为什么瑞榎姐对爱丽（Geji姐）说“怎么不消失呢”？
不让海去调查君岛孝是为了不想让他知道黑历史
但是爱丽为何躺枪？

还有几个问题……现在想下感觉变扭
还是不提了……

从动画里我们可以得知爱理是君的一个实验对象，目的是为了使自己在网络上永生。
然后君是姐姐干掉的，可知姐姐在一定程度上清楚君的阴谋。
接着是君在姐姐的手机上出现，实验成功。那么相对ai爱理的出现也是必然。
作为姐姐的好友瑞，发现姐姐的不对劲，一番纠缠后得知事情部分真相。那么ai爱理和君的关系很可能是这时候得知的。
随后姐姐去了泽田公司发展，一切看似平息。可是几年后爱理的再次出现，在瑞的认知中必然和君有关，说出这句话也就不奇怪了。
可以得出君出现=爱理相关=姐姐异常=阴谋=不是好事
加上瑞因为知道部分真相而遭车祸这件事，她对爱理的出现应该是震惊，疑惑，不安而怨恨的。

以上是我从动漫中推理出来的，再具体的东西由于我没玩过游戏而无法详细的表达。
楼主如果有心可以去看以姐姐为视角的官方小说，几年应该会有详解
@zjf4869 不知道窝的推论是不是有问题，帮看下吧

LS小藏的内容基本正确
按小说的内容，美纱把AI爱理给瑞榎看过，还带瑞榎去见过君岛
瑞榎一直对君岛没好感
然后在白头翁事件前，瑞榎去找君岛的时候还被君岛带到地下室去过（目测见过真人爱理
所以瑞榎知道爱理是不正常的存在