4集的暗码线，主要是引出二骑的最终，然后将处于暗码的特工下线，不带到最后的四大梦魇篇糅合剧情（剩下级数不多还有四个梦魇+未确定的最终BOSS，后面大概也是相当紧凑），所以，这四集下来剧情的机构大概是这样完整的：
第1集，明确暗码搞事，让6号打头阵跟莫打，引发主线，同时因为超梦此时战力是超模的，所以设计让超梦在暗码线期间下线，同时因为6号从之前的剧情看，人物是没有太偏向暗码的黑暗面（之前让她失忆变为普通人），最后由3号补刀+人质威胁，明确3号作为暗码线的搞事者。
第2集，诺克斯出场，作为暗码线的主要人物带动剧情，跟3号打被常规吃瘪腐乳，作为最终形态的铺垫，同时西格重新上线，明确3骑目前的状态，以及夫人那边出现梦魇，为后续篇章铺垫。
第3集，诺克斯被控制对付莫。莫通过0号获得腰带暂时有基础形态形成一二骑的对决，西格再次出现帮了小忙，形成人物转变。5号帮助0号，塑造个人形象（忠于组织但有自己的判断，类似于圣剑的兄妹二人组），诺克斯解除被控制状态。
第4集，5号下线，诺克斯获得最终形态打败3号，3号直接被暗箱事件抹杀，标识暗码线完全结束。莫重新获得超梦形态解禁，另外夫人准备撑不住，梦魇处于失控，以及超梦劈胶囊时胶囊自己消失，为四大梦魇篇做铺垫。

对比加布，绊斗虽然拿最终前很多笔墨，但感觉还是略多余，暗码356下线也没什么不好，不要像胃家该死又留着不让死，后面还放大姐和西普突然躺羽毛的迷惑画面