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苏格兰宗教改革的早期迹象可追溯至16世纪20年代。1525年，苏格兰议会通过法案，禁止路德宗书籍的进口。1528年，帕特里克·汉密尔顿因传播新教思想被处以火刑，成为苏格兰宗教改革史上的首位殉道者。汉密尔顿的部分新教思想形成于欧洲大陆，其论述主要以拉丁文写成，因此并未在苏格兰社会中引发广泛共鸣。同时，信奉天主教的詹姆斯五世持续压制早期的新教群体，尽管这一群体本身规模有限。

1542年詹姆斯五世去世后，苏格兰新教活动进入短暂的活跃期。其中有两起关键事件尤为值得注意：其一，阿伦伯爵摄政期间，一度推行具有新教倾向的政策，并采取亲英格兰立场；其二，1546年，受更激进的加尔文宗思想影响，乔治·威沙特被处以火刑，其支持者攻占圣安德鲁斯城堡，并刺杀红衣主教大卫·比顿。正是在这一时期，苏格兰最著名的宗教改革领袖约翰·诺克斯开始公开布道。然而，上述发展均属短暂。最终，亲法的天主教阵营占据了优势，诺克斯被迫流亡海外，新教力量转入地下，形成规模有限的秘密教会（privy kirks），参与者主要为部分城镇居民与贵族。
约翰·诺克斯

与欧洲大陆宗教改革相比，苏格兰早期改革未能获得广泛民众支持，这可能与印刷业发展滞后、识字率偏低、新教思想缺乏传播载体等因素有关。这也引出了一个核心问题：苏格兰宗教改革究竟为何以及如何发生的？
在非民主的时代，必须考虑高层政治，考虑苏格兰国内的政治以及其与国际政治的关联。诺克斯流亡日内瓦期间，曾往返过苏格兰，并且得到了一些苏格兰贵族的支持。此时，苏格兰的一些贵族对于亲法的玛丽·德·吉斯的统治越来越不满，而这种不满中的反天主教成分日益显著。1557年12月，部分支持新教的贵族签署盟约，结成“圣会领主”（Lords of the Congregation），宣誓以武力捍卫新教。

在国内政治逐渐出现两大阵营之际，正是国际政治的介入，使得苏格兰宗教改革最终发生。1558年伊丽莎白一世继位，英格兰重归新教阵营，其不想北边邻居是一个敌对的天主教国家，因此，英格兰新教力量便与苏格兰内部亲英的新教贵族联合。1559年诺克斯回到苏格兰，开始一系列激进的布道，引发骚乱和圣像破坏运动，导致苏格兰内部已经形成的两大阵营——亲英的新教的“圣会领主”与亲法的天主教的玛丽·德·吉斯政权——公开冲突，并在1559 年陷入内战，其最终以新教贵族的胜利告终。

需要强调的是，尽管国际政治因素至关重要，但宗教因素同样不可忽视。加尔文宗神学为反抗天主教提供了正当性，而诺克斯强有力的布道、新教阵营的信念与军事决心，也是改革成功的重要条件
1559年约翰·诺克斯在圣会领主面前布道

与英格兰国教相对温和、层级化的体制相比，苏格兰教会呈现出更为鲜明且彻底的加尔文宗特征。在教义上，《信仰告白》明确确立加尔文宗；在礼拜仪式上，形式更为简朴；在布道实践中，长老会高度强调布道功能，要求各堂区配备受过教育的牧师，通过频繁布道促使民众改宗。在纪律层面，苏格兰长老会尤为突出，通过严格的纪律体系，监督行为，惩戒罪错，强制新教礼拜，其由最基层的堂区法院（Kirk Session）来执行。当然，苏格兰长老会也承担济贫与教育功能，而且在教育领域也十分突出。至于长老会自身，其拒绝主教制，排斥王权，形成了一种相对来说更为平等、自治的架构。总体说，相较于欧洲及不列颠的其他宗教改革，苏格兰宗教改革是一场彻底而成功的改革。

苏格兰宗教改革的核心遗产之一，是为苏格兰与英格兰的联合奠定了基础。共同的新教信仰为1603年詹姆斯六世继承英格兰王位、实现王室联合（Union of the Crowns）提供了重要政治与宗教条件。然而，这种联合并未带来长期稳定。17世纪，查理一世试图将英格兰国教模式强加于苏格兰教会，引发强烈反抗，并最终导致连锁政治危机，演变为席卷不列颠群岛的内战。