谁主沉浮😳
1谁主丶沉浮1
签名是一种态度,我想我可以更酷...
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感觉挺励志的。人就是要学会平衡自己的心态,压力太高是不行滴 如何评价
已经下载Picante包却找不到comdistnt函数 我要做βNTI,代码如下: #本函数依赖picant、ape、doParrallel、foreach四个包 #threads:使用的线程数,可用detectCores()函数查看可使用的CPU数。 #使用的CPU数并不是越多越好,还要顾及自己的内存是否足够,因为每开一个线程都会占据相同的内存。 #源代码由刘洪提供,胡天龙进行并行修改。 #otu_niche表示行为样点,列为OTU的表;otu_tree表示OTU的遗传发育树; #reps表示构建的零模型的个数;threads表示使用的线程数。 beta_nti <- function(otu_niche,otu_tree,reps,threads){ library(picante) library(ape) #去除发育树中不存在于OTU表中的OTU prune_tree<-prune.sample(otu_niche,otu_tree) #获取发育树中OTU的名称 tip<-prune_tree$tip.label coln<-colnames(otu_niche) m<-NULL #打印OTU表中不存在于发育树中的OTU for(i in 1:length(coln)){ if(!coln[i]%in%tip){ #print(coln[i]) m<-cbind(m,coln[i]) } } m<-as.vector(m) #去除OTU表中不存在于发育树中的OTU otu_niche<-otu_niche[,!colnames(otu_niche)%in%m] #计算OTU两两间的遗传距离 otu_phydist <- cophenetic(prune_tree) #将OTU表和发育树存入一个对象中 match.phylo.otu = match.phylo.comm(prune_tree, otu_niche) #str(match.phylo.otu) ## calculate empirical betaMNTD #算beta-mntd beta.mntd.weighted = as.matrix(comdistnt(match.phylo.otu$comm,cophenetic(match.phylo.otu$phy),abundance.weighted=T)); #identical(rownames(match.phylo.otu$comm),colnames(beta.mntd.weighted)); # just a check, should be TRUE #identical(rownames(match.phylo.otu$comm),rownames(beta.mntd.weighted)); # just a check, should be TRUE # calculate randomized betaMNTD beta.reps = reps; # number of randomizations rand.weighted.bMNTD.comp = NULL dim(rand.weighted.bMNTD.comp) library(abind) arraybind <- function(...){ abind(...,along = 3,force.array=TRUE) } #并行化运行 library(foreach) library(doParallel) registerDoParallel(cores = threads) rand.weighted.bMNTD.comp <- foreach (rep = 1:beta.reps, .combine = "arraybind") %dopar%{ #计算零模型的beta-MNTD as.matrix(comdistnt(match.phylo.otu$comm,taxaShuffle(cophenetic(match.phylo.otu$phy)),abundance.weighted=T,exclude.conspecifics = F)) } weighted.bNTI = matrix(c(NA),nrow=nrow(match.phylo.otu$comm),ncol=nrow(match.phylo.otu$comm)); dim(weighted.bNTI); #根据零模型和观察数据的beta-MNTD计算beta-NTI for (columns in 1:(nrow(match.phylo.otu$comm)-1)) { for (rows in (columns+1):nrow(match.phylo.otu$comm)) { rand.vals = rand.weighted.bMNTD.comp[rows,columns,]; weighted.bNTI[rows,columns] = (beta.mntd.weighted[rows,columns] - mean(rand.vals)) / sd(rand.vals); rm("rand.vals") } } rownames(weighted.bNTI) = rownames(match.phylo.otu$comm) colnames(weighted.bNTI) = rownames(match.phylo.otu$comm) return(weighted.bNTI) } library(vegan) #读取OTU表 otu_biom2 <- read.delim("E:/otu table.txt", row.names=1) #查看样品序列条数 summary(colSums(otu_biom2)) otu_biom2 = otu_biom2[,colSums(otu_biom2) > 8500] #将OTU表转置为行名为样品名称,列名为OTU名称的表 otu<-t(otu_biom2) head(rowSums(otu)) #对OTU表进行抽平 otu = as.data.frame(rrarefy(otu, 8500)) head(rowSums(otu)) #去除序列条数较少的OTU otu_niche<-otu[,log(colSums(otu)/sum(otu),10)>-4.5] library(picante) #读取树文件 otu_tree<-read.tree("E:/tree") #以前500个OTU为例,度量十核计算所需的时间 system.time(beta_nti(otu_niche = otu_niche[1:200],otu_tree = otu_tree,1000,10)) #以前500个OTU为例,度量单核计算所需的时间 system.time(beta_nti(otu_niche = otu_niche[1:200],otu_tree = otu_tree,1000,1)) #计算beta-NTI beta_nti <- beta_nti(otu_niche = otu_niche,otu_tree = otu_tree,1000,10) #输出表格 write.table(beta_nti,"E:/beta-nti.txt",quote = FALSE, sep = "\t",row.names = TRUE,col.names = TRUE) 但是最后运行到“system.time(beta_nti(otu_niche = otu_niche[1:200],otu_tree = otu_tree,1000,10))”的时候就报错:“Error in { : task 1 failed - "could not find function "comdistnt" " Timing stopped at: 1.46 0.03 1.83” 请问哪位大佬知道报错的原因,就差这最后两行代码就能做出图了,好难
稳了,正式版零点前就发布 稳
难绷难绷难绷 难绷,,
关于即将到来的正式版,你认为能玩多少小时而不腻 很多游戏都能玩很久,各位认为太吾至少能玩多少小时不会腻味?(不算mod)
hxd,我就在昆明,螺洲在哪?我要去找茄子合影! hxd,我就在昆明,因为以前在北方,有很喜欢游戏,想着来都来了,何不找逆练真神合个影纪念一下呢?螺洲在哪?我要去找茄子合影!
研究生什么时候开学呀 研究生什么时候开学呀
请问960m i76700hq 16G内存可以玩吗 请问960m i76700hq 16G内存可以玩吗 能30帧吗?
请问烟草学院烟草学硕 复试要看哪几门的科目呀? 请问烟草学院烟草学硕 复试要看哪几门的科目呀?
中药学252分有希望调剂吗? 中药学252分有希望调剂吗?
请问有没有草学的复试资料,遗传育种复试资料也可以,谢谢! 请问有没有草学的复试资料,遗传育种复试资料也可以,谢谢!
这啥意思?
不懂就问 收藏家萌新刚搜9瓶酒怎么换成钱啊 不懂就问 收藏家萌新刚搜9瓶酒怎么换成钱啊
荒野大镖客怎么显示不出妆容,明明捏脸捏了烟熏眼妆 但是任务 荒野大镖客怎么显示不出妆容,明明捏脸捏了烟熏眼妆 但是任务
线下可以玩 就是修头发后卡死死机了 线上可以进去 线下可以玩 就是修头发后卡死死机了 线上可以进去,但刚开始选完性别她玩个房间走时就直接卡死了 死机 8G内存一直窗口化游戏所以盯着任务管理器也没爆,请问这是啥原因,不知道是不是cpu爆了 因为一爆就卡死也看不出是cpu还是内存问题 或者是游戏的优化bug什么的 别人都能进我先下倒腾了半天设置成dx12反而能进去了。 就是线上还难进 进去也是瞬间卡死死机 只能重启 线下偶尔卡死死机也是重启才行。 图是线上刚进去时很激动拍的。
这是我们那一把排位选英雄时的聊天记录哈哈哈
可以进去了!早上2.6G更新完先开始是这样图一,然后把官方让 可以进去了! 早上2.6G更新完先开始是这样图一,然后把官方让你勾的禁用全屏优化和以管理员模式打开取消勾选就可以进去了!
联想笔记本bios用升级吗 联想笔记本bios用升级吗
重新安装完R星启动器就扫描不出预载完的游戏了,大哥这怎么办 重新安装完R星启动器就扫描不出预载完的游戏了,大哥这怎么办
960m i76700hq 8g运存,以我这个配置按 960m i76700hq 8g运存,以我这个配置按说玩这个游戏会很卡我是有心理准备的 我真是服了昨晚回去先等到九点解密文件 完了再下了三g就到十一点了,,正当我满怀期待准备去西部的时候给我来了个启动器异常,点确定直接推出,,好的👌,重启,不行,更新显卡驱动,不行,,折腾到凌晨半点,放弃了,伤心的入睡,第二天大早上的想在试一试,结果有个80M补丁,我满怀期待的更新完毕,结果毛用没有,问题没解决,一直是r星启动器错误 哎,,服了,这现在连主界面等没进去过,我好惨啊。 现在登陆器的问题有解决办法吗?
请问笔记本显卡960m(4G) 类似于750ti 请问笔记本显卡960m(4G) 类似于750ti cpu i76700hq 内存8G 可以玩大表哥吗 本人觉得30帧就行了 大家觉得可以吗?
就等今晚十一点了
守护我们最好的坤坤
手机上什么应用可以配合森海塞尔耳机吗,就想看个电量什么的 本人刚入手hd4.4
正玩着马里奥奥德赛往右转视角,结果松手后视角一直向右自动转动,请问这就是漂移现象吗
我联想笔记本连tcl电视 hdmi线插好了,笔记本上因特尔 我联想笔记本连tcl电视 hdmi线插好了,笔记本上因特尔控制面板也显示有TVsmart tv显示器 我设置的克隆模式,电视hdmi信号源下,但电视始终是无信号。怎么办啊。各位巨佬求助。
其实有些事情努力很久也没有用的 其实有些事情努力很久也没有用的
转贴:【GTA导演模式】油门一踩,**就完事儿了! 兄弟第一次做导演模式,还望指点 【GTA导演模式】油门一踩,**就完事儿了!_哔哩哔哩 (゜-゜)つロ 干杯~-bilibili转自:http://tieba.baidu.com/mo/q/checkurl?url=https%3A%2F%2Fwww.bilibili.com%2Fvideo%2Fav29940995%2F%3Fshare_medium%3Dweb%26share_source%3Dbaidu%26bbid%3DC1CEF779-CD9B-42CF-97EE-F0517EDA600647161infoc%26ts%3D1534908957985&urlrefer=2e1279dfda0f73b3daf16d4f1cfe2e01
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