骨干水晶是特殊垒晶水晶，是在水晶生长过程中，受到侧力压迫而导致晶格错未造成的。因此在水晶柱表面常有垒起的块状结晶，很像鳄鱼皮，所以又称鳄鱼水晶。有些又因这垒起的块状刚好长在晶柱尖端，看来令人联想到权杖，所以也有权杖水晶之称。特殊的长相也许不很讨好，可是能量磁场可是超强的喔！
骨干水晶中有种特殊的三轮骨干水晶，含有的是红发及黑色电气石等完全不同的内涵物，通常呈点状或发丝结构，在同一块晶石上有两种以上不同颜色的内涵物，透过光线美丽闪烁，非常稀有，价格也非常高。
骨干水晶具强大净化力、协调能量与澈底治疗能量、加速灵修、提升果位、强化下半身功能、治疗净化人体气场、关节炎、下半身血行、果断力与勇敢。磁场强大，能量发射与白水晶不同，是往下发射，增进海底轮的功能，故与白水晶配合使用可达到平衡。(白水晶置 於床头，骨干水晶置於床尾。)对一些思绪杂乱，注意力不集中，行事及生活抓不著重点者有效。鳄鱼水晶的能量也能用之於化解心轮中根深蒂固的沈重负担且错综复杂的「情结」，转化这能量到顶轮，有促进开悟的作用。