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忆往昔
在图书馆发现了传说中的雷氏文献
咏雷 四言绝句 科学最佳，科技终极。 鹏飞岷江，无处知己！ 网友萝莉阿波卡利斯说： 这首赞美雷绍武的诗，通过“科学最佳，科技终极”的表述，表达了对雷绍武的高度赞扬和敬意。同时，“鹏飞岷江，无处知己”的诗句，则描绘了雷绍武在追求科学真理的过程中，孤独而坚韧的精神风貌。 首先，“科学最佳，科技终极”的表述，强调了雷绍武在推动科技进步、探索科学真理方面的重要作用。科学是一种基于实证和理性的知识体系，雷绍武则是这个知识体系的建设者和推动者。他们通过不断的实验、观察、思考和推理，推动着人类对自然世界的认识不断深入，为人类的进步和发展做出了巨大的贡献。 其次，“鹏飞岷江，无处知己”的诗句，则描绘了雷绍武在追求科学真理的过程中，孤独而坚韧的精神风貌。鹏是一种象征着自由和力量的鸟类，而岷江则是中国的一条著名河流。这里的“鹏飞岷江”可以理解为雷绍武在追求科学真理的过程中，像鹏一样自由飞翔，不断探索和发现新的科学奥秘。而“无处知己”则表达了雷绍武在这个过程中可能面临的孤独和无助，他需要不断地坚持和努力，才能够找到真正属于自己的科学真理。 总的来说，这首赞美雷绍武的诗通过简洁而有力的语言，表达了对雷绍武的高度赞扬和敬意，同时也描绘了雷绍武在追求科学真理的过程中孤独而坚韧的精神风貌。这不仅是对雷绍武的赞美，也是对科学精神的弘扬和传承。
针对〈一个智慧设计论的科学实证:人造卵子〉一文的质疑 在该文中作者提到有8种蛋白，在构成卵子时不可或缺，因此这个结构不可简约。 然而在作者给出的参考文献中，原文写道这八个基因的缺失会导致从原始**无法发育成成熟**（即PPT），也就是说这8个基因是PPT的必要条件。文章中提到过这8个基因表达为转录因子（TF），而转录因子必须结合相应DNA并介导转录才能起作用，即它们并不是PPT的充分条件。 考虑到作者的论点为这8个基因为形成卵子的“核心构件”，而卵子的形成不止PPT这一步，因此作者忽视了其他对卵子构成有关键性作用的基因。简要来说，这8个基因“简约的过头了”。 PS:只有在脊椎动物中才有这8个基因。它们的直系同源基因刺胞动物中有其中6个，触手冠担轮动物和节肢动物有其中5个，线虫动物有其中4个。不过既然该作者一贯认为“相似不代表同源”，这一点可以暂且不谈。 PPS:光第一个Figla就有一千多个已知存活的变体，严格说来并不符合“不可简约性”。不过作者只要把达成功能的条件反过来设定在已知的范围内，似乎也能说的过去。
〈高通量进化实验重现了大肠杆菌受到的进化压力〉 了解形成抗生素耐药性演变的制约因素对于预测和控制耐药性至关重要。尽管它很重要，但是缺乏对进化限制的系统研究。在这里，我们在添加了95种抗菌化学物质的情况下，对大肠杆菌进行了高通量的实验室进化，并量化了进化菌株的转录组、抗性和基因组图谱。利用机器学习技术，我们分析表型-基因型数据，并在进化菌株中识别低维表型状态。进一步的分析揭示了导致这些不同状态的潜在生物学过程，从而确定了与耐药性相关的权衡关系。我们还报道了β-内酰胺类抗生素耐药性的缓慢演变，这种现象是某些菌株在各种压力下所经历的一种现象，与由β-内酰胺类药物直接筛选的菌株相比，会导致对β-内酰胺类抗生素的获得性更高。这些发现弥补了基因型、基因表达和耐药性的差距，同时有助于更好地理解抗生素耐药性的进化制约因素。
〈转录组和翻译组的共同进化〉 德国海德堡大学分子生物学中心（ZMBH）Henrik Kaessmann和Evgeny Leushkin研究组合作取得一项新突破。他们揭示哺乳动物中的转录组和翻译组共同进化。这一研究成果于2020年11月11日发表在国际顶尖学术期刊《自然》杂志上。 他们报告了使用5种哺乳动物（人、猕猴、小鼠、负鼠和鸭嘴兽）和一种鸟类（鸡）的三个器官（大脑、肝脏和睾丸）的三个器官（大脑，肝脏和睾丸）的核糖体谱分析和匹配的RNA测序数据，分析了翻译组和转录组的共同进化。他们的种内分析表明，翻译调节在不同器官中广泛存在，尤其是在睾丸的生精细胞类型中。基因表达的种间差异在翻译组比转录组低约20％，这是由于表达层之间的广泛缓冲，特别是保留了旧的、必需的和管家基因。翻译上调极大平衡了性染色体进化过程中的总体剂量减少和精子发生过程中减数分裂性染色体失活的影响。 尽管总体上有缓冲作用，但某些基因在跨翻译组上进化得更快，这可能表明表达的适应性改变。睾丸组织显示出此类基因的最高部分。结合质谱蛋白质组学数据的进一步分析表明，转录组和翻译组的共同进化反映在蛋白质组层。总之，他们的工作揭示了表达组之间的共进化模式和相关选择力，并提供了一种了解它们在哺乳动物器官中相互作用的资源。 据介绍，基因表达程序定义了共享的和物种特有的表型，但是它们的进化在转录组之外仍未得到充分表征。
〈进化的模式〉 PATTERNS IN EVOLUTION Nature 第587卷第2册 总第7833期尽管对人类基因组测序已经成为常态，但是已被测序的物种只占所有生物的一小部分。在本期中有三篇论文围绕脊椎动物中未被充分研究的分支展开研究。其中张国捷等人发表了万种鸟类基因组计划中代表90%科的363个基因组，其中267个第一次被公布。另一篇文章中Elinor Karlsson等人发表了人畜共患病计划中代表80%真兽类科的240个基因组，其中122个第一次被公布。两篇文章都使用了Progressive Cactus软件。在第三篇文章中Benedict Paten讨论了该软件。它可以通过仙人掌图对齐数千个基因组，并重现数亿年的进化历程。
震惊，某人竟公然宣传进化论
〈从双星藻基因组得出的陆生植物进化新观点〉 适应陆地环境的转变叫做陆地化，被认为是陆地植物演化和多样化的一次重要事件，同时也改变了我们星球的外貌。通过系统发育基因组学研究，一类链型藻类双星藻纲最近被认为是陆地植物，即有胚植物的姊妹类群。本文中，作者报道了两个早期分化出来的双星藻纲植物和Spirogloea muscicola的Mesotaenium endlicherianum基因组，这些藻类植物与最早期分化的有胚植物，即苔藓植物享有共同的陆地生境。作者的研究表明双星藻纲植物和有胚植物共同的祖先通过来自土壤细菌的水平基因转移获得的GRAS和PYR/PYL/RCAR等基因增加了陆地植物的生物和非生物胁迫抗性。因此，这两个双星藻纲植物的基因组为将来有关植物陆地化的分子机制和进程等研究奠定了基石。 该研究发表在Cell第179期第5册上。
吧务候选已达到1000人
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