根据深圳媒体报道，厦深铁路全程20个车站的名称分别为：
厦门北-前场-角美-漳州南-洋奎-漳浦-云霄-诏安-饶平-潮汕(沙溪)-潮阳(谷饶)-普宁(流沙)-葵潭-陆丰-汕尾-鲘门-惠东-惠州南-坪山-深圳北。
另据深圳媒体报道，深圳市轨道办透露，厦深铁路计划6月铺轨，9月启动试运行，年内开通运行。
在深圳有两个站，即坪山站、深圳北站。坪山站之前叫深圳东站(布吉火车站开通后使用此站名)，现在将改名叫深圳新城站，其他配套设施正在完善，争取与厦深铁路建设同步完工。