海峡大部水深小于80米，平均水深约60米。西北部较平坦，东南部坡度较大，中间有岛屿和浅滩构成弧形降起带。东西两侧各有20米和50米水深的两级阶地。东侧阶地较窄，50米等深线距岸一般为10～20千米；西侧阶地向外延伸，宽度较大，50米等深线距岸达40～50千米，并在几处河口外有横切的峡谷。南口有台湾浅滩，与西南阶地相连，由900余个水下沙丘组成，呈椭圆形散布，东西长约140千米，南北宽约75千米，水深10～20米，最浅处8.6米，滩上有急流,水文情况复杂。台湾岛台中以西有台中浅滩，与东部阶地相连，东西长100千米，南北宽18～15千米，水深最浅处9.6米。两浅滩之间为澎湖列岛岩礁区，南北长约70千米，东西宽46千米，由岛屿、礁石和许多水下岩礁组成，北部岛礁分布较集中，水道狭窄；南部岛礁分散，水道宽阔。澎湖岛与台湾岛之间为澎湖水道，南北长约65千米，宽约46千米，为地壳断裂形成的峡谷，水深由北部70米向南渐深至160米；再往南延伸，水深达1000余米，为海峡最深处，连通南海海盆。澎湖水道为台湾岛西岸南北之间和台澎之间连系的必经通道。另一峡谷为八罩水道，东西走向，宽约10千米，水深70余米，分澎湖列岛为南北两群,为通过澎湖列岛的常用通道。

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台湾海峡南部地形图