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15年前·北大西洋·海上浓雾中夜航的货船·第一八代号，与前方突然发现的巨大冰山相撞。轮机舱严重受损，第一八代号沉没。虽然大部分船员顺利避难，但是船长和一名船员牺牲了。
2005年05月06日 06点05分
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时间飞快流逝·东京·西多摩市别墅区大财团·八代集团下属的八代造船公司的设计师八代英人，在开车中途突发心脏病，坠落悬崖。车辆起火，八代英人身亡。
2005年05月06日 06点05分
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此时无人知晓，时隔15年的海陆事故，不过是个恐怖阴谋的开始航行在太平洋上的豪华客船阿芙罗狄号。受到兰的挚友园子的邀请，柯南，兰，小五郎一行人参加了此次处女航。参加此次宴会的多是政治金融界、社交界的名流。用美神阿芙罗狄的名字命名此次豪华之旅，实在是太恰当不过了。
2005年05月06日 06点05分
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人心慌慌的船内，作为主要活动的欢迎舞会开始了，小五郎和柯南在会场内展开了推理对决。就在真相即将大白于天下之时，突然，船的轮机舱发生大爆炸。犯人引爆了阿芙罗狄号关键部位的炸弹。倾斜的船内，船员、乘客陷入了前所未有的巨大恐慌之中。600条人命落入犯人的魔爪。
2005年05月06日 06点05分
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无处可逃的海上，极度混乱中，这次兰深陷重围。犯人真正的企图究竟是什么？柯南和小五郎，可以挫败犯人的阴谋，平安无事地解救出兰吗？柯南（新一）与兰超越时间的羁绊，才是解决事件的关键所在。
2005年05月06日 06点05分
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了望台·休息室边聆听钢琴曲，边喝茶饮酒的休息室。刚好矗立在船桥7层的位置，在窗户旁边的位置上可以很轻易的看到大海的全景。
2005年05月06日 06点05分
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休闲咖啡厅·运动甲板船尾泳池甲板，尤其是6楼宽广的运动甲板，在7楼有一间可以边沐浴汐风边品茶吃饭的咖啡馆。当然在这里同样会有阿笠博士恒久不变的……
2005年05月06日 06点05分
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