袁崇焕杀毛文龙原因基本上有两个，一来是因为毛文龙肯定不同意议和，所以必须除掉；二来杀毛文龙其实是袁督师将东林党一起拉下水的关键！
对于议和这个问题，毛文龙是坚决反对的，此前他曾骗来后金使节，并立即绑送了兵部，还把通事（翻译官）给处决了（显然跟袁督师对待方金纳、白喇嘛、任大良、郑信等人大有不同）。从这个事情来看，毛文龙不仅没有丝毫议和的意思，还完全把皇太极当给猴耍了（跟袁大人被皇太极给耍了又形成了鲜明对比）。
毛文龙不议和的态度对袁督师的议和计划极为不利，因此如果袁大人的关宁军要议和，而东江军却不配合的话（肯定不配合），那这议和多半是要泡汤的，所以袁督师必须去搞定毛文龙（文龙可用则用之，不可用则处之亦不难）。
此外，就拉东林党下水而言，袁英雄更是费尽了心机。之前，袁大人曾频繁地和远在京师的兵部以及内阁交涉，但结果却不理想，于是他老人家便另辟蹊径了。具体来说就是向内阁声称他要处置毛文龙。这一步棋看似稀奇古怪，但其诡异、巧思却都达到了极致！
袁大人这样做，首先是除掉议和路上的一个绊脚石，其次是跟东林党套近乎，但更深邃一层则是在悄悄给东林党下套！
由于袁英雄有深厚的阉党背景，而现今又是东林党当政，因此他必须摆脱身上阉党的标签，同时向东林党靠近，所以他提出杀毛文龙以向东林党示好。
毛文龙好是王化贞提携的，所以他在辽东取得“镇江大捷”，有了些名位之后，也曾为王化贞说过几句好话。此乃人之常情，不过在党争里面就是路线问题了，况且东林党恨王化贞非同一般，于是毛文龙就成了东林党的众矢之的。虽然后来毛文龙因战功累累，官衔高居一品左都督（上将军衔），但却屡遭弹劾，甚至有人提出要撤销东江镇。
综上所述，袁英雄在平台召对之后，就马上向东林内阁表示，他可以“处置毛文龙”（不用则处之也不难），这肯定是在向东林党献媚。同时，因为王化贞已经被视为魏公公一伙了，所以毛文龙估计也被打成阉党外围了（其实根本不是），而袁大人提出处置毛文龙，也就等同于表示自己跟阉党划清界限了，所以袁督师这么说，在套近乎之余，还可以洗刷一下自己身上的阉党痕迹（真是一举两得，实在很会钻营）。
然而，东林党虽然有意针对毛文龙，但却也不敢枉法，因此袁大人陡然提出要“处置”一位边帅根本没有获得任何人的响应，大家也只是听他说说而已（就当你表个忠心吧）。不过，东林党人没有想到的是，袁大人一开初就来这一手却是在给他们下套。
当时，横在袁英雄议和之路上的拦路虎依次是皇帝、兵部、内阁、东江。袁大人当上督师之后，王在晋虽然被打发回家了，但接替兵部尚书的王洽照样反对议和。因此，对于袁英雄来说四只拦路虎是依然如故，于是袁督师不得不启用他预先有过安排的非常手段了。
袁大人的步骤是，杀了毛文龙，接管东江镇，直接解决这只拦路虎；然后再将兵部和内阁都拉下水，跟自己绑在一起，如此一来四只拦路虎就只剩下崇祯一个了；而倘若内阁和兵部，外加辽东的封疆大吏（蓟辽督师袁大人）都要求议和，那崇祯则肯定会慎重考虑，说不定也能答应。
这个计划倒是有几分可行性，起码比先前有四只拦路虎，整个议和就是一不可能完成的任务要好很多。不过，操作起来难度也很大，因为杀毛文龙或许还能勉强可以办，可怎么才能套住内阁和兵部呢？这一切就要靠袁英雄的下一步计划了，袁督师的下一步棋堪称巧妙至极，可谓达到了大巧若拙的程度！
袁督师先是以书信方式跟兵部尚书王洽、内阁首辅钱龙锡频繁商议，在信中就谈到议和以及毛文龙的问题。可是说来说去，王、钱二位大人都不同意袁英雄的想法（斩帅与议和） ，但一切都为时已晚了，因为袁督师要的不是他们的同意，而是只要和他们又商议的过程就行了。
袁英雄在留存下这些商议的书信之后，便私自去了东江镇，杀了毛文龙，并且在上报崇祯的时候，公然将自己这个行为解释成，六部九卿都认可，而且他还在京师的时候，还专门就此事与内阁首辅有过“私宅秘谋”，然后才这么办的！


袁崇焕杀毛的原因不仅仅是毛文龙反对议和吧，“通款崇焕，求杀文龙”既然有那么多史书记载就不能因为各种非学术的理由去故意无视。成书于崇祯元年的《三朝辽事实录》也说袁崇焕“阴许奴和”、“中奴之诱”除掉了毛文龙，而《镇海春秋》成书在崇祯三年以后，所以东莞枪手们天天讲的“记载袁崇焕杀毛文龙是后金议和条件的全部史书”都是抄袭《镇海春秋》，是灰唱可笑的。

4楼说得史料确实都有，但皇太极在袁去杀毛文龙的时候，丝毫不知情，甚至怀疑他不想议和了，所以才不回信，这说明皇太极对他这个动作，也是没有准备的。
袁崇焕想除掉毛文龙的心，比皇太极要还切，因为他必须有这个契机，才能拓宽议和之路，否则议和就是死路一条。

深表同情

东林党恨毛帅的原因是多种多样的。王化贞只是一个借口和引子。
当年魏公公整东林党时，几位真正的东林君子都被下了狱，众多东林君子这会全在给魏公公装儿媳妇，伟大的袁督师还适时的给魏公公上了封修生祠申请书，锦上添花，可毛帅就是不识相上书为真正的东林君子求情........
这就把东林党的儿媳妇们对比的太.......tmd chusheng了（确实也够下贱）。
作为君子在魏公公手下幸存下来的儿媳妇们怎么可能容忍得了毛帅，在这件事上当年给魏公公锦上添花的袁督师与当权的君子们很自然的就拥有了相同的立场

袁崇焕的好大喜功与崇祯的急功近利，袁崇焕的轻言国事与崇祯的轻断国事是绝配。某种程度上正是崇祯心理上的弱点，才造成袁崇焕一而再，再而三的干出祸害国家的蠢事。
在弄死魏忠贤后，崇祯其做为就是一个不知国事，军事为何物，只有满腔热血，相信复出就要回报的10几岁青少年。在政治上完全导向东林，听袁的几句夸夸大言就给其无限的权利，资源。被一群老狐狸和老忽悠，忽悠住了。做出这俩件事后，加上小冰河，大明再无自救的可能。
有时候很难明白这俩人。10几岁的孩子，冲动，轻信，且性格急功近利一些，偏激一些这都可以理解。但为何仅仅10几岁的他，在这等军国大事上却如此轻断，固执？对阉党赶尽杀绝，政治完全导向东林。对袁崇焕信任过头，且在袁崇焕一而再，再而三的抗旨，做出损国之事后，仍对他盲目的信任。到底是为神马？
袁崇焕这个人更是让人费解。身为一个士大夫，面对皇帝在这等军国大事上轻言，实在让人匪夷所思。而事后身为一个士大夫，在知道自己犯错后，做得不是像皇帝坦白认错，而是要钱，要权。失去了一个士大夫起码的道德操守。你这是使一个本就对国事朦胧的10几岁小皇帝更失去对军国大事客观的认识。我不觉得这是什么小事，小节。
而在成为苏辽总督后，其做为之胆大妄为让人匪夷所思。抗旨卖粮，矫诏杀将。在北京保卫战中的一些列行为我只能理解是逼明议和。