也就是老版动画真嗣和明日香必然要在一起的；
然后是贞本义行漫画版结局，在结局的重逢显然也是明确了真嗣和明日香要在一起的；
新剧场版《终》结局是真嗣和真希波在一起。
不知道未来会不会有真嗣和绫波在一起的结局呢？

你是怎么做到，三个版本都没看懂的？

漫画结局真嗣虽然和明日香重逢了但是有分开了啊？你是怎么得出明示真嗣和明日香在一起的

唉……暴论满天飞

1. 渚薰说过碇源堂是李林之王，所以真嗣是王子。
2. 中国姓氏“王”在日语里发音可以是「ワン」，王先生/小姐就是「ワンさん」，「ワン」的平假名写作「わん」；而“子”在日语里的训读是「こ」，结合起来就是玛丽给真嗣的外号「わんこくん」（小狗君）。（《终》里玛丽亲口说了中文“再见”，说明她是懂中文的。）
3. 牛郎星在日本称为被称为「彦星」，也被称为「犬飼星」；而织女星是「織姫星」，「姫」(hime) 就是公主，是明日香。你看Q的海报不就画了银河和牛郎织女星吗。
综上，其实庵野一直在讲王子公主，牛郎织女的故事。

第一印象的表面结局

都才14岁的小孩为什么非要纠结谁和谁在一起呢

无论是旧剧场的结尾、漫画的结尾，还是新剧场的结尾都没有给出任何有关真嗣与哪位女主步入一段亲密关系的明示
但是旧剧场与漫画的结尾暗示了两人在角色定位上是【合适的】，会站在彼此前路中的，【即使不存在因EVA而起的羁绊，两人依旧可能相识相恋】的伴侣这一点，我认为可能性很大。包括楼上给出的基于真希波台词的猜测也不无道理

完全没看懂的三个结局
漫画版，新世界轮回重启，真嗣只是在列车偶遇明日香，剑介等人，作者只是在这里暗示旧世界的人又回来了，但没有记忆。
旧剧场版，世界继续，真嗣和明日香是先从lcl中回来的人，并不代表只剩两人和亚当夏娃
新剧场版，新世界被改写，所有的人同时恢复，车站结局，明日香被那排成角落路人，更突出薰丽在真嗣眼中的意义。真希波类似真嗣的人生伴侣

好家伙，3个版本你是一个也没看懂啊

喷的人真不少，喷完也没见谁完完整整地举证反驳

旧剧场版只留下他们两个刺猬继续互相伤害，虽然公式书说他们的关系将发生变化，但毕竟就是两只刺猬；
漫画你只注意到了真嗣牵了明日香的手却没注意到结尾剑介还跨了明日香可爱，我看剑介和明日香的可能性更大；
新剧场版不用争了，已经订了三组官配cp了，薰和丽，真理和真嗣，剑介和明日香。

我寻思楼主说旧版他们在一起没毛病啊，编年史都说了真嗣明日香互相向对方献出真心，真心为你了。《Evangelion Chronicle》第27刊/第22页的解释