制造微孔存在一些特定的挑战。这些挑战有时会导致互连缺陷（ICDs），即在镀层和内层铜附近出现的缺陷。这些ICDs会导致可靠性问题、开路、高温下的间歇性问题以及电路故障。检测ICDs可能具有挑战性，因为它们在制造阶段后的测试中可能正常工作，但在组装或使用过程中可能会出现问题。注意这些缺陷并仔细制造电路板以避免它们非常重要。
基于碎屑的ICD：一种常见的ICD类型是由于碎屑进入互连孔并嵌入内层铜中而产生的。这种碎屑通常源于钻孔过程。用于钻微孔的激光产生的碎屑远少于其他钻孔工艺，因此微孔出现基于碎屑的ICD的风险较低。不过，制造商仍然需要检查以确保在将铜填充到孔中之前，所有孔都没有任何碎屑、残留物、钻污、玻璃纤维、无机填料和其他材料。
在各种类型的过孔中，基于碎屑的ICD越来越常见，这可能是因为更多的制造商正在使用低介电常数（DK）/低耗散因子（DF）材料。这些材料在许多方面成本效益最高，但它们通常会产生更多碎屑，并且比其他材料（如标准FR-4环氧树脂材料）在化学清洗方面更具抗性。