分子动力学模拟可答疑
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分子动力学模拟:1.蛋白/核酸模型构建:可采用同源建模及从头建模获取蛋白或核酸三维模型;2.结构比对:可进行位点突变前后蛋白及核酸构象改变情况,可对蛋白翻译后修饰位点构象改变情况进行可视化;3.分子对接:可进行各类分子对接,蛋白与小分子、多肽、金属、核酸、蛋白等进行对接,也可进行小分子与小分子等类型对接,其中大分子与小分子之间对接可有Autodock,Autodock vina,薛定谔,MOE,DS,CB-DOCK等软件选择,大分子与大分子之间对接,可采用ZDOCK,GRAMM,HDOCK,HADDOCK,HAWKDOCK,alphafold,proteinx等;4.虚拟筛选:可针对单一靶点或多靶点进行筛选,获取候选化合物;5.网络药理学:全套网络药理学/毒理学帮带,单药,单体,复方,西药等均可;6.分子动力学模拟:专业代做分子动力学模拟,提供模拟后的原始数据,实打实的跑,原始数据每一组平均15G左右,请提前备好存储数据的软件,每一组数据包含RMSD,RMSF,RG,SASA,氢键数量,自由能形貌图二维三维,PCA分析,MMPBSA结合自由能及氨基酸贡献值,如图3所示,交付以原始数据文件(一组平均15G左右)➕原始可视化结果➕PPT(包含方法学+可视化图及分析+总结)。专业代做分子动力学模拟:1.蛋白/核酸模型构建:可采用同源建模及从头建模获取蛋白或核酸三维模型;2.结构比对:可进行位点突变前后蛋白及核酸构象改变情况,可对蛋白翻译后修饰位点构象改变情况进行可视化;3.分子对接:可进行各类分子对接,蛋白与小分子、多肽、金属、核酸、蛋白等进行对接,也可进行小分子与小分子等类型对接,其中大分子与小分子之间对接可有Autodock,Autodock vina,薛定谔,MOE,DS,CB-DOCK等软件选择,大分子与大分子之间对接,可采用ZDOCK,GRAMM,HDOCK,HADDOCK,HAWKDOCK,alphafold,proteinx等;4.虚拟筛选:可针对单一靶点或多靶点进行筛选,获取候选化合物;5.网络药理学:全套网络药理学/毒理学帮带,单药,单体,复方,西药等均可
2025年11月27日 07点11分 1
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