清代诸罗县志则叙述阿里山为“离县治十里许,山广而深峻…”未明确指出阿里山之名。另根据日本人安倍明义的著作《台湾地名研究》书中认为诸罗平埔族人与凤山平埔族人的语音相近,凤山平埔族称阿里山区的生番为“Karii”,流传到诸罗平埔族便以“Arii”同音讹传称呼之。
1899年2月,嘉义办务署石田常平氏依山胞传闻,查访发现阿里山桧木原始森林。
1900年6月12日,日本政府派小西成章、小笠原富二郎、小池三九郎及石田常平等人展开调查阿里山森林,据调查约有30万株的原始桧木林遍及整个阿里山区,从此开启阿里山天然森林资源的滥觞。
1906年11月,小笠原富二郎发现包括今之阿里山神木的神木群。1945年9月,第二次世界大战结束,10月25日台湾光复,日本归还台湾给中国,阿里山事业区持续三十余年的伐木工作,其天然的红桧、扁柏等珍贵树种几已被砍伐殆尽。
