康熙年间为什么会发生三藩之乱其实这个问题还得从清朝入关之初的八旗内斗说起。
公元1650年的12月，摄政王多尔衮在打猎的时候意外坠马受伤，没几天就死了。转过年到了公元1651年的1月，他的同父同母的亲哥哥也就是英亲王阿济格就以阴谋作乱的罪名被顺治皇帝下旨逮捕，夺爵圈禁。另外阿济格身边的300名亲随护卫也都全部被处死。
别忘了，英亲王阿济格身边的这些亲兵可都是八旗中的精英中的精英，个个是骁勇善战，放到军队里边都是能当参将副将的，结果一波就被顺治皇帝杀了300个。
时间过了仅仅一个月，顺治皇帝又下诏宣布了多尔衮的十四条大罪，将他叔叔夺爵抄家革除宗室，掘坟开棺，暴尸示众。紧接着顺治皇帝又开始大规模清洗多尔衮的党羽，将固山额真和洛荟凌迟处死，大学士刚林内大臣冷僧机等多人斩首。

像多尔衮多铎两兄弟统领的两白旗也遭到了大规模的清洗，光副都统以上的高级将领就有超过30人被革职抄家流放。由于此前多尔衮掌权多年，皇太极死后的一切决策均出自其手，其党羽遍布朝廷和军队当中。因此顺治的这次对他叔叔的清算虽然减除了其在朝野上下的羽翼，但同时可以说也重创了清朝的军队指挥系统和官僚阶层。
在此之后顺治帝觉得还是不过瘾，又在同年的9月又将征南大将军谭泰处死，家产抄没。这个谭泰虽然不是多尔衮的党羽，隶属正黄旗，是开国功臣杨古利的弟弟，但多尔衮在世的时候对其是极其信任和重用的，因此也上了顺治皇帝的黑名单

两个月之后也就是公元1651年的11月，已经被夺爵圈禁的阿吉格和他的儿子劳亲在宗人府大狱中被顺治皇帝再次下旨赐死。紧接着转过年。
到了1652年的春天北京城突然爆发了天花病毒，两个月之内战功赫赫的端亲王博洛、顺承郡王勒可德浑以及亲王满达海等先后染病去世，八旗将领和士兵死亡也是不计其数。
所以从公元1651年的1月多尔衮意外死亡开始，到1652年北京爆发天花病毒，仅仅一年多的时间里在顺治清洗多尔衮党羽和天花病毒双重buff的加持下，清朝的宗室成员八旗勋贵忠臣八旗将领可以说是损失惨重，元气大伤。
而与此同时由于清军入关之初颁布的剃发易服政策以及圈地法、投充法、逃人法等种种弊政的影响，使得南方各路农民起义军和南明政权又卷土重来。张献忠的大西军出云贵，南明大将李定国占领广西和湖南。

消息传到北京的时候顺治皇帝突然就发现自己已经无将可派了，那些当年他爹皇太极亲手培养的，之后又跟着他叔叔多尔衮入关，保着他坐江山的那些皇族亲贵和八旗将领除了得天花病死就是已经被自己清洗掉了，找来找去最后只剩下一个老的连马都骑不了的郑亲王济尔哈朗了。
因此蜀中无大将廖化做先锋，顺治只能启用长期担任军队副手的尼堪任清军统帅，南下作战。结果是什么？尼堪用事实证明他只能当个副手，当不了大军统帅，被李定国在衡州城下击杀，成就了李定国在南明的功勋地位。
平时经常讨论的是其他朝代的开国皇帝屠杀功臣，其实在清朝初期内部斗争的残酷程度完全不比其他朝代差。从努尔哈赤统一女真到清朝统一天下的这几十年时间里，其实清朝内部的清洗就没停过，仅仅宗室成员死于内斗或者是遭彻底清算的就有很多。

比如努尔哈赤的弟弟后金二当家的舒尔哈齐及其两个儿子都被杀了，努尔哈赤的长子第一代储君楮英也被杀。努尔哈赤时代的四大贝勒当中二贝勒阿敏被圈禁致死，三贝勒莽古尔泰死后被清算夺爵罢官。移出宗室，所有的儿子不是被杀就是贬为奴。努尔哈赤的儿子阿济格被杀，多尔衮死后也被彻底清算。礼亲王代善的次子硕托以及他孙子也被杀了。皇太极的长子豪格被多尔衮关在狱中也折磨致死。
以上每次的内部清洗都会连带一大批将领和官员被杀被贬，抄家流放，导致清朝初年死在自己人手里的宗室和八旗高级将领远远多于被明军和农民军击杀的。

就在这种没完没了的内部斗争和天花病毒的双重打击之下，清军入关还不到十年，努尔哈赤、皇太极时代培养出来的八旗统帅和大将就已经凋零殆尽了。如果不是因为南明政权同样自己也是内斗不休，那么他们保住半壁江山是完全没有问题的。
因此在八旗内部无将可派的情况下，顺治皇帝不得不启用了洪承畴以及吴三桂、尚可喜等一众前明的投降将领。在此之前投降的明朝将领和改编后的明军只能跟着八旗兵的后边打打辅助。可从公元1652年之后才成为了清朝统一天下的主力之一，去对抗大西军和南明的反清力量，间接导致了吴三桂等人的势力在平定南明之后尾大不掉，为多年之后的三藩之乱就埋下了伏笔。

1650年12月多尔衮死后，南明政权主要有以下势力：此时永历帝朱由榔在位，政权以云贵地区为依托，由原大西军余部（张献忠死后的部队）支持，主要将领有李定国、孙可望等。李定国是南明后期的重要将领，多次击败清军，一度收复广西、湖南部分地区。
虽然南明弘光、隆武政权已覆灭，但仍有一些零散的抗清力量在南方活动，不过主要的有组织的抗清政权是永历政权。

洪承畴：有危必有机，机会总是给有准备的人