出，转基因，是基因转移，而不是基因交换
杂交属于基因交换，就是2个生物体各自取一半的基因，然后，组成新的个体。杂交育种，就是从新生个体，选优势个体。杂交育种周期长，属于自然生长育种
转基因，就是从选取的生物体，提取需要的基因片段，移植到母体，当然，母体的那部分基因片段是要去掉的。基因的移植，需要借助微加工技术完成，类似，克隆技术，但比克隆技术更高。
克隆技术，就是破坏母体的遗传物质，注入新的遗传物质。克隆技术是所有（或者说大部分
）基因的转移，而转基因，仅仅是部分基因转移
用人做不恰当比方，人和狗，如果交配出下一代，选择更接近人类的，继续杂交，通过几代杂交，来获得狗的优势基因，如嗅觉，这就是简单的杂交，周期相当漫长
如果用转基因技术，就是提取狗的嗅觉基因，分批次来替代人的嗅觉基因，如果取代替代成功，就可以推广了。周期很短
其实，任何生物体的基因，都可以提取，比如，夜视基因，鹰眼基因，都可以转移到人类身体上。这就是为什么转基因技术前景广阔的原因
但是，人类至今还完全没弄明白，各段基因什么作用。比如，癌症就是基因突变造成的，但至今没弄明白，怎么替换癌症基因。
从理论上讲，如果转基因技术完全成熟，人类寿命，达到几百年，很正常
但是，就目前转基因技术的垄断性，说灭族，也许是夸张的，但就国人的习性来说，我们将成为某些利益集团的小白鼠。
拿微软的系统来说，他的源代码是不公开的，是否留有后门，只有微软自己知道。普通百姓是无法和微软较量的。而只有政府才有力量和微软较量，微软才和政府达成协议，对政府公开部分源代码，以保证自己国家的信息技术安全
目前，中国既没有专门的转基因法律，也没有很专业的转基因技术专家，所以，像老袁这样，专门大规模搞转基因，国家无法反对，也无法公开支持。
这就是技术落后的尴尬
其实，转基因大豆和转基因玉米，已经垄断了中国的市场，政府也无能为力，大概正是看到这种垄断，老袁也是准备扯下杂交的面纱，来搞转基因

因为杂交水稻的亩产提不上去了，说实话，杂交水稻如果不适应中国广大多样土壤和多变气候，毕竟在海南有肥沃的土壤，充足的热量，这样的水稻再高产也只是官方数据