计划的两个考虑重点是时间和伤亡,即如何能在最短的时间内,以最小的伤亡代价,迫使日军投降。在1943年魁北克会议之前,一个美英联合计划组就曾提出过一个"对击败日本的评估与计划(Appreciation and Plan for the Defeat of Japan)"的方案。方案中指出对日本土进攻不应早于1947或1948年。但是,参谋长联席会议认为过渡地延长战争会严重损伤国家的士气,于是在魁北克会议上,联合司令部明确应在德国投降后一年以内迫使日本投降。美国海军迫切于通过封锁和使用空中打击来达成日本的有条件降伏,并提出了通过夺取位于上海以及朝鲜的空军基地,从而发动持续的对日轰炸来迫使其投降的方案。而美国陆军则认为这种办法只会无限期地延长战争以及造成不必要的伤亡,并要求以陆上进攻取而代之。陆军提出发动一个大规模的、深入日本腹地的突入式进攻来赢得战争。最终陆军的观点占了上风。从地理上看,日本列岛几乎没什么适合登陆的沙滩,这使作战计划的制定十分困难。仅有的两块可登陆地点就是九州南部和本州岛关东平原南部的沙滩。因之,盟军提出了两阶段作战计划。首先通过奥林匹克行动攻占南九州,确保空军基地;随后由九州为小王冠行动提供空中支援。
美军情报部门起先估计日本军机数量约在2500左右。在冲绳战役中,日军平均每次自杀攻击所给美军造成的损失约为两死两伤—而九州可能会更糟。在冲绳,为了攻击水面舰只,日军飞机不得不在开放海域进行长距离飞行;而在九州,它们只需飞过陆地后再飞很短的一段水上距离即可抵达目标。情报部门逐步认识到,日本正在倾全力组织神风攻击,并且采取了有效手段来在特攻前保存这些战机。对于神风飞机的数量,陆军于1945年5月的评估为3391架,到8月增至5911架;海军部门在同年7月的预测值为8750,8月则增至10290。应注意海军的评估把训练用飞机也包含在内。盟军针对神风攻击还制定了一系列反制措施,即“大蓝被”计划(Big Blue Blanket)。计划包括用更多的战斗机代替航母机库中的鱼雷机和俯冲轰炸机,以及将B-17轰炸机改装为航空雷达警戒飞机——类似于今天的空中预警机。尼米兹还提出了一个佯攻计划,即在真正进攻前几周,先派一只舰队到登陆点附近引蛇出洞,待日本大批自杀式飞机扑来时,他们就会发现那些目标并非有价值的、脆弱的运输舰,而是从艏到艉以防空武器武装的战斗舰艇。针对日本空中打击的主要防御力量将来自之前在琉球群岛集结的大批战斗机机群。占领琉球后,美国空军第五军、第七军及海军陆战队航空兵迅速进驻该岛,并因应可能的对日本土攻击进行了大幅加强。作为入侵准备,对日本机场和运输动脉的有计划轰炸在投降前夕即已展开。