妹妹篇，可以说是魔禁（超电）里面最重要的一个篇章。因为这个篇章不仅刻画了诸多丰满的人物，也决定了以后的剧情走向。
这个篇章，讲述了御坂美琴在外表和平的学园都市目睹了自己的克隆体“御坂妹妹”被残忍虐杀的悲剧，以及和一些富有正义感的学生，医生，教师，警备员一起抗衡学院都市黑暗的故事，通过描写处在弱势的实验体（一方通行，20001个妹妹）和两个富有正义感的主角（御坂美琴、上条当麻），串联起了整个剧情。

画面一：
阴暗潮湿的实验室，一方通行第一次站在这个地方。旁边是他刚刚亲手杀死的实验娃娃，鲜血静静的流淌着。

画面二：
培养皿前，新生的御坂妹妹发出了婴儿的啼哭声，这一声啼哭，打破了实验室的死寂。
实验员开始着手更衣以及通过学习装置对新生的御坂妹妹进行教育。
不过新生的御坂并不知道，接下来她将面临怎样残酷的命运。

画面三：
御坂美琴第一次遇见克隆体，就被克隆体完美的当做了垫脚石。一起和猫咪玩耍，一起吃冰淇淋，一起为了一个徽章而争夺。
而当她破解了密码，了解到了绝对能力者进化实验的存在之后。第一时间赶到实验现场，却正好目睹白天还在一起玩耍的“妹妹”现在已经变成一滩血水。充满愤怒和绝望的复仇之战，却也只不过是单方面的被虐而已。最后，还是在剩下“妹妹”的掩护下，捡了一条小命。但自己的绝望、愤怒、无助却无法传达到妹妹的心里。
确实，御坂妹妹是一群只有编号的克隆实验体，既不被社会所知，又不被法律所承认，是一群单价180000JPY，连名字都没有的仅仅是为实验而存在的幽灵。
但就算是这些被社会所遗忘的受训者(实验体)，在死去的地方寻找活路（与身份）的人，也是精一杯的努力活下去的啊!

签名好评

御坂美琴的努力并没有给“妹妹”们带来改变，这个篇章的魅力就在这里。再当我们看到希望的同时，又将它击个粉碎。御坂美琴摧毁了一个又一个的相关实验机构。实验部门焦头烂额，甚至请求暗部提供支援。看上去实验已经进行不下去，但是“妹妹”们被杀害的实验依然没有停止。就算茵蒂克丝（和上条当麻）歪打正着的摧毁了树形演算机（这个实验的始作俑者）。可是在ALIVE里面传来的依然是虐杀的实况转播。这个时候，所有人都相信，御坂美琴宁愿看不到也听不到，因为那看到的，听到的让之前所有的努力归零，让所有美丽的幻想通通化为南柯一梦。

一方通行的败北，只是让绝对能力者进化实验被终止，实质上妹妹篇并没有结束，因为实验终止会产生了一系列影响。
例如相关实验者重回社会，例如一方通行、 布束砥信等。
例如剩余的实验克隆体“御坂妹妹”10032-20001的处理。
同时，还需要关心的是，那些因为实验才被制造出来的“御坂妹妹”她们将以什么身份在这个世界上生存。

另一方面，脱离了实验的一方通行和LO，被警备员保护了起来，剩下的“妹妹”们，也被各地的医疗机构所接纳进行寿命的延续。（当然，这些都是另有目的，不过这些另外的目的和这些实验者并没关系）
（以下是御坂妹妹视角）
这个世界，对御坂来说，原本只是被杀戮的两万次炼狱。不会存在耀眼而温暖的阳光，不会存在美味而新鲜的空气。拥有的只是血和恐惧。
但是既然从这个血和恐惧的炼狱中摆脱了出来，能够呼吸到美味而新鲜的空气，能够体会到耀眼而温暖的阳光，在这种世界，御坂也想明白学习装置里面学不到的生活的意义。所以请姐姐大人能陪伴在身边一起去寻找。御坂的世界，不能没有姐姐大人。